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- PDB-5tdv: Intermediate O2 diiron complex in the Q228A variant of Toluene 4-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tdv
タイトルIntermediate O2 diiron complex in the Q228A variant of Toluene 4-moonoxygenase (T4moHD)
要素(Toluene-4-monooxygenase system protein ...) x 4
キーワードOXIDOREDUCTASE / diiron / oxygen activation / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


toluene 4-monooxygenase / toluene 4-monooxygenase activity / toluene catabolic process / monooxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Monooxygenase component MmoB/DmpM / Phenol Hydroxylase P2 Protein / TmoB-like / Toluene-4-monooxygenase system B / TmoB-like superfamily / Toluene-4-monooxygenase system protein B (TmoB) / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily / MmoB/DmpM family / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component ...Monooxygenase component MmoB/DmpM / Phenol Hydroxylase P2 Protein / TmoB-like / Toluene-4-monooxygenase system B / TmoB-like superfamily / Toluene-4-monooxygenase system protein B (TmoB) / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily / MmoB/DmpM family / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PEROXIDE ION / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit alpha / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit gamma / Toluene-4-monooxygenase system, effector component / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas mendocina (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Bailey, L.J. / Acheson, J.F. / Fox, B.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-0843239 米国
Department of Energy (DOE, United States)W-31-109-ENG-38 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: In-crystal reaction cycle of a toluene-bound diiron hydroxylase.
著者: Acheson, J.F. / Bailey, L.J. / Brunold, T.C. / Fox, B.G.
履歴
登録2016年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月12日Group: Database references
改定 1.22017年4月26日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toluene-4-monooxygenase system protein A
B: Toluene-4-monooxygenase system protein E
C: Toluene-4-monooxygenase system protein B
E: Toluene-4-monooxygenase system protein D
D: Toluene-4-monooxygenase system protein A
F: Toluene-4-monooxygenase system protein E
G: Toluene-4-monooxygenase system protein B
H: Toluene-4-monooxygenase system protein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,79214
ポリマ－235,5058
非ポリマー2876
水27,1851509
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33480 Å2
ΔGint-222 kcal/mol
Surface area62360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.293, 115.757, 181.654
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Toluene-4-monooxygenase system protein ... , 4種, 8分子 ADBFCGEH

#1: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein A / Toluene-4-monooxygenase hydroxylase subunit / T4moH


分子量: 58099.242 Da / 分子数: 2 / 変異: Q228A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
遺伝子: tmoA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21_RILP
参照: UniProt: Q00456, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00456, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#2: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein E / T4moE


分子量: 38410.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
遺伝子: tmoE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21_RILP
参照: UniProt: Q00460, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00460, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#3: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein B / T4moB


分子量: 9600.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
遺伝子: tmoB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21_RILP
参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#4: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein D / T4mo effector protein D / T4moD / Toluene-4-monooxygenase effector protein


分子量: 11642.073 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
遺伝子: tmoD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21_RILP
参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む

-
非ポリマー , 3種, 1515分子

#5: 化合物 ChemComp-PER / PEROXIDE ION


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#6: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM Bis-Tris pH 6.0, 20% PEG 3350, 200 mM Ammonium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月6日
放射モノクロメーター: C111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.001→42.28 Å / Num. obs: 140977 / % possible obs: 98.69 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 17.32
反射 シェル解像度: 2.001→2.03 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11rc1_2513)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DHH

