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- PDB-5tj4: Gasdermin-B C-terminal domain containing the polymorphism residue... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tj4
タイトルGasdermin-B C-terminal domain containing the polymorphism residues Gly299:Pro306 fused to maltose binding protein
要素Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Gasdermin-B fusion protein
キーワードLIGAND BINDING PROTEIN / alpha helices / fusion protein / C-terminal domain / 1 SNP
機能・相同性
機能・相同性情報


cytotoxic T cell pyroptotic cell death / wide pore channel activity / killing by host of symbiont cells / programmed cell death / cardiolipin binding / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / phosphatidylserine binding / pyroptotic inflammatory response / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / phospholipid binding ...cytotoxic T cell pyroptotic cell death / wide pore channel activity / killing by host of symbiont cells / programmed cell death / cardiolipin binding / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / phosphatidylserine binding / pyroptotic inflammatory response / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / phospholipid binding / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gasdermin / Gasdermin, PUB domain / Gasdermin PUB domain / Gasdermin, pore forming domain / Gasdermin pore forming domain / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / : / Gasdermin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Chao, L.K. / Herzberg, O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM102810 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / : 2017
タイトル: Gene polymorphism linked to increased asthma and IBD risk alters gasdermin-B structure, a sulfatide and phosphoinositide binding protein.
著者: Chao, K.L. / Kulakova, L. / Herzberg, O.
履歴
登録2016年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Gasdermin-B fusion protein
B: Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Gasdermin-B fusion protein
C: Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Gasdermin-B fusion protein
D: Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Gasdermin-B fusion protein
E: Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Gasdermin-B fusion protein
F: Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Gasdermin-B fusion protein
G: Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Gasdermin-B fusion protein
H: Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Gasdermin-B fusion protein
I: Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Gasdermin-B fusion protein
J: Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Gasdermin-B fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)617,17422
ポリマ-613,70510
非ポリマー3,46912
00
1
A: Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Gasdermin-B fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7132
ポリマ-61,3711
非ポリマー3421
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Gasdermin-B fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7363
ポリマ-61,3711
非ポリマー3652
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Gasdermin-B fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7132
ポリマ-61,3711
非ポリマー3421
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Gasdermin-B fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7132
ポリマ-61,3711
非ポリマー3421
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Gasdermin-B fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7363
ポリマ-61,3711
非ポリマー3652
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Gasdermin-B fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7132
ポリマ-61,3711
非ポリマー3421
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Gasdermin-B fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7132
ポリマ-61,3711
非ポリマー3421
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Gasdermin-B fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7132
ポリマ-61,3711
非ポリマー3421
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Gasdermin-B fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7132
ポリマ-61,3711
非ポリマー3421
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Gasdermin-B fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7132
ポリマ-61,3711
非ポリマー3421
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.599, 274.569, 174.019
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.090, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16A
26G
17A
27H
18A
28I
19A
29J
110B
210C
111B
211D
112B
212E
113B
213F
114B
214G
115B
215H
116B
216I
117B
217J
118C
218D
119C
219E
120C
220F
121C
221G
122C
222H
123C
223I
124C
224J
125D
225E
126D
226F
127D
227G
128D
228H
129D
229I
130D
230J
131E
231F
132E
232G
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134E
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135E
235J
136F
236G
137F
237H
138F
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139F
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240H
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142G
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143H
243I
144H
244J
145I
245J

