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- PDB-5tfk: Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC19-21 WT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tfk
タイトルCrystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC19-21 WT
要素Cadherin-23
キーワードCELL ADHESION / hearing / mechanotransduction / adhesion / calcium-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cochlear hair cell ribbon synapse / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / stereocilium tip / inner ear receptor cell stereocilium organization / photoreceptor ribbon synapse / kinocilium / inner ear auditory receptor cell differentiation / : / calcium-dependent cell-cell adhesion ...cochlear hair cell ribbon synapse / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / stereocilium tip / inner ear receptor cell stereocilium organization / photoreceptor ribbon synapse / kinocilium / inner ear auditory receptor cell differentiation / : / calcium-dependent cell-cell adhesion / catenin complex / stereocilium / photoreceptor cell maintenance / auditory receptor cell stereocilium organization / inner ear morphogenesis / homophilic cell-cell adhesion / inner ear development / cochlea development / regulation of cytosolic calcium ion concentration / photoreceptor inner segment / locomotory behavior / sensory perception of sound / beta-catenin binding / apical part of cell / neuron projection development / calcium ion transport / cell migration / cell adhesion / cadherin binding / calcium ion binding / centrosome / synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cadherins / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Jaiganesh, A. / Sotomayor, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)DC012534 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Zooming in on Cadherin-23: Structural Diversity and Potential Mechanisms of Inherited Deafness.
著者: Jaiganesh, A. / De-la-Torre, P. / Patel, A.A. / Termine, D.J. / Velez-Cortes, F. / Chen, C. / Sotomayor, M.
履歴
登録2016年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年9月19日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cadherin-23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5289
ポリマ－38,2071
非ポリマー3218
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area290 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area18130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.408, 66.932, 112.815
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2410-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cadherin-23 / Otocadherin


分子量: 38207.375 Da / 分子数: 1 / 断片: Cadherin domains 19-21, residues 1949-2289 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdh23 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 RIPL / 参照: UniProt: Q99PF4
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.2, 0.075 M Calcium Acetate, 28% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cryo-jet crystal cryocoolers
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→111.51 Å / Num. obs: 14163 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.86 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.504 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 85.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I8D

5i8d


解像度: 2.8→111.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 36.304 / SU ML: 0.285 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.558 / ESU R Free: 0.312 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24386 706 5.1 %RANDOM
Rwork0.20096 ---
obs0.20318 13110 97.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 81.977 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å22.4 Å2
2--10.87 Å2-0 Å2
3----11.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→111.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2561 0 8 10 2579
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192614
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022470
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5461.973590
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86535693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3665336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.68525.966119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.9515406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.0421511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212981
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02532
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.834.8411341
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8274.8421340
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8927.2641675
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8927.2641676
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6814.9841273
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.684.9841274
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7677.421915
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.38275.3973263
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.43975.4143262
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.801→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 37 -
Rwork0.367 822 -
obs--81.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2034-0.95960.06593.9413-1.481211.2759-0.10640.0105-0.09140.0242-0.2669-0.051-0.00610.03540.37320.02530.0429-0.05060.34490.02080.4035165.814-46.169129.543
21.31930.7323-3.66760.7459-1.940110.6094-0.02430.17450.0264-0.17370.0968-0.00720.3211-0.4193-0.07250.3313-0.0421-0.04530.34710.01730.426155.606-63.055174.633
34.33320.17470.09182.0956-2.068910.0782-0.22630.0111-0.43260.15930.0351-0.05260.111-1.04540.19120.0386-0.0311-0.01010.1296-0.04730.4344149.401-74.877222.19
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1929 - 2040
2X-RAY DIFFRACTION1A2301 - 2303
3X-RAY DIFFRACTION2A2041 - 2145
4X-RAY DIFFRACTION2A2305 - 2307
5X-RAY DIFFRACTION3A2146 - 2263
6X-RAY DIFFRACTION3A2308

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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