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- PDB-5tki: Neurospora crassa polysaccharide monooxygenase 2 resting state jo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tki
タイトルNeurospora crassa polysaccharide monooxygenase 2 resting state joint X-ray/neutron refinement
要素Lytic polysaccharide monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / polysaccharide monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


lytic cellulose monooxygenase (C4-dehydrogenating) / cellulose catabolic process / monooxygenase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #70 / Auxiliary Activity family 9 / : / Auxiliary Activity family 9 (formerly GH61) / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / lytic cellulose monooxygenase (C4-dehydrogenating)
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者O'Dell, W.B. / Meilleur, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1069091 米国
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: Oxygen Activation at the Active Site of a Fungal Lytic Polysaccharide Monooxygenase.
著者: O'Dell, W.B. / Agarwal, P.K. / Meilleur, F.
履歴
登録2016年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / entity / pdbx_audit_support / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lytic polysaccharide monooxygenase
B: Lytic polysaccharide monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5746
ポリマ－46,5982
非ポリマー9764
水6,882382
1
A: Lytic polysaccharide monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7873
ポリマ－23,2991
非ポリマー4882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lytic polysaccharide monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7873
ポリマ－23,2991
非ポリマー4882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area17800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.120, 42.230, 70.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Lytic polysaccharide monooxygenase / Related to cel1 protein


分子量: 23299.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / 遺伝子: G15G9.090, GE21DRAFT_7469 / プラスミド: pPICZalphaA / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SuperMan5 / 参照: UniProt: Q8WZQ2
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: PEG 3350, HEPES

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Ambient temp detailsCrystal-ID
1298ambient1
2298ambient1
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF11.542
NUCLEAR REACTORORNL High Flux Isotope Reactor CG4D22.85,4.5
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IV++1IMAGE PLATE2016年9月13日
MAATEL IMAGINE2IMAGE PLATE2016年3月18日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LAUELneutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.5421
22.851
34.51
反射解像度: 1.5→36.1 Å / Num. obs: 58482 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 16.04 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 13.8 / Num. measured all: 224095 / Scaling rejects: 61
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.5-1.533.80.391022026920.8550.2320.4543.886
8.22-36.13.30.0314144250.9940.0190.03621.498.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.13 Å36.1 Å
Translation5.13 Å36.1 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
MOSFLM7.2.1データ削減
Aimless0.5.27データスケーリング
LAUEGEN6データ削減
LSCALE1データスケーリング
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
精密化

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

構造決定の手法開始モデル解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)SU ML交差検証法σ(F)位相誤差
分子置換4EIR

4eir

1.5-36.097X-RAY DIFFRACTION0.17850.14750.14861967574833.4290.190.13FREE R-VALUE019.15
2.115-32.866NEUTRON DIFFRACTION0.25250.21590.2172630181343.4779.020.3525.08
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→36.097 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3272 0 58 382 3712
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0117900
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.75313399
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.281999
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076559
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0141390
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0117900
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.75313399
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.281999
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076559
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.0141390
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.53750.32681190.27183479X-RAY DIFFRACTION80
1.5375-1.57910.21290.21083609X-RAY DIFFRACTION83
1.5791-1.62560.20841340.18473686X-RAY DIFFRACTION84
1.6256-1.6780.21541240.17263751X-RAY DIFFRACTION86
1.678-1.7380.21021360.17453829X-RAY DIFFRACTION88
1.738-1.80760.21351460.17533888X-RAY DIFFRACTION89
1.8076-1.88980.22361430.16913917X-RAY DIFFRACTION90
1.8898-1.98950.19361390.15673997X-RAY DIFFRACTION91
1.9895-2.11410.22911370.15344070X-RAY DIFFRACTION92
2.1141-2.27730.18861500.15754116X-RAY DIFFRACTION94
2.2773-2.50640.18931470.1554182X-RAY DIFFRACTION95
2.5064-2.8690.17551510.15314187X-RAY DIFFRACTION96
2.869-3.61410.19281490.13964315X-RAY DIFFRACTION97
3.6141-36.10720.11181630.10724490X-RAY DIFFRACTION99
2.1155-2.32830.35051350.30943515NEUTRON DIFFRACTION64
2.3283-2.66510.30881370.26364084NEUTRON DIFFRACTION74
2.6651-3.35720.23371680.21954667NEUTRON DIFFRACTION85
3.3572-32.86980.19971900.15515238NEUTRON DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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