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYAA1 - 14051 - 556
21GLYGLYBB1 - 14051 - 556
12GLYGLYAA1 - 14051 - 556
22GLYGLYCC1 - 14051 - 556
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23ALAALADD1 - 14031 - 554
14GLYGLYAA1 - 14051 - 556
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15GLYGLYAA1 - 14051 - 556
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16GLYGLYAA1 - 14051 - 556
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28ALAALAII1 - 14031 - 554
19GLYGLYAA1 - 14051 - 556
29GLYGLYJJ1 - 14051 - 556
110THRTHRBB1 - 14071 - 558
210THRTHRCC1 - 14071 - 558
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211ALAALADD1 - 14031 - 554
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212VALVALEE1 - 14091 - 560
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114THRTHRBB1 - 14071 - 558
214THRTHRGG1 - 14071 - 558
115VALVALBB1 - 14091 - 560
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116ALAALABB1 - 14031 - 554
216ALAALAII1 - 14031 - 554
117SERSERBB1 - 14081 - 559
217SERSERJJ1 - 14081 - 559
118ALAALACC1 - 14031 - 554
218ALAALADD1 - 14031 - 554
119THRTHRCC1 - 14071 - 558
219THRTHREE1 - 14071 - 558
120GLYGLYCC1 - 14051 - 556
220GLYGLYFF1 - 14051 - 556
121THRTHRCC1 - 14071 - 558
221THRTHRGG1 - 14071 - 558
122THRTHRCC1 - 14071 - 558
222THRTHRHH1 - 14071 - 558
123ALAALACC1 - 14031 - 554
223ALAALAII1 - 14031 - 554
124THRTHRCC1 - 14071 - 558
224THRTHRJJ1 - 14071 - 558
125ALAALADD1 - 14031 - 554
225ALAALAEE1 - 14031 - 554
126ALAALADD1 - 14031 - 554
226ALAALAFF1 - 14031 - 554
127LEULEUDD1 - 14021 - 553
227LEULEUGG1 - 14021 - 553
128ALAALADD1 - 14031 - 554
228ALAALAHH1 - 14031 - 554
129ALAALADD1 - 14031 - 554
229ALAALAII1 - 14031 - 554
130ALAALADD1 - 14031 - 554
230ALAALAJJ1 - 14031 - 554
131GLYGLYEE1 - 14051 - 556
231GLYGLYFF1 - 14051 - 556
132THRTHREE1 - 14071 - 558
232THRTHRGG1 - 14071 - 558
133VALVALEE1 - 14091 - 560
233VALVALHH1 - 14091 - 560
134ALAALAEE1 - 14031 - 554
234ALAALAII1 - 14031 - 554
135SERSEREE1 - 14081 - 559
235SERSERJJ1 - 14081 - 559
136GLYGLYFF1 - 14051 - 556
236GLYGLYGG1 - 14051 - 556
137GLYGLYFF1 - 14051 - 556
237GLYGLYHH1 - 14051 - 556
138ALAALAFF1 - 14031 - 554
238ALAALAII1 - 14031 - 554
139GLYGLYFF1 - 14051 - 556
239GLYGLYJJ1 - 14051 - 556
140THRTHRGG1 - 14071 - 558
240THRTHRHH1 - 14071 - 558
141ALAALAGG1 - 14031 - 554
241ALAALAII1 - 14031 - 554
142THRTHRGG1 - 14071 - 558
242THRTHRJJ1 - 14071 - 558
143ALAALAHH1 - 14031 - 554
243ALAALAII1 - 14031 - 554
144SERSERHH1 - 14081 - 559
244SERSERJJ1 - 14081 - 559
145ALAALAII1 - 14031 - 554
245ALAALAJJ1 - 14031 - 554

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
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38
39
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41
42
43
44
45

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要素

#1: タンパク質
Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Gasdermin-B fusion protein / Gasdermin-like protein


分子量: 61370.527 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli, Homo sapiens / 遺伝子: malE, OO96_18925, GSDMB, GSDML, PP4052, PRO2521 / プラスミド: pMALX(E) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A178SBV6, UniProt: Q8TAX9
#2: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Na
配列の詳細The sequence of this entry corresponds to a common polymorphism present in half of the population.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.53 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: 2.1 M sodium malonate / Temp details: room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→173.04 Å / Num. obs: 99563 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 8.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TIB
解像度: 3.5→173.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 33.775 / SU ML: 0.504 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.56
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2485 5198 5 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.2148 99563 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 229.18 Å2 / Biso mean: 89.428 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.01 Å20 Å22.94 Å2
2--1.25 Å2-0 Å2
3----3.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→173.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39606 0 232 0 39838
Biso mean--65.07 --
残基数----5462
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01940675
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.0237264
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6781.9755644
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.988385230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.82355431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.58725.511548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.56155708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.91315100
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.26559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02147165
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.028657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.0129.34321817
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.0129.34221816
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.73214.00727217
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
11A580320.09
12B580320.09
21A585040.1
22C585040.1
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32D576240.1
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42E581600.1
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52F567840.1
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62G555240.1
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122E592980.09
131B574960.09
132F574960.09
141B567620.09
142G567620.09
151B553420.09
152H553420.09
161B536320.09
162I536320.09
171B555520.09
172J555520.09
181C572920.09
182D572920.09
191C578440.1
192E578440.1
201C569760.1
202F569760.1
211C550480.1
212G550480.1
221C538300.1
222H538300.1
231C527680.1
232I527680.1
241C542520.1
242J542520.1
251D580180.08
252E580180.08
261D575060.09
262F575060.09
271D560880.08
272G560880.08
281D544060.09
282H544060.09
291D537540.1
292I537540.1
301D544500.08
302J544500.08
311E573820.09
312F573820.09
321E565260.09
322G565260.09
331E549400.09
332H549400.09
341E534760.1
342I534760.1
351E558880.09
352J558880.09
361F556480.09
362G556480.09
371F541820.09
372H541820.09
381F531560.1
382I531560.1
391F537540.09
392J537540.09
401G538820.09
402H538820.09
411G525740.1
412I525740.1
421G542920.08
422J542920.08
431H520020.1
432I520020.1
441H527100.1
442J527100.1
451I513800.09
452J513800.09
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.591 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 415 -
Rwork0.299 7384 -
all-7799 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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