PDB-5ten: Structure of 4-Hydroxy-tetrahydrodipicolinate Reductase from Vibr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ten

タイトル

Structure of 4-Hydroxy-tetrahydrodipicolinate Reductase from Vibrio vulnificus with 2,5 Furan Dicarboxylic and NADH with Intact Polyhistidine Tag

要素

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Lysine Biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / oxidoreductase activity, acting on CH or CH2 groups, NAD or NADP as acceptor / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase activity / diaminopimelate biosynthetic process / L-lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NAD binding / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio vulnificus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Mank, N. / Pote, S. / Arnette, K. / Klapper, V. / Chruszcz, M.

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2021
タイトル: Comparative structural and mechanistic studies of 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductases from Mycobacterium tuberculosis and Vibrio vulnificus.
著者: Pote, S. / Kachhap, S. / Mank, N.J. / Daneshian, L. / Klapper, V. / Pye, S. / Arnette, A.K. / Shimizu, L.S. / Borowski, T. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2016年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月25日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id
改定 1.2	2021年6月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	5tejC 5tekC 5temC 5tjyC 5tjzC 5ugvC 5us6C 1arzS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tej-d 5us6-1 5us6-2 1arz-d 5us6-3 5tem-1 1vm6-d 5z2f-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

G: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

H: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

ヘテロ分子

238 kDa, 8 ポリマー
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1

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
119 kDa, 4 ポリマー
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2

E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

G: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

H: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
119 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.439, 117.545, 131.524
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.190, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	1 - 269	1 - 269
2	1	B	B	1 - 269	1 - 269
1	2	A	A	1 - 269	1 - 269
2	2	C	C	1 - 269	1 - 269
1	3	A	A	1 - 269	1 - 269
2	3	D	D	1 - 269	1 - 269
1	4	A	A	1 - 269	1 - 269
2	4	E	E	1 - 269	1 - 269
1	5	A	A	1 - 269	1 - 269
2	5	F	F	1 - 269	1 - 269
1	6	A	A	1 - 269	1 - 269
2	6	G	G	1 - 269	1 - 269
1	7	A	A	1 - 266	1 - 266
2	7	H	H	1 - 266	1 - 266
1	8	B	B	1 - 269	1 - 269
2	8	C	C	1 - 269	1 - 269
1	9	B	B	1 - 269	1 - 269
2	9	D	D	1 - 269	1 - 269
1	10	B	B	1 - 269	1 - 269
2	10	E	E	1 - 269	1 - 269
1	11	B	B	1 - 269	1 - 269
2	11	F	F	1 - 269	1 - 269
1	12	B	B	1 - 269	1 - 269
2	12	G	G	1 - 269	1 - 269
1	13	B	B	1 - 266	1 - 266
2	13	H	H	1 - 266	1 - 266
1	14	C	C	1 - 269	1 - 269
2	14	D	D	1 - 269	1 - 269
1	15	C	C	1 - 269	1 - 269
2	15	E	E	1 - 269	1 - 269
1	16	C	C	1 - 269	1 - 269
2	16	F	F	1 - 269	1 - 269
1	17	C	C	1 - 269	1 - 269
2	17	G	G	1 - 269	1 - 269
1	18	C	C	1 - 266	1 - 266
2	18	H	H	1 - 266	1 - 266
1	19	D	D	1 - 269	1 - 269
2	19	E	E	1 - 269	1 - 269
1	20	D	D	1 - 269	1 - 269
2	20	F	F	1 - 269	1 - 269
1	21	D	D	1 - 269	1 - 269
2	21	G	G	1 - 269	1 - 269
1	22	D	D	1 - 266	1 - 266
2	22	H	H	1 - 266	1 - 266
1	23	E	E	1 - 269	1 - 269
2	23	F	F	1 - 269	1 - 269
1	24	E	E	1 - 269	1 - 269
2	24	G	G	1 - 269	1 - 269
1	25	E	E	1 - 266	1 - 266
2	25	H	H	1 - 266	1 - 266
1	26	F	F	1 - 269	1 - 269
2	26	G	G	1 - 269	1 - 269
1	27	F	F	1 - 266	1 - 266
2	27	H	H	1 - 266	1 - 266
1	28	G	G	1 - 266	1 - 266
2	28	H	H	1 - 266	1 - 266

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / HTPA reductase 分子量: 28671.691 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (strain CMCP6) (バクテリア) 株: CMCP6 / 遺伝子: dapB, VV1_0567 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8DEM0, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-7FN / 2,5 Furan Dicarboxylic Acid 分子量: 156.093 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₄O₅
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.63 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM HEPES pH 7, 1.26 M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryostream

