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Yorodumi- PDB-2qdh: Fructose-1,6-bisphosphate aldolase from Leishmania mexicana in co... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2qdh | ||||||
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Title | Fructose-1,6-bisphosphate aldolase from Leishmania mexicana in complex with mannitol-1,6-bisphosphate, a competitive inhibitor | ||||||
Components | Fructose-1,6-bisphosphate aldolase | ||||||
Keywords | LYASE / beta barrel / aldolase / leishmania / fructose-1 / 6-bisphosphate / c-teminal tail | ||||||
Function / homology | Function and homology information fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / glycolytic process / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Leishmania mexicana (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Lafrance-Vanasse, J. / Sygusch, J. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2007 Title: Carboxy-Terminus Recruitment Induced by Substrate Binding in Eukaryotic Fructose Bis-phosphate Aldolases Authors: Lafrance-Vanasse, J. / Sygusch, J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2qdh.cif.gz | 328 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2qdh.ent.gz | 261.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2qdh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2qdh_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 2qdh_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 2qdh_validation.xml.gz | 74.9 KB | Display | |
Data in CIF | 2qdh_validation.cif.gz | 110.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/2qdh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/2qdh | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2qapC 2qdgC 1epxS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 43058.062 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Leishmania mexicana (eukaryote) / Gene: ald / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 pLysS / References: UniProt: Q9U5N6, fructose-bisphosphate aldolase #2: Chemical | ChemComp-M2P / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4 Details: 15% polyethylene glycol 5000 MME in 20mM sodium phosphate pH 4.0, 11mg/mL of protein, 1:4 protein:precipitant ratio, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 14, 2004 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 5.9 % / Av σ(I) over netI: 12.6 / Number: 588554 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 0.9 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 99258 / % possible obs: 78.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. all: 125938 / Num. obs: 99258 / % possible obs: 78.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 0.902 / Net I/σ(I): 12.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.97 Å / Redundancy: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.768 / Num. unique all: 1745 / Χ2: 0.938 / % possible all: 14 |
-Phasing
Phasing MR | Method rotation: fast direct / Method translation: &STRIP%trans_method |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1epx Resolution: 1.9→20 Å / FOM work R set: 0.84 / σ(F): 38460 / σ(I): 1 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Solvent computation | Bsol: 53.589 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.431 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50
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Xplor file |
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