[日本語] English
万見
- PDB-5tkz: MEC-8 N-terminal RRM bound to tandem GCAC ligand -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tkz
タイトルMEC-8 N-terminal RRM bound to tandem GCAC ligand
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*A)-3')
  • Mec-8 protein
キーワードSPLICING / Alternative splicing / RRM / DNA / elegans
機能・相同性
機能・相同性情報


nematode larval development / muscle organ morphogenesis / hemidesmosome assembly / mechanosensory behavior / embryo development ending in birth or egg hatching / neuron development / mRNA binding / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein couch potato, RNA recognition motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Mec-8 protein / Mec-8 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.529 Å
データ登録者Soufari, H. / Mackereth, C.D.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2017
タイトル: Conserved binding of GCAC motifs by MEC-8, couch potato, and the RBPMS protein family.
著者: Soufari, H. / Mackereth, C.D.
履歴
登録2016年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.22017年3月1日Group: Database references
改定 1.32019年2月20日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mec-8 protein
B: Mec-8 protein
C: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7153
ポリマ－26,7153
非ポリマー00
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area10990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.188, 52.188, 156.534
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-234-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Mec-8 protein


分子量: 10315.975 Da / 分子数: 2 / 変異: C54A, C102A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: mec-8 / プラスミド: pET His 1a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Lys Y / 参照: UniProt: Q22039, UniProt: G5ECJ4*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*A)-3')


分子量: 6082.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 4000 10% (v/v), isopropanol 10%

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.529→25.74 Å / Num. obs: 38386 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.03396 / Net I/σ(I): 8.03
反射 シェル解像度: 1.529→1.584 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.3595 / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MD1

3md1


解像度: 1.529→25.736 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 38.66
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2711 2009 5.23 %
Rwork0.2327 --
obs0.2347 38385 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.529→25.736 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1382 206 0 134 1722
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091654
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1772270
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.504648
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048254
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006262
LS精密化 シェル解像度: 1.529→1.58 Å
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.5793 Å / Origin y: 36.8055 Å / Origin z: 77.841 Å
111213212223313233
T0.4019 Å2-0.1865 Å20.0289 Å2-0.258 Å2-0.0209 Å2--0.1442 Å2
L0.1851 °20.1576 °20.0088 °2-0.3432 °20.0018 °2--0.0588 °2
S-0.0266 Å °0.0382 Å °0.0052 Å °-0.0217 Å °0.0241 Å °0.0063 Å °-0.005 Å °-0.0093 Å °0.0495 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る