[日本語] English
万見
- PDB-5th3: Restriction/modification system-Type II R.SwaI cleaved DNA complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5th3
タイトルRestriction/modification system-Type II R.SwaI cleaved DNA complex
要素
  • (DNA (cleaved 25-MER, portion ...) x 2
  • (DNA (cleaved 26-MER, portion ...) x 2
  • R-SwaI protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / I-SwaI / cleaved DNA complex / R/M system
機能・相同性: / SwaI restriction endonuclease / metal ion binding / ACETATE ION / DNA / DNA (> 10) / R-SwaI protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus warneri (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Shen, B.W. / Stoddard, B.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM105691 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: DNA recognition by the SwaI restriction endonuclease involves unusual distortion of an 8 base pair A:T-rich target.
著者: Shen, B.W. / Heiter, D.F. / Lunnen, K.D. / Wilson, G.G. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2016年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_assembly ...citation / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: R-SwaI protein
B: R-SwaI protein
C: R-SwaI protein
D: R-SwaI protein
H: DNA (cleaved 25-MER, portion 1)
h: DNA (cleaved 25-MER, portion 2)
I: DNA (cleaved 26-MER, portion 1)
i: DNA (cleaved 26-MER, portion 2)
J: DNA (cleaved 25-MER, portion 1)
j: DNA (cleaved 25-MER, portion 2)
K: DNA (cleaved 26-MER, portion 1)
k: DNA (cleaved 26-MER, portion 2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,94722
ポリマ－141,55612
非ポリマー39110
水2,396133
1
A: R-SwaI protein
B: R-SwaI protein
H: DNA (cleaved 25-MER, portion 1)
h: DNA (cleaved 25-MER, portion 2)
I: DNA (cleaved 26-MER, portion 1)
i: DNA (cleaved 26-MER, portion 2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,03412
ポリマ－70,7786
非ポリマー2566
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13970 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area25820 Å2
手法PISA
2
C: R-SwaI protein
D: R-SwaI protein
J: DNA (cleaved 25-MER, portion 1)
j: DNA (cleaved 25-MER, portion 2)
K: DNA (cleaved 26-MER, portion 1)
k: DNA (cleaved 26-MER, portion 2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,91310
ポリマ－70,7786
非ポリマー1354
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14340 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area26190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.748, 57.072, 113.443
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D
17H
27I
18H
28J
19H
29K
110I
210K
111J
211K

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A1 - 226
2010B1 - 226
1020A1 - 226
2020C1 - 226
1030A1 - 226
2030D1 - 226
1040B1 - 226
2040C1 - 226
1050B1 - 226
2050D1 - 226
1060C1 - 226
2060D1 - 226
1070H6 - 36
2070I6 - 35
1080H3 - 36
2080J3 - 36
1090H6 - 36
2090K6 - 35
10100I2 - 35
20100K2 - 35
10110J6 - 36
20110K6 - 35

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
R-SwaI protein


分子量: 27135.119 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus warneri (バクテリア)
プラスミド: pHKT7 / 細胞株 (発現宿主): ER2566 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1S4NYF7*PLUS

-
DNA (cleaved 25-MER, portion ... , 2種, 4分子 HJhj

#2: DNA鎖 DNA (cleaved 25-MER, portion 1)


分子量: 4376.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (cleaved 25-MER, portion 2)


分子量: 4001.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
DNA (cleaved 26-MER, portion ... , 2種, 4分子 IKik

#4: DNA鎖 DNA (cleaved 26-MER, portion 1)


分子量: 4232.741 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 DNA (cleaved 26-MER, portion 2)


分子量: 3896.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 143分子

#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / Density meas: 45.98 Mg/m3 / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 24-28% PEG1000, 100 mM TrisHCl, 5 mM MgCl2 / PH範囲: 8 - 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 70 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→50 Å / Num. obs: 56787 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 33.9 Å2 / Rsym value: 9.5 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2.33→2.41 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.984 / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / CC1/2: 0.678 / % possible all: 85.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SwaI

解像度: 2.33→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 21.706 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.399 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23891 2894 5.1 %RANDOM
Rwork0.19846 ---
obs0.20051 53845 98.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 75.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.39 Å20 Å2-0.64 Å2
2--4.16 Å20 Å2
3----1.97 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.33→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7576 2127 22 133 9858
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.01710245
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.028714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1271.76414224
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.746320247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.835926
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.16925.074406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.29151458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2851536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.21405
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0210052
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.022356
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4183.4233672
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.413.4213670
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7455.1264602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7445.1274603
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3084.0926573
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3084.0936574
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0076.0589621
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.14532.31312178
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.14532.31712179
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A280920.07
12B280920.07
21A275840.09
22C275840.09
31A280800.07
32D280800.07
41B278760.09
42C278760.09
51B278760.07
52D278760.07
61C275420.09
62D275420.09
71H29740.08
72I29740.08
81H36800.09
82J36800.09
91H29980.06
92K29980.06
101I38080.07
102K38080.07
111J29860.04
112K29860.04
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.39 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 159 -
Rwork0.334 3438 -
obs--84.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7434-0.4581-0.41911.7680.26434.4073-0.08160.08070.1594-0.08140.03470.1228-0.458-0.40680.0470.06310.0172-0.01120.11170.01720.21245.556436.365734.4227
23.55340.3466-0.72351.6132-0.29982.9673-0.03620.1824-0.132-0.1368-0.0682-0.23940.11390.67310.10440.0932-0.00210.07090.366-0.01940.247328.700627.873323.0842
33.6583-0.7243-0.95171.70420.13463.5352-0.0432-0.11740.11040.12680.13870.2295-0.0671-0.5155-0.09560.09290.10520.05630.2732-0.02330.2767-8.605130.7185.7375
42.42950.3378-0.62921.7214-1.06365.4089-0.0448-0.11450.20730.26380.0227-0.1182-0.81270.8170.02210.1799-0.0381-0.0310.3181-0.12430.221715.680735.664774.5384
54.159-0.64930.5155.5177-1.05575.68480.03960.3251-0.3391-0.03890.04890.17680.33760.0214-0.08850.0383-0.02660.06430.0753-0.13470.299512.071125.450726.1558
64.4056-0.19131.66792.23020.20166.92550.0180.1387-0.3634-0.14750.11510.28650.3405-0.266-0.1330.0524-0.07080.05740.1501-0.13360.338111.807725.261323.8438
74.45360.2281.79233.2401-0.90845.9663-0.0036-0.3071-0.40560.11390.1522-0.23280.23790.1651-0.14860.06610.08430.06850.3028-0.03510.30836.947723.787684.9186
83.61351.00761.33533.79771.11596.43060.1071-0.3283-0.42770.18520.025-0.2770.3615-0.0172-0.13210.11460.07930.07350.14510.03890.29247.094823.706982.3278
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 226
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 226
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 226
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 226
5X-RAY DIFFRACTION5H3 - 14
6X-RAY DIFFRACTION5h25 - 37
7X-RAY DIFFRACTION6I1 - 14
8X-RAY DIFFRACTION6i25 - 36
9X-RAY DIFFRACTION7J1 - 14
10X-RAY DIFFRACTION7j25 - 37
11X-RAY DIFFRACTION8K2 - 14
12X-RAY DIFFRACTION8k25 - 37

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る