3dhh


解像度: 2.001→42.276 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.195 7077 5.02 %
Rwork0.1529 --
obs0.155 140909 98.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.001→42.276 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16001 0 8 1509 17518
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00716663
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8522657
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.86413542
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0522337
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062964
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0006-2.02330.27042310.20754082X-RAY DIFFRACTION92
2.0233-2.04710.23992310.20344333X-RAY DIFFRACTION96
2.0471-2.07210.24292140.19174351X-RAY DIFFRACTION97
2.0721-2.09830.2522770.18984326X-RAY DIFFRACTION97
2.0983-2.1260.24461940.17924396X-RAY DIFFRACTION98
2.126-2.15510.24122330.17624383X-RAY DIFFRACTION98
2.1551-2.18590.23412440.17194439X-RAY DIFFRACTION98
2.1859-2.21850.22112370.17324409X-RAY DIFFRACTION98
2.2185-2.25320.21752580.16434362X-RAY DIFFRACTION98
2.2532-2.29010.20962230.164423X-RAY DIFFRACTION99
2.2901-2.32960.21872010.15754483X-RAY DIFFRACTION99
2.3296-2.37190.20752390.15784415X-RAY DIFFRACTION99
2.3719-2.41750.21532330.15674411X-RAY DIFFRACTION98
2.4175-2.46690.19672310.15134447X-RAY DIFFRACTION99
2.4669-2.52050.21842490.15364410X-RAY DIFFRACTION99
2.5205-2.57910.1972340.15114448X-RAY DIFFRACTION99
2.5791-2.64360.19592480.1554430X-RAY DIFFRACTION99
2.6436-2.71510.21482440.15644449X-RAY DIFFRACTION99
2.7151-2.7950.21362560.15334492X-RAY DIFFRACTION100
2.795-2.88520.20232190.15864517X-RAY DIFFRACTION100
2.8852-2.98830.20652540.15864456X-RAY DIFFRACTION100
2.9883-3.10790.19142400.15534558X-RAY DIFFRACTION100
3.1079-3.24930.20612280.15244542X-RAY DIFFRACTION100
3.2493-3.42050.18792100.15194589X-RAY DIFFRACTION100
3.4205-3.63470.19632160.1424561X-RAY DIFFRACTION100
3.6347-3.91520.1622700.13174530X-RAY DIFFRACTION100
3.9152-4.30880.13742200.12664599X-RAY DIFFRACTION100
4.3088-4.93150.14982570.12274592X-RAY DIFFRACTION100
4.9315-6.210.18812500.15194637X-RAY DIFFRACTION100
6.21-42.28590.17732360.16014762X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3849-0.63080.1230.36340.30071.1849-0.1028-0.3106-0.03510.09440.14630.01810.0655-0.41310.00860.1283-0.03590.00240.24310.00810.1701-9.1273-11.899327.2303
20.7289-0.2104-0.11530.6633-0.54261.51780.0729-0.10740.11860.0382-00.0660.00140.0761-0.06630.1433-0.03460.0030.1208-0.03180.17428.5221-6.665114.8039
30.9626-0.27080.28140.0853-0.11920.72650.0470.0033-0.0031-0.0607-0.0178-0.00060.21180.1352-0.01490.17640.02920.00030.0809-0.01030.143115.3271-18.15916.0497
40.64110.182-0.38560.7088-0.80612.8027-0.0382-0.04770.0130.1004-0.055-0.04130.06020.12240.04680.14140.0035-0.00780.1173-0.02090.178416.0752-6.101421.1998
55.9730.2654-2.07531.01650.12782.21820.0631-0.11320.10880.07230.02090.00230.0571-0.0346-0.0430.15710.0684-0.00930.16860.00510.123620.8319-14.064932.4762
60.6179-0.64730.15741.83730.01620.11470.08240.09570.0117-0.0079-0.0561-0.0464-0.17920.0181-0.00450.11250.0227-0.0090.19370.00280.142326.6194-4.154428.5236
70.94120.0677-0.15841.20130.09410.82390.00240.06680.0127-0.068-0.0237-0.24660.10730.3088-0.03820.15090.11090.02160.26320.02030.207342.3601-16.545522.8086
80.57240.02940.27910.74410.12621.15560.07710.0508-0.063-0.1115-0.0617-0.1250.2780.2270.0110.25350.12680.01630.16930.00640.177631.8065-28.237426.4089
90.9183-0.4132-0.07290.7426-0.02070.26180.10010.1316-0.1704-0.2343-0.09920.00810.69620.28530.11470.3880.0844-0.00940.1678-0.03940.201316.3608-28.69137.1978
100.0473-0.01550.04730.8658-0.0094-0.01020.04010.0312-0.1611-0.35180.0730.08870.7485-0.2176-0.06020.4104-0.058-0.00830.11880.00660.2473.3324-31.80714.0484
116.7888-4.7093-0.41993.76760.5171.42990.08470.05010.2188-0.1427-0.0229-0.0436-0.2462-0.1836-0.06730.16840.00190.00510.14860.00850.1624-7.7749-2.93194.7542
123.53380.33860.06393.5116-2.25463.39750.2071-0.07440.28420.10340.10420.7828-0.3074-0.7184-0.22660.21370.1024-0.02440.4627-0.00620.3235-28.0132-0.931313.063
131.2258-0.573-0.05151.06390.13451.33280.0489-0.1123-0.0184-0.0519-0.00610.10510.1092-0.2602-0.03330.1172-0.0637-0.00370.14560.00690.1379-8.8457-13.600416.2076
140.8368-0.59050.66872.4165-1.18422.2876-0.05-0.517-0.0270.45360.19980.5571-0.3209-0.8394-0.0560.17560.02530.05920.5460.00610.2585-23.4249-7.165926.8325
150.2473-0.6396-0.04371.7943-0.18431.20960.0886-0.1404-0.14-0.17970.0510.27270.2709-0.5105-0.11330.2042-0.1391-0.02790.28330.04040.2771-18.2378-20.944915.1859
160.72150.1942-0.03390.8596-0.30461.0830.11190.2137-0.2859-0.4257-0.00310.25530.5544-0.88060.21050.2883-0.2986-0.09680.1884-0.02410.2942-14.9236-25.88259.853
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182.1024-1.21580.48613.3366-1.05612.6362-0.0960.0574-0.5621-0.0887-0.0947-0.19430.33340.2991-0.17440.36270.25590.00120.39930.04460.43950.8335-36.686531.1593
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49X-RAY DIFFRACTION49chain 'G' and (resid 50 through 59 )
50X-RAY DIFFRACTION50chain 'G' and (resid 60 through 69 )
51X-RAY DIFFRACTION51chain 'G' and (resid 70 through 83 )
52X-RAY DIFFRACTION52chain 'H' and (resid 1 through 13 )
53X-RAY DIFFRACTION53chain 'H' and (resid 14 through 33 )
54X-RAY DIFFRACTION54chain 'H' and (resid 34 through 46 )
55X-RAY DIFFRACTION55chain 'H' and (resid 47 through 54 )
56X-RAY DIFFRACTION56chain 'H' and (resid 55 through 67 )
57X-RAY DIFFRACTION57chain 'H' and (resid 68 through 72 )
58X-RAY DIFFRACTION58chain 'H' and (resid 73 through 84 )
59X-RAY DIFFRACTION59chain 'H' and (resid 85 through 102 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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