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万見
- PDB-5td2: Structure-based optimization of 1H-imidazole-2-carboxamides as Ax... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5td2
タイトルStructure-based optimization of 1H-imidazole-2-carboxamides as Axl kinase inhibitors utilizing a Mer mutant surrogate
要素Tyrosine-protein kinase Mer
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / kinase / inhibitor / surrogate / oncology / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of leukocyte apoptotic process / negative regulation of lymphocyte activation / neutrophil clearance / natural killer cell differentiation / secretion by cell / negative regulation of cytokine production / vagina development / photoreceptor outer segment / phagocytosis / positive regulation of phagocytosis ...negative regulation of leukocyte apoptotic process / negative regulation of lymphocyte activation / neutrophil clearance / natural killer cell differentiation / secretion by cell / negative regulation of cytokine production / vagina development / photoreceptor outer segment / phagocytosis / positive regulation of phagocytosis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / establishment of localization in cell / receptor protein-tyrosine kinase / platelet activation / cell migration / nervous system development / cell-cell signaling / retina development in camera-type eye / spermatogenesis / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein phosphorylation / extracellular space / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7AE / Tyrosine-protein kinase Mer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Hoffman, I.D. / Lawson, J.D.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2017
タイトル: Structure-based optimization of 1H-imidazole-2-carboxamides as Axl kinase inhibitors utilizing a Mer mutant surrogate.
著者: Keung, W. / Boloor, A. / Brown, J. / Kiryanov, A. / Gangloff, A. / Lawson, J.D. / Skene, R. / Hoffman, I. / Atienza, J. / Kahana, J. / De Jong, R. / Farrell, P. / Balakrishna, D. / Halkowycz, P.
履歴
登録2016年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase Mer
B: Tyrosine-protein kinase Mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1593
ポリマ－65,6402
非ポリマー5191
水43224
1
A: Tyrosine-protein kinase Mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3392
ポリマ－32,8201
非ポリマー5191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tyrosine-protein kinase Mer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8201
ポリマ－32,8201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.157, 91.942, 69.655
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.510, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B
14A
24B
15A
25B
16A
26B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUILEILEAA577 - 5921 - 16
21LEULEUILEILEBB577 - 5921 - 16
12SERSERTHRTHRAA600 - 62024 - 44
22SERSERTHRTHRBB600 - 62024 - 44
13ALAALACYSCYSAA638 - 65662 - 80
23ALAALACYSCYSBB638 - 65662 - 80
14PROPROARGARGAA667 - 68791 - 111
24PROPROARGARGBB667 - 68791 - 111
15HISHISASPASPAA694 - 741118 - 165
25HISHISASPASPBB694 - 741118 - 165
16TYRTYRSERSERAA777 - 860201 - 284
26TYRTYRSERSERBB777 - 860201 - 284

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase Mer / Proto-oncogene c-Mer / Receptor tyrosine kinase MerTK


分子量: 32820.141 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 577-861 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MERTK, MER / プラスミド: pSX71 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12866, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-7AE / N-[2-{4-[(2S)-4-(methylsulfonyl)morpholin-2-yl]-1,3-thiazol-2-yl}-4-(morpholin-4-yl)phenyl]-1H-imidazole-2-carboxamide


分子量: 518.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26N6O5S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 29% PEG 400 0.2M MgCl2 0.1M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9764848 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月20日
放射モノクロメーター: Asymmetric cut single crystal Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9764848 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→50 Å / Num. obs: 16671 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Χ2: 1.033 / Net I/av σ(I): 9.305 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 48133
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.68-2.732.10.439162.4
2.73-2.782.30.484173.9
2.78-2.832.30.481177.5
2.83-2.892.60.421185.1
2.89-2.952.70.386189
2.95-3.022.80.374192.6
3.02-3.092.90.313197.1
3.09-3.1830.284198.4
3.18-3.2730.231199.7
3.27-3.383.10.179199.7
3.38-3.53.10.145199.7
3.5-3.643.10.133199
3.64-3.83.10.124199.3
3.8-43.10.11198.8
4-4.2530.09197.8
4.25-4.5830.078198
4.58-5.0430.078197.9
5.04-5.773.10.077197.5
5.77-7.2730.07197.3
7.27-502.90.058195.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.68→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / SU B: 19.043 / SU ML: 0.374 / SU R Cruickshank DPI: 13.7934 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 13.793 / ESU R Free: 0.419
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2999 805 4.8 %RANDOM
Rwork0.2481 ---
obs0.2507 15822 92.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 160.78 Å2 / Biso mean: 64.709 Å2 / Biso min: 26.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.47 Å20 Å2-2.06 Å2
2---2.68 Å20 Å2
3----3.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.68→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3892 0 35 24 3951
Biso mean--54.72 47.65 -
残基数----482
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194009
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023877
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1741.995410
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97238930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.65471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.43723.793174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.48315738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9891525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2610
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02870
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.366.151917
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.3616.151916
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.9049.2032377
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A16560.11
12B16560.11
21A19680.09
22B19680.09
31A15320.14
32B15320.14
41A19320.08
42B19320.08
51A50920.07
52B50920.07
61A97200.06
62B97200.06
LS精密化 シェル解像度: 2.679→2.748 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 47 -
Rwork0.342 794 -
all-841 -
obs--63.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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