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万見
- PDB-5tc0: Structure-based optimization of 1H-imidazole-2-carboxamides as Ax... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tc0
タイトルStructure-based optimization of 1H-imidazole-2-carboxamides as Axl kinase inhibitors utilizing a Mer mutant surrogate
要素Tyrosine-protein kinase Mer
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / kinase / inhibitor / surrogate / oncology / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of leukocyte apoptotic process / negative regulation of lymphocyte activation / neutrophil clearance / natural killer cell differentiation / secretion by cell / negative regulation of cytokine production / vagina development / photoreceptor outer segment / phagocytosis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity ...negative regulation of leukocyte apoptotic process / negative regulation of lymphocyte activation / neutrophil clearance / natural killer cell differentiation / secretion by cell / negative regulation of cytokine production / vagina development / photoreceptor outer segment / phagocytosis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of phagocytosis / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / establishment of localization in cell / receptor protein-tyrosine kinase / platelet activation / cell migration / nervous system development / cell-cell signaling / retina development in camera-type eye / spermatogenesis / cell surface receptor signaling pathway / protein phosphorylation / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / extracellular space / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-79Y / Tyrosine-protein kinase Mer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Hoffman, I.D. / Lawson, J.D.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2017
タイトル: Structure-based optimization of 1H-imidazole-2-carboxamides as Axl kinase inhibitors utilizing a Mer mutant surrogate.
著者: Keung, W. / Boloor, A. / Brown, J. / Kiryanov, A. / Gangloff, A. / Lawson, J.D. / Skene, R. / Hoffman, I. / Atienza, J. / Kahana, J. / De Jong, R. / Farrell, P. / Balakrishna, D. / Halkowycz, P.
履歴
登録2016年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase Mer
B: Tyrosine-protein kinase Mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4233
ポリマ－71,9892
非ポリマー4341
水61334
1
A: Tyrosine-protein kinase Mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4282
ポリマ－35,9951
非ポリマー4341
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tyrosine-protein kinase Mer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9951
ポリマ－35,9951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.406, 91.503, 69.543
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B
14A
24B
15A
25B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUILEILEAA578 - 59228 - 42
21GLUGLUILEILEBB578 - 59228 - 42
12SERSERLYSLYSAA600 - 61950 - 69
22SERSERLYSLYSBB600 - 61950 - 69
13METMETCYSCYSAA641 - 65691 - 106
23METMETCYSCYSBB641 - 65691 - 106
14LYSLYSASPASPAA666 - 741116 - 191
24LYSLYSASPASPBB666 - 741116 - 191
15THRTHRSERSERAA778 - 860228 - 310
25THRTHRSERSERBB778 - 860228 - 310

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase Mer / Proto-oncogene c-Mer / Receptor tyrosine kinase MerTK


分子量: 35994.551 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 570-864 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MERTK, MER / プラスミド: pSX71 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12866, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-79Y / N-(2-{4-[(2S)-4-(methylsulfonyl)morpholin-2-yl]-1,3-thiazol-2-yl}phenyl)-1H-imidazole-2-carboxamide


分子量: 433.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19N5O4S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 29% PEG 400, 0.2M MgCl2, 0,1M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9764848 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月27日
放射モノクロメーター: Asymmetric cut single crystal Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9764848 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→50 Å / Num. obs: 25183 / % possible obs: 84 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/av σ(I): 16.622 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.24-2.2840.418150.4
2.28-2.3240.381153.7
2.32-2.3640.324157
2.36-2.4140.363160.1
2.41-2.473.90.339166.9
2.47-2.5240.319167.7
2.52-2.593.90.287176.4
2.59-2.663.90.279179.8
2.66-2.733.90.234186.8
2.73-2.8240.212190.4
2.82-2.9240.191196.7
2.92-3.044.10.161198.5
3.04-3.184.20.137198.9
3.18-3.354.20.101199
3.35-3.564.20.073199.1
3.56-3.834.20.063199.1
3.83-4.224.20.051199.3
4.22-4.824.10.045199.5
4.82-6.084.10.044199.5
6.08-504.20.035199.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.24→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 28.687 / SU ML: 0.283 / SU R Cruickshank DPI: 0.3914 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.391 / ESU R Free: 0.259
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2624 1237 4.9 %RANDOM
Rwork0.2275 ---
obs0.2293 23911 83.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 116.72 Å2 / Biso mean: 56.147 Å2 / Biso min: 25.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.24 Å20 Å2-4.39 Å2
2---1.71 Å2-0 Å2
3----2.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.24→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3939 0 29 34 4002
Biso mean--49.83 45.35 -
残基数----488
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0194051
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023922
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2951.995471
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06739042
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9165480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.95423.842177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.35815749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1841526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2613
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02877
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2984.0981944
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2994.0981943
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7846.1362416
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A15140.09
12B15140.09
21A18700.11
22B18700.11
31A13060.17
32B13060.17
41A80620.11
42B80620.11
51A95220.07
52B95220.07
LS精密化 シェル解像度: 2.241→2.299 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 46 -
Rwork0.314 1081 -
all-1127 -
obs--50.9 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.2682 Å / Origin y: -2.8269 Å / Origin