[English] 日本語
Yorodumi- PDB-5tgx: Restriction/modification system-Type II R-SwaI complexed with par... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5tgx | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Restriction/modification system-Type II R-SwaI complexed with partially cleaved DNA | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / R-SwaI / uncleaved DNA complex / R/M system / rare cutter | ||||||
Function / homology | metal ion binding / ACETATE ION / DNA / DNA (> 10) / R-SwaI protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Staphylococcus warneri (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Shen, B.W. / Stoddard, B.L. | ||||||
Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2017 Title: DNA recognition by the SwaI restriction endonuclease involves unusual distortion of an 8 base pair A:T-rich target. Authors: Shen, B.W. / Heiter, D.F. / Lunnen, K.D. / Wilson, G.G. / Stoddard, B.L. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5tgx.cif.gz | 514.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5tgx.ent.gz | 435.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5tgx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/5tgx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/5tgx | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
|
-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 27135.119 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: SeMet incorporated / Source: (gene. exp.) Staphylococcus warneri (bacteria) / Plasmid: pHKT7 / Cell line (production host): ER2566 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A1S4NYF7*PLUS |
---|
-DNA chain , 2 types, 4 molecules HJIK
#2: DNA chain | Mass: 8423.407 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: DNA chain | Mass: 8174.250 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
---|
-Non-polymers , 4 types, 223 molecules
#4: Chemical | ChemComp-CA / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | ChemComp-ACT / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Compound details | The DNA strands are partially cleaved, thus the alternate conformations: A conformer (cleaved) and ...The DNA strands are partially cleaved, thus the alternate conformations: A conformer (cleaved) and B conformer (uncleaved) |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 45.98 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: 24 - 28% PEG1000, 100 mM TrisHCl, 5 mM CaCl2, / PH range: 8 - 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 0.9794 Å |
Detector | Type: Nonius Kappa CCD / Detector: CCD / Date: Dec 13, 2013 |
Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 53972 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 30.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 12.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.29→2.37 Å / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.851 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / CC1/2: 0.613 / % possible all: 79.9 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.3→49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 20.475 / SU ML: 0.233 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.408 / ESU R Free: 0.249 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 68.234 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.3→49 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|