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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5tfk | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC19-21 WT | ||||||
要素 | Cadherin-23 | ||||||
キーワード | CELL ADHESION / hearing / mechanotransduction / adhesion / calcium-binding protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cochlear hair cell ribbon synapse / kinocilium / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / stereocilium tip / inner ear receptor cell stereocilium organization / inner ear auditory receptor cell differentiation / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / photoreceptor ribbon synapse / stereocilium ...cochlear hair cell ribbon synapse / kinocilium / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / stereocilium tip / inner ear receptor cell stereocilium organization / inner ear auditory receptor cell differentiation / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / photoreceptor ribbon synapse / stereocilium / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / photoreceptor cell maintenance / catenin complex / auditory receptor cell stereocilium organization / inner ear morphogenesis / cochlea development / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / inner ear development / regulation of cytosolic calcium ion concentration / photoreceptor inner segment / locomotory behavior / sensory perception of sound / calcium ion transport / apical part of cell / cell adhesion / cadherin binding / centrosome / synapse / calcium ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Jaiganesh, A. / Sotomayor, M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2018 タイトル: Zooming in on Cadherin-23: Structural Diversity and Potential Mechanisms of Inherited Deafness. 著者: Jaiganesh, A. / De-la-Torre, P. / Patel, A.A. / Termine, D.J. / Velez-Cortes, F. / Chen, C. / Sotomayor, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5tfk.cif.gz | 148.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5tfk.ent.gz | 115.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5tfk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5tfk_validation.pdf.gz | 414.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5tfk_full_validation.pdf.gz | 414.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5tfk_validation.xml.gz | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5tfk_validation.cif.gz | 17.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/5tfk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/5tfk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5i8dSC 5tflC 5tfmC 5uluC 5un2C 5uz8C 5vh2C 5vt8C 5vvmC 5w4tC 5wj8C 5wjmC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38207.375 Da / 分子数: 1 / 断片: Cadherin domains 19-21, residues 1949-2289 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdh23 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 RIPL / 参照: UniProt: Q99PF4 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.49 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.2, 0.075 M Calcium Acetate, 28% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cryo-jet crystal cryocoolers |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→111.51 Å / Num. obs: 14163 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 17.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.86 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.504 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 85.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5I8D 解像度: 2.8→111.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 36.304 / SU ML: 0.285 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.558 / ESU R Free: 0.312 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 81.977 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.8→111.51 Å
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拘束条件 |
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