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 74404 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.131 / R_sym value: 0.131 / Net I/av σ(I): 12.733 / Net I/σ(I): 6.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
2.45-2.49	3	0.723	2.1	0.798	1	96.5
2.49-2.54	3.1	0.724		0.791	1	95
2.54-2.59	3.1	0.668		0.83	1	96.5
2.59-2.64	3.1	0.657		0.815	1	95.1
2.64-2.7	3.1	0.546		0.87	1	96.4
2.7-2.76	3.1	0.471		0.91	1	95.6
2.76-2.83	3.1	0.418		0.894	1	96.3
2.83-2.9	3.2	0.372		0.922	1	96.3
2.9-2.99	3.1	0.303		0.948	1	96.3
2.99-3.09	3.1	0.254		0.956	1	97.5
3.09-3.2	3.1	0.213		0.965	1	97.7
3.2-3.32	3.1	0.177		0.974	1	97.3
3.32-3.48	3.1	0.139		0.982	1	97.6
3.48-3.66	3	0.117		0.983	1	97.5
3.66-3.89	3	0.109		0.982	1	97.5
3.89-4.19	3.1	0.078		0.991	1	98.4
4.19-4.61	3.1	0.07		0.991	1	98
4.61-5.28	3.2	0.064		0.993	1	98.1
5.28-6.65	3.2	0.061		0.994	1	98.4
6.65-50	3.1	0.051		0.995	1	95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ARZ

1arz

解像度: 2.45→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.045 / ESU R Free: 0.311
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2553	3712	5 %	RANDOM
R_work	0.2226	-	-	-
obs	0.2243	70349	96.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 138.03 Å² / B_iso mean: 49.427 Å² / B_iso min: 20.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2 Å²	-0 Å²	-0.28 Å²
2-	-	-2.83 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.45→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15654	0	535	218	16407
B_iso mean	-	-	51.93	39.34	-
残基数	-	-	-	-	2150

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	16441
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	15460
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.864	1.982	22387
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.906	3	35327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.304	5	2142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.604	24.478	632
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.761	15	2487
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.099	15	83
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	2638
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	18784
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.013	0.02	3619
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.408	2.163	8592
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.407	2.163	8591
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.394	3.239	10726

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	28462	0.13
1	2	B	28462	0.13
2	1	A	29076	0.13
2	2	C	29076	0.13
3	1	A	28956	0.14
3	2	D	28956	0.14
4	1	A	28384	0.12
4	2	E	28384	0.12
5	1	A	27914	0.13
5	2	F	27914	0.13
6	1	A	28876	0.13
6	2	G	28876	0.13
7	1	A	28250	0.13
7	2	H	28250	0.13
8	1	B	29742	0.1
8	2	C	29742	0.1
9	1	B	30238	0.09
9	2	D	30238	0.09
10	1	B	29256	0.1
10	2	E	29256	0.1
11	1	B	29322	0.09
11	2	F	29322	0.09
12	1	B	29714	0.1
12	2	G	29714	0.1
13	1	B	29210	0.09
13	2	H	29210	0.09
14	1	C	30304	0.11
14	2	D	30304	0.11
15	1	C	29182	0.1
15	2	E	29182	0.1
16	1	C	29298	0.1
16	2	F	29298	0.1
17	1	C	29848	0.1
17	2	G	29848	0.1
18	1	C	29242	0.1
18	2	H	29242	0.1
19	1	D	29552	0.1
19	2	E	29552	0.1
20	1	D	29788	0.09
20	2	F	29788	0.09
21	1	D	30338	0.09
21	2	G	30338	0.09
22	1	D	29368	0.1
22	2	H	29368	0.1
23	1	E	28732	0.09
23	2	F	28732	0.09
24	1	E	29196	0.1
24	2	G	29196	0.1
25	1	E	28670	0.09
25	2	H	28670	0.09
26	1	F	29236	0.09
26	2	G	29236	0.09
27	1	F	28856	0.09
27	2	H	28856	0.09
28	1	G	29418	0.09
28	2	H	29418	0.09

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.513 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	296	-
R_work	0.339	5097	-
all	-	5393	-
obs	-	-	96.13 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0234	-0.3653	-3.393	2.609	0.4168	4.5603	-0.0781	0.2478	0.057	0.1198	0.0633	-0.5007	-0.2718	0.1788	0.0148	0.2339	-0.0038	0.1213	0.1154	-0.0794	0.6282	7.741	33.038	26.352
2	6.9642	1.6642	2.5637	3.5668	1.8889	3.8671	-0.0801	0.1626	0.2038	-0.1862	0.0264	-0.4123	0.0705	0.4616	0.0538	0.1205	-0.0024	0.1438	0.1147	-0.0396	0.4089	11.758	37.667	25.541
3	2.9188	-1.7171	-0.3226	4.4515	0.9289	1.7737	-0.2219	-0.3569	-0.1482	0.4381	0.2481	-0.203	0.2026	-0.052	-0.0261	0.216	0.06	0.0912	0.115	0.0183	0.3785	-0.069	30.705	36.469
4	1.9504	-0.063	0.7981	0.617	-0.0361	1.2113	0.0708	-0.2804	0.0288	0.1841	-0.0339	0.2735	-0.1229	0.0666	-0.0368	0.2836	-0.0136	0.1354	0.0976	-0.0145	0.379	8.044	0.778	29.856
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精密化 TLSグループ

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2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	17 - 61
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	62 - 127
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	128 - 233
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23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	122 - 191
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39	X-RAY DIFFRACTION	39	H	56 - 124
40	X-RAY DIFFRACTION	40	H	125 - 267

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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