PDB-5tej: Structure of 4-Hydroxy-tetrahydrodipicolinate Reductase from Vibr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tej

タイトル

Structure of 4-Hydroxy-tetrahydrodipicolinate Reductase from Vibrio vulnificus with 2,5 Furan Dicarboxylic and NADH

要素

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Lysine Biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / oxidoreductase activity, acting on CH or CH2 groups, NAD or NADP as acceptor / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NAD binding / NADP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio vulnificus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Mank, N. / Arnette, K. / Klapper, V. / Chruszcz, M.

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2021
タイトル: Comparative structural and mechanistic studies of 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductases from Mycobacterium tuberculosis and Vibrio vulnificus.
著者: Pote, S. / Kachhap, S. / Mank, N.J. / Daneshian, L. / Klapper, V. / Pye, S. / Arnette, A.K. / Shimizu, L.S. / Borowski, T. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2016年9月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月30日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tej.cif.gz	413.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tej.ent.gz	340.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tej.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5tej_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tej_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	5tej_validation.xml.gz	42.6 KB	表示
CIF形式データ	5tej_validation.cif.gz	58.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/5tej ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/5tej	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tekC 5temC 5tenC 5tjyC 5tjzC 5ugvC 5us6C 1arzS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ten-1 5us6-2 5us6-1 5ten-2 1arz-d 5us6-3 5tem-1 5z2f-1 1vm6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

ヘテロ分子

118 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.059, 91.039, 125.922
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 120.070, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	1 - 269	2 - 270
2	1	B	B	1 - 269	2 - 270
1	2	A	A	1 - 266	2 - 267
2	2	C	C	1 - 266	2 - 267
1	3	A	A	1 - 269	2 - 270
2	3	D	D	1 - 269	2 - 270
1	4	B	B	1 - 266	2 - 267
2	4	C	C	1 - 266	2 - 267
1	5	B	B	1 - 269	2 - 270
2	5	D	D	1 - 269	2 - 270
1	6	C	C	1 - 266	2 - 267
2	6	D	D	1 - 266	2 - 267

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / HTPA reductase 分子量: 28728.744 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (strain CMCP6) (バクテリア) 株: CMCP6 / 遺伝子: dapB, VV1_0567 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8DEM0, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

#1: タンパク質

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / HTPA reductase

分子量: 28728.744 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Vibrio vulnificus (strain CMCP6) (バクテリア)
株: CMCP6 / 遺伝子: dapB, VV1_0567 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8DEM0, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

-
非ポリマー , 6種, 270分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-7FN / 2,5 Furan Dicarboxylic Acid / 2,5-フランジカルボン酸分子量: 156.093 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₄O₅
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.93 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryostream

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.49→50.01 Å / Num. obs: 43079 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.113 / R_sym value: 0.113 / Net I/av σ(I): 16.725 / Net I/σ(I): 7.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
2.49-2.53	3.5	0.464	2.8	0.8	1	99.5
2.53-2.58	4	0.467		0.834	1	100
2.58-2.63	4.2	0.449		0.862	1	100
2.63-2.68	4.3	0.384		0.897	1	100
2.68-2.74	4.3	0.331		0.925	1	100
2.74-2.8	4.3	0.308		0.931	1	100
2.8-2.87	4.3	0.267		0.944	1	100
2.87-2.95	4.3	0.221		0.959	1	100
2.95-3.04	4.3	0.196		0.969	1	100
3.04-3.14	4.3	0.161		0.981	1	100
3.14-3.25	4.3	0.143		0.984	1	100
3.25-3.38	4.3	0.113		0.991	1	100
3.38-3.53	4.3	0.104		0.99	1	100
3.53-3.72	4.3	0.085		0.994	1	100
3.72-3.95	4.3	0.081		0.994	1	100
3.95-4.26	4.3	0.076		0.994	1	100
4.26-4.69	4.2	0.072		0.995	1	100
4.69-5.36	4.2	0.078		0.993	1	100
5.36-6.75	4.2	0.083		0.993	1	100
6.75-50	4	0.061		0.996	1	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ARZ

