PDB-2qdg: Fructose-1,6-bisphosphate Schiff base intermediate in FBP aldolas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qdg

タイトル

Fructose-1,6-bisphosphate Schiff base intermediate in FBP aldolase from Leishmania mexicana

要素

Fructose-1,6-bisphosphate aldolase

キーワード

LYASE / beta barrel / aldolase / leishmania / fructose-1 / 6-bisphosphate / c-teminal tail

機能・相同性

機能・相同性情報

fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / glycolytic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Lafrance-Vanasse, J. / Sygusch, J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Carboxy-Terminus Recruitment Induced by Substrate Binding in Eukaryotic Fructose Bis-phosphate Aldolases
著者: Lafrance-Vanasse, J. / Sygusch, J.

履歴

登録	2007年6月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qdg.cif.gz	334.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qdg.ent.gz	265.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qdg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/2qdg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/2qdg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qapC 2qdhC 1epxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2qdh-d 5tlh-d 3tu9-d 3dfo-d 5tlw-d 6rng-1 7ka3-d 2ot1-d 1qo5-4 2qap-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Fructose-1,6-bisphosphate aldolase

B: Fructose-1,6-bisphosphate aldolase

C: Fructose-1,6-bisphosphate aldolase

D: Fructose-1,6-bisphosphate aldolase

ヘテロ分子

174 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.109, 117.090, 161.798
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Fructose-1,6-bisphosphate aldolase 分子量: 43058.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア) 遺伝子: ald / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 pLysS / 参照: UniProt: Q9U5N6, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 糖	ChemComp-2FP / 1,6-FRUCTOSE DIPHOSPHATE (LINEAR FORM) タイプ: saccharide / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₁₂P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1714 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.07 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 15% polyethylene glycol 5000 MME in 20mM sodium phosphate pH 4.0, 11mg/mL of protein, 1:4 protein:precipitant ratio, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 6.1 % / Av σ(I) over netI: 10.1 / 数: 545258 / R_merge(I) obs: 0.081 / Χ²: 0.96 / D res high: 1.95 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 89616 / % possible obs: 75.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.2	50	99.8	1	0.041	0.882	7.1
3.33	4.2	100	1	0.059	1.165	7.3
2.91	3.33	100	1	0.106	1.107	7.4
2.65	2.91	100	1	0.199	1.018	7.2
2.46	2.65	99.6	1	0.279	0.894	6.3
2.31	2.46	90.9	1	0.339	0.792	5.1
2.2	2.31	71.6	1	0.392	0.726	4.4
2.1	2.2	50.9	1	0.491	0.659	3.6
2.02	2.1	28.9	1	0.571	0.622	2.4
1.95	2.02	12.8	1	0.712	0.625	1.7

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 118409 / Num. obs: 89616 / % possible obs: 75.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 10.1

反射シェル

解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.712 / Num. unique all: 1493 / Χ²: 0.625 / % possible all: 12.8

-
位相決定

Phasing MR	Method rotation: fast direct / Method translation: &STRIP%trans_method

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1epx

1epx

解像度: 2.2→20 Å / FOM work R set: 0.85 / σ(F): 13530 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.238	3511	4.3 %	RANDOM
R_work	0.185	-	-	-
all	-	82576	-	-
obs	-	69046	83.6 %	-

溶媒の処理

B_sol: 57.117 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.839 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.715 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-11.711 Å²	0 Å²
3-	-	-	9.996 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.33 Å	0.26 Å
Luzzati d res low	-	2.2 Å
Luzzati sigma a	0.3 Å	0.27 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11184	0	116	1714	13014

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.367
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.294	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.017	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.046	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.848	2.5

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs
2.2-2.21	0.259	36	0.241	672	708
2.21-2.23	0.261	41	0.229	744	785
2.23-2.25	0.303	38	0.245	769	807
2.25-2.26	0.312	36	0.246	793	829
2.26-2.28	0.292	29	0.281	826	855
2.28-2.3	0.316	34	0.246	833	867
2.3-2.31	0.321	61	0.264	894	955
2.31-2.33	0.343	49	0.28	924	973
2.33-2.35	0.324	53	0.26	990	1043
2.35-2.37	0.28	63	0.247	1019	1082
2.37-2.39	0.284	52	0.249	1026	1078
2.39-2.41	0.277	70	0.231	1049	1119
2.41-2.43	0.292	73	0.267	1112	1185
2.43-2.45	0.27	66	0.234	1149	1215
2.45-2.48	0.258	72	0.229	1166	1238
2.48-2.5	0.306	63	0.23	1212	1275
2.5-2.53	0.329	50	0.247	1234	1284
2.53-2.55	0.305	65	0.247	1251	1316
2.55-2.58	0.296	66	0.224	1277	1343
2.58-2.61	0.285	67	0.216	1297	1364
2.61-2.64	0.298	68	0.226	1330	1398
2.64-2.67	0.278	84	0.223	1340	1424
2.67-2.7	0.289	86	0.22	1337	1423
2.7-2.73	0.323	85	0.237	1384	1469
2.73-2.77	0.302	62	0.222	1399	1461
2.77-2.81	0.292	84	0.219	1412	1496
2.81-2.85	0.263	76	0.213	1447	1523
2.85-2.89	0.282	77	0.211	1437	1514
2.89-2.94	0.255	81	0.19	1462	1543
2.94-2.98	0.24	74	0.213	1447	1521
2.98-3.04	0.324	73	0.216	1490	1563
3.04-3.09	0.306	69	0.216	1506	1575
3.09-3.15	0.229	77	0.186	1528	1605
3.15-3.21	0.258	87	0.194	1496	1583
3.21-3.28	0.24	82	0.188	1557	1639
3.28-3.36	0.267	82	0.198	1492	1574
3.36-3.44	0.253	103	0.194	1540	1643
3.44-3.54	0.22	76	0.186	1533	1609
3.54-3.64	0.23	79	0.176	1551	1630
3.64-3.76	0.205	99	0.177	1566	1665
3.76-3.89	0.251	83	0.165	1571	1654
3.89-4.04	0.223	78	0.163	1584	1662
4.04-4.23	0.2	93	0.148	1549	1642
4.23-4.45	0.207	86	0.145	1596	1682
4.45-4.72	0.154	77	0.121	1585	1662
4.72-5.08	0.149	96	0.125	1576	1672
5.08-5.58	0.21	75	0.158	1620	1695
5.58-6.37	0.221	67	0.181	1609	1676
6.37-7.94	0.219	76	0.167	1650	1726
7.94-20	0.19	92	0.155	1704	1796

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	dna-rna_rep.param	dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION	3	water_rep.param	water.top
X-RAY DIFFRACTION	4	ALL.par	ALL.top

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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