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- PDB-5tlh: Fructose-1,6-bisphosphate aldolase from rabbit muscle in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tlh
タイトルFructose-1,6-bisphosphate aldolase from rabbit muscle in complex with the inhibitor 2-naphthol 6-bisphosphonate
要素Fructose-bisphosphate aldolase A
キーワードLYASE/INHIBITOR / INHIBITOR (酵素阻害剤) / BISPHOSPHONATE (ビスホスホネート) / COMPLEX / ALDOLASE / LYASE (リアーゼ) / LYASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / M band / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / I band / glycolytic process / protein homotetramerization / positive regulation of cell migration / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site / Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-I / Fructose-bisphosphate aldolase class-I / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHYLENEDIPHOSPHONIC ACID / Chem-RD2 / Fructose-bisphosphate aldolase A
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.204 Å
データ登録者Heron, P.W. / Sygusch, J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2018
タイトル: Bisphosphonate Inhibitors of Mammalian Glycolytic Aldolase.
著者: Heron, P.W. / Abellan-Flos, M. / Salmon, L. / Sygusch, J.
履歴
登録2016年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-bisphosphate aldolase A
B: Fructose-bisphosphate aldolase A
C: Fructose-bisphosphate aldolase A
D: Fructose-bisphosphate aldolase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,21614
ポリマ－157,0554
非ポリマー2,16110
水15,169842
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12960 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area47550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.569, 103.141, 84.865
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.870, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO

Dom-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1TYRTYRchain AAA1 - 3631 - 363
2TYRTYRchain BBB1 - 3631 - 363
3TYRTYRchain CCC1 - 3631 - 363
4PROPROchain DDD1 - 3441 - 344

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要素

#1: タンパク質
Fructose-bisphosphate aldolase A / Muscle-type aldolase


分子量: 39263.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: ALDOA / プラスミド: pPB14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(SI) / 参照: UniProt: P00883, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物
ChemComp-RD2 / [(6-hydroxynaphthalen-2-yl)methylene]bis(phosphonic acid)


分子量: 318.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12O7P2
#3: 化合物
ChemComp-MDN / METHYLENEDIPHOSPHONIC ACID / メチレンビスホスホン酸 / Medronic acid


分子量: 176.002 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH6O6P2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 842 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.54 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M Sodium HEPES, 17.5% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月14日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.204→50 Å / Num. obs: 69137 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 24.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Net I/av σ(I): 9.978 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)CC1/2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
2.21-2.254.40.682194.8
2.25-2.294.50.598194.6
2.29-2.334.60.826194.20.896
2.33-2.384.70.851194.10.761
2.38-2.434.70.891194.60.635
2.43-2.494.70.91194.20.584
2.49-2.554.70.926193.90.496
2.55-2.624.70.937194.40.416
2.62-2.74.70.949194.90.35
2.7-2.784.70.964195.80.304
2.78-2.884.60.967196.50.251
2.88-34.60.972197.30.22
3-3.144.50.973198.20.182
3.14-3.34.60.979198.80.158
3.3-3.514.60.981199.50.14
3.51-3.784.80.984199.70.123
3.78-4.1650.98611000.112
4.16-4.765.40.98811000.107
4.76-65.70.99111000.108
6-505.60.988199.80.087

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QUT

2qut


解像度: 2.204→43.927 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1877 2012 2.91 %
Rwork0.1502 --
obs0.1513 69057 96.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.44 Å2 / Biso mean: 34.8832 Å2 / Biso min: 12.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.204→43.927 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10642 0 212 842 11696
Biso mean--53.4 35.63 -
残基数----1394
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00511009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85814943
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0371667
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041921
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0384132
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A8168X-RAY DIFFRACTION4.817TORSIONAL
12B8168X-RAY DIFFRACTION4.817TORSIONAL
13C8168X-RAY DIFFRACTION4.817TORSIONAL
14D8168X-RAY DIFFRACTION4.817TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2037-2.25880.27711300.22254276440686
2.2588-2.31980.25691390.19574670480994
2.3198-2.38810.20151390.1774681482094
2.3881-2.46520.22831350.16534681481694
2.4652-2.55330.21661440.15784669481394
2.5533-2.65550.22811370.1524724486195
2.6555-2.77630.19481440.14774721486595
2.7763-2.92270.19331450.15114797494297
2.9227-3.10570.2011450.15194867501298
3.1057-3.34550.18881500.1524924507499
3.3455-3.6820.17961490.145549635112100
3.682-4.21440.15761510.127749835134100
4.2144-5.30820.15771500.12450275177100
5.3082-43.93620.16471540.158450625216100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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