1arz

解像度: 2.5→50.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.502 / ESU R Free: 0.245
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2117	2095	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1816	-	-	-
obs	0.1831	40949	99.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 108.03 Å² / B_iso mean: 36.786 Å² / B_iso min: 14.03 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.93 Å²	0 Å²	-0.1 Å²
2-	-	0.8 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→50.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7952	0	236	257	8445
B_iso mean	-	-	37.79	32.49	-
残基数	-	-	-	-	1075

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	8318
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	7923
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.639	1.979	11289
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.719	3	18163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.063	5	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.16	24.69	339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.231	15	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.859	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	9478
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	1825
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.047	2.297	4296
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.047	2.296	4295
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.851	3.438	5363

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	29456	0.14
1	2	B	29456	0.14
2	1	A	29260	0.13
2	2	C	29260	0.13
3	1	A	29766	0.13
3	2	D	29766	0.13
4	1	B	30106	0.12
4	2	C	30106	0.12
5	1	B	30846	0.11
5	2	D	30846	0.11
6	1	C	30244	0.11
6	2	D	30244	0.11

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.251	165	-
R_work	0.251	2896	-
all	-	3061	-
obs	-	-	97.27 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3729	1.8548	1.7615	6.0168	-0.5696	7.385	-0.2026	0.0749	0.3071	-0.103	0.1643	0.6478	-0.3777	-0.0676	0.0384	0.0398	-0.0475	-0.0152	0.144	0.0075	0.0748	-3.436	-16.687	47.773
2	4.5191	-2.9069	0.6697	7.1829	-1.1573	8.9336	-0.367	0.1572	0.3599	0.2973	0.3735	0.92	-0.861	-0.3699	-0.0065	0.1861	-0.0622	-0.0157	0.2438	0.0854	0.2833	-8.845	-11.104	55.379
3	1.267	0.332	-0.8621	0.1255	-0.4404	1.9547	0.0903	-0.2477	0.1025	-0.0159	-0.0212	0.0367	0.0646	0.0026	-0.0691	0.129	-0.1188	-0.0455	0.142	0.0294	0.0502	10.338	-22.231	50.778
4	1.3008	0.4369	-0.681	0.4914	0.0022	1.4245	-0.0179	-0.0697	-0.0096	0.1077	-0.0257	-0.0317	0.0149	-0.0324	0.0437	0.0914	-0.0204	-0.0494	0.081	0.0096	0.0417	25.798	-4.917	38.817
5	0.517	-0.6004	0.2849	3.3829	-3.159	3.2477	-0.009	0.2026	-0.1029	-0.2248	0.021	0.0789	0.3325	-0.1678	-0.012	0.1525	-0.1043	-0.0522	0.1872	0.0246	0.0789	7.851	-23.097	41.565
6	3.0954	-1.6053	-0.907	3.9351	2.431	4.3505	-0.0005	0.1636	-0.0552	0.4269	-0.2155	0.1997	0.1112	-0.6197	0.2159	0.0695	-0.0041	0.0233	0.1892	-0.0588	0.0253	-14.329	10.733	35.986
7	2.7977	3.1633	0.445	6.6607	-0.1923	3.7035	0.3354	0.231	-0.1026	0.5007	0.1899	1.0986	0.4322	-0.1655	-0.5253	0.2008	0.0189	0.0329	0.5683	-0.106	0.5185	-22.861	4.869	33.125
8	2.3808	-2.9724	0.1582	5.3164	-0.0126	2.0622	0.184	0.545	-0.1003	-0.3367	-0.2708	0.2568	0.1562	-0.3994	0.0868	0.1356	0.0835	-0.0635	0.5068	-0.0352	0.0599	-14.74	14.724	20.3
9	1.0643	-0.2197	-0.7657	0.153	0.1263	1.1011	0.044	0.0459	0.0504	-0.0733	-0.04	0.0216	-0.0647	-0.2101	-0.0041	0.1092	-0.0006	-0.0587	0.1405	0.0104	0.0391	7.206	10.296	19.251
