PDB-5tec: Crystal structure of the TIR domain from the Arabidopsis thaliana...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tec

タイトル

Crystal structure of the TIR domain from the Arabidopsis thaliana NLR protein SNC1

要素

Protein SUPPRESSOR OF npr1-1, CONSTITUTIVE 1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / TIR domain / plant NLR

機能・相同性

機能・相同性情報

systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / response to auxin / NADP+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / ADP binding / defense response to bacterium / intracellular membrane-bounded organelle / nucleotide binding / endoplasmic reticulum ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Zhang, X. / Bentham, A. / Ve, T. / Williams, S.J. / Kobe, B.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Multiple functional self-association interfaces in plant TIR domains.
著者: Zhang, X. / Bernoux, M. / Bentham, A.R. / Newman, T.E. / Ve, T. / Casey, L.W. / Raaymakers, T.M. / Hu, J. / Croll, T.I. / Schreiber, K.J. / Staskawicz, B.J. / Anderson, P.A. / Sohn, K.H. / ...

履歴

登録	2016年9月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月22日	Group: Database references
改定 1.2	2017年3月22日	Group: Database references
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tec.cif.gz	192.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tec.ent.gz	156.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tec.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tec_validation.pdf.gz	428.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tec_full_validation.pdf.gz	430.4 KB	表示
XML形式データ	5tec_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	5tec_validation.cif.gz	21.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/5tec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/5tec	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tebC 3oziS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1wyk-1 1wyk-4 1jw3-d 1wyk-2 5teb-6 4agk-d 7jsl-3 7jsl-1 2zjd-6 2snv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (3) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Protein SUPPRESSOR OF npr1-1, CONSTITUTIVE 1

B: Protein SUPPRESSOR OF npr1-1, CONSTITUTIVE 1

39.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein SUPPRESSOR OF npr1-1, CONSTITUTIVE 1

登録者が定義した集合体
19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein SUPPRESSOR OF npr1-1, CONSTITUTIVE 1

登録者が定義した集合体
19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.175, 82.175, 124.114
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Protein SUPPRESSOR OF npr1-1, CONSTITUTIVE 1 / AtSNC1 / Disease resistance RPP5-like protein 分子量: 19846.580 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 17-190 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: SNC1, BAL, At4g16890, dl4475c, FCAALL.51 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O23530
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Protein SUPPRESSOR OF npr1-1, CONSTITUTIVE 1 / AtSNC1 / Disease resistance RPP5-like protein

分子量: 19846.580 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 17-190 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SNC1, BAL, At4g16890, dl4475c, FCAALL.51 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O23530

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 18%(w/v) PEG 3350, 9%(w/v) glycerol, 0.1 M MMT buffer pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→19.68 Å / Num. obs: 22223 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 16.7 % / Net I/σ(I): 17.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3OZI

3ozi

解像度: 2.2→19.678 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.95

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2168	1081	5.12 %
R_work	0.1782	-	-
obs	0.1801	21119	95.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.678 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2436	0	0	206	2642

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	2481
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.286	3336
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.146	918
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	372
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	418

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2001-2.3	0.3586	107	0.2543	2235	X-RAY DIFFRACTION	86
2.3-2.4211	0.2336	139	0.2123	2340	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4211-2.5725	0.2511	133	0.2012	2393	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5725-2.7706	0.2254	135	0.1868	2471	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7706-3.0485	0.2317	142	0.1842	2519	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0485-3.4875	0.1983	152	0.1669	2585	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4875-4.3859	0.2045	134	0.1483	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3859-19.679	0.194	139	0.1795	2821	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3811	-1.9573	-1.5457	2.8088	1.2162	2.4507	0.1359	0.1287	-0.0457	-0.1414	-0.0799	0.0466	0.117	-0.0797	-0.0258	0.3087	-0.0027	0.0045	0.2942	-0.0166	0.1992	32.6031	-9.99	-24.9164
2	3.6469	-1.117	3.0606	5.989	-4.2088	6.8565	-0.2182	0.635	0.4229	-1.0273	-0.1777	-0.9773	-0.0969	-0.2548	0.4165	0.457	-0.0317	-0.0126	0.5168	-0.0123	0.4758	23.9991	-11.0854	-28.4172
3	3.0274	-0.4218	-0.3599	4.9212	-0.748	3.5761	0.0939	0.0981	0.29	-0.0956	-0.0559	0.0834	-0.3037	-0.1126	-0.055	0.2877	0.0399	0.0185	0.3027	-0.017	0.2745	26.49	2.8243	-19.3178
4	4.6665	-2.1797	1.7691	8.3986	-3.3428	4.4441	0.0662	-0.1785	0.4572	0.2257	0.0787	0.0934	-0.5808	-0.6002	-0.0201	0.4588	0.0983	0.0512	0.3634	-0.0492	0.3498	21.6264	10.1455	-17.8727
5	2.7695	-3.0191	-1.5765	3.4331	0.9565	3.1278	0.4571	-0.0305	0.2031	0.0628	-0.2772	-0.0509	-0.0747	0.3468	-0.3467	0.304	-0.026	0.012	0.355	-0.0127	0.2368	34.8442	-6.0564	-9.2812
6	2.2021	0.7371	-0.6997	2.6487	1.1334	3.1889	-0.4138	-0.5128	0.126	0.107	0.168	0.3731	0.2679	-0.0194	0.0921	0.3815	-0.008	0.0477	0.2933	0.0358	0.3248	31.153	-15.7653	-13.9913
7	5.9026	-0.8543	-0.935	4.3078	-0.7897	2.4403	-0.1022	-0.5959	-0.1936	0.0837	-0.0473	-0.1816	0.1483	0.5887	0.0898	0.3324	0.0738	0.0403	0.4949	0.0526	0.2911	51.3454	-16.2902	-18.1114
8	7.0995	2.3856	1.9465	2.335	1.8474	3.2768	-0.995	-1.0903	0.7455	0.404	-0.1137	0.1039	0.0181	1.0402	0.4023	0.5849	0.126	-0.0472	0.7814	0.2345	0.6893	57.1785	-23.3838	-14.8933
9	3.9383	0.7158	-0.9123	3.0876	0.9082	1.911	0.2155	-0.7897	0.0187	0.468	-0.1772	-0.7675	0.4238	1.7884	0.2004	0.3897	0.2047	-0.1112	0.6448	0.0009	0.3675	60.7952	-14.582	-21.5004
10	3.6387	-0.8617	-0.6976	5.2266	-0.0706	1.8723	-0.0343	-0.5644	0.1651	0.1261	-0.0991	-0.9383	0.0225	0.7758	0.0442	0.3092	0.0417	0.0104	0.5514	0.0705	0.46	64.1484	-13.1951	-26.1929
11	5.3335	2.4461	4.858	2.9363	2.9818	5.0233	0.1687	-1.4498	1.6782	-0.2708	-0.0815	-0.6981	-1.0202	0.8745	0.3526	0.6602	-0.1751	0.1211	1.0262	-0.2167	0.8921	69.0547	0.5771	-23.3624
12	3.5363	-0.2594	-0.3884	3.0373	0.4006	3.4378	0.0916	0.061	-0.1482	-0.2011	-0.1195	-0.4535	0.2192	0.4884	0.0124	0.3141	0.0614	0.0302	0.3466	0.0188	0.3382	55.9459	-15.5481	-29.9524

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 45 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 58 through 123 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 124 through 138 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 139 through 150 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 151 through 166 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 12 through 31 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 32 through 44 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 58 through 71 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 72 through 108 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 109 through 126 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 127 through 166 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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