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- PDB-5tgq: Restriction-modification system Type II R.SwaI, DNA free -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tgq
タイトルRestriction-modification system Type II R.SwaI, DNA free
要素R.SwaI protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / rare cutter / apoSwaI
機能・相同性: / SwaI restriction endonuclease / metal ion binding / ACETATE ION / R-SwaI protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus warneri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Shen, B.W. / stoddard, B.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM105691 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: DNA recognition by the SwaI restriction endonuclease involves unusual distortion of an 8 base pair A:T-rich target.
著者: Shen, B.W. / Heiter, D.F. / Lunnen, K.D. / Wilson, G.G. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2016年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: R.SwaI protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2878
ポリマ－26,9011
非ポリマー3877
水1,47782
1
A: R.SwaI protein
ヘテロ分子

A: R.SwaI protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,57516
ポリマ－53,8012
非ポリマー77314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565x,-y+1,-z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area22750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.386, 65.225, 67.567
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 R.SwaI protein


分子量: 26900.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus warneri (バクテリア)
プラスミド: pHKT7 / 細胞株 (発現宿主): ER2566 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1S4NYF7*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 89分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 16-20% PEG1000 (w/v) 100 mM TrisHCl, 20 - 40 mM Calcium Acetate, 150 mM NaBr

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.92024 Å
検出器タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月5日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92024 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→50.01 Å / Num. obs: 16745 / % possible obs: 71 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 39.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 31.6
反射 シェル解像度: 1.88→1.95 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.048 / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / CC1/2: 0.656 / % possible all: 73

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.88→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 11.853 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27915 890 5 %RANDOM
Rwork0.19787 ---
obs0.20178 16745 98.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.655 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.68 Å20 Å20 Å2
2---2.2 Å20 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.88→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1897 0 20 82 1999
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0191974
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021893
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1851.9612641
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.12634368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6515227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.25825.146103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.9115381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.527159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2273
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022185
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02450
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9682.668916
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8942.66908
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7453.9811135
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7443.9811136
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5622.9731058
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5612.9761059
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8574.3471507
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.93231.3522267
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.96531.3492267
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.929 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 61 -
Rwork0.332 1058 -
obs--85.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.89791.1172-1.74053.8628-2.12453.4744-0.03030.3261-0.0196-0.04740.02470.23190.2036-0.27510.00560.11140.01690.01220.10520.00010.03034.19715.372910.7435
20000000000000000.1964-0.0691-0.04780.10680.03970.0603-2.44417.668511.8999
33.70070.2139-2.42374.2223-0.79613.13060.13180.4781-0.06880.0381-0.16840.4215-0.1108-0.38620.03660.08470.0051-0.01080.15180.00590.06735.254416.608513.3447
40000000000000000.02120.04830.02330.16640.07580.063815.323923.89870.053
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 226
2X-RAY DIFFRACTION2A301
3X-RAY DIFFRACTION3A401 - 479
4X-RAY DIFFRACTION4A302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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