10	7.3372	0.9084	-0.8405	0.899	-1.1791	1.5751	0.0616	0.0888	0.492	0.2277	-0.0593	0.0194	-0.3326	0.0621	-0.0024	0.1808	0.0739	-0.0298	0.0835	-0.0007	0.0546	-4.422	24.336	27.98
11	3.1121	0.1844	-1.189	2.5171	-2.3983	2.7815	0.0274	-0.0839	0.0356	-0.0635	-0.2077	-0.1643	0.0198	0.4218	0.1804	0.133	-0.0723	-0.0792	0.2796	0.072	0.0874	46.85	16.732	18.493
12	2.5296	-0.5023	0.0591	2.2146	0.1435	4.0154	-0.0793	-0.0525	0.1007	0.0436	-0.1497	-0.1188	-0.1545	0.5071	0.229	0.0774	-0.0755	-0.0635	0.1248	0.0759	0.0588	50.519	18.171	22.365
13	5.4099	1.3003	-0.8841	0.3607	-0.2678	0.2158	0.0119	-0.2858	0.3211	0.1191	-0.0355	0.0342	-0.1516	0.0315	0.0236	0.3799	-0.0391	-0.0865	0.1824	-0.0452	0.2276	31.914	23.587	30.413
14	1.386	0.3315	-0.5555	0.3498	-0.125	0.6694	-0.0475	-0.0365	0.03	0.1531	0.0088	-0.0452	-0.0337	-0.0418	0.0387	0.1318	-0.0008	-0.0565	0.097	-0.0161	0.0352	25.873	11.968	34.393
15	8.4851	5.0646	2.6085	3.3011	-0.1041	11.4436	-0.2143	-0.4013	0.4126	-0.0094	-0.0939	0.176	-0.9078	-1.1525	0.3083	0.1839	0.1191	-0.0136	0.1328	-0.0094	0.1367	35.079	29.911	23.776
16	4.4552	-1.5001	-0.3521	1.6049	0.7893	1.929	0.0984	-0.0372	0.5236	-0.0444	-0.0235	-0.4895	0.0113	0.2492	-0.075	0.063	-0.0282	0.0129	0.1192	0.0293	0.1687	40.96	-10.752	3.737
17	7.7786	0.8179	0.8499	6.7503	0.3742	5.9586	0.1561	0.2016	0.6165	-0.3332	0.2177	-0.4456	-0.5603	0.0922	-0.3739	0.077	-0.0008	0.0846	0.0988	0.0358	0.1357	40.983	-5.305	-5.705
18	3.1618	-1.9234	-1.0177	1.9464	1.7544	2.3733	0.1757	0.1755	-0.1079	-0.0665	-0.1503	0.1069	-0.0618	-0.0488	-0.0254	0.0774	0.0076	-0.003	0.0573	-0.0187	0.0591	29.973	-18.045	-2.54
19	1.0835	-0.3298	-0.4825	0.2327	0.3854	1.3124	0.0193	-0.0119	-0.0336	0.0159	-0.0276	0.0043	0.0792	-0.0573	0.0083	0.0922	-0.0662	-0.04	0.0691	0.0149	0.0303	17.907	-12.433	15.631
20	0.6809	-0.399	-2.2968	3.6122	2.4314	8.2648	-0.1016	-0.0978	-0.0961	0.3161	-0.0506	-0.2379	0.5523	0.2498	0.1522	0.157	0.0005	-0.0572	0.0618	0.0626	0.0983	30.937	-25.528	12.93

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	35 - 56
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	57 - 147
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	148 - 233
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	234 - 269
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 34
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	35 - 67
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	68 - 112
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	113 - 245
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	246 - 269
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	0 - 16
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	17 - 106
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	107 - 141
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	142 - 250
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	251 - 267
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	1 - 34
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	35 - 64
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	65 - 108
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	109 - 250
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	251 - 269

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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