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Yorodumi- PDB-5tem: Structure of 4-Hydroxy-tetrahydrodipicolinate Reductase from Vibr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5tem | ||||||
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Title | Structure of 4-Hydroxy-tetrahydrodipicolinate Reductase from Vibrio vulnificus with 2,6 Pyridine Dicarboxylic and NADH | ||||||
Components | 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Lysine Biosynthesis | ||||||
Function / homology | Function and homology information 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / oxidoreductase activity, acting on CH or CH2 groups, NAD or NADP as acceptor / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NAD binding / NADP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Vibrio vulnificus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Mank, N. / Arnette, K. / Klapper, V. / Chruszcz, M. | ||||||
Citation | Journal: Biochim Biophys Acta Gen Subj / Year: 2021 Title: Comparative structural and mechanistic studies of 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductases from Mycobacterium tuberculosis and Vibrio vulnificus. Authors: Pote, S. / Kachhap, S. / Mank, N.J. / Daneshian, L. / Klapper, V. / Pye, S. / Arnette, A.K. / Shimizu, L.S. / Borowski, T. / Chruszcz, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5tem.cif.gz | 214.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5tem.ent.gz | 171.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5tem.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5tem_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5tem_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 5tem_validation.xml.gz | 24.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5tem_validation.cif.gz | 33.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/5tem ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/5tem | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5tejC 5tekC 5tenC 5tjyC 5tjzC 5ugvC 5us6C 1arzS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 266 / Label seq-ID: 1 - 266
|
-Components
#1: Protein | Mass: 28671.691 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio vulnificus (bacteria) / Strain: CMCP6 / Gene: dapB, VV1_0567 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q8DEM0, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: Cryostream | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 16, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→65.56 Å / Num. obs: 28190 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.112 / Net I/av σ(I): 12.762 / Net I/σ(I): 6.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1ARZ Resolution: 2.2→65.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.204 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 103.39 Å2 / Biso mean: 32.26 Å2 / Biso min: 9.19 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.2→65.56 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 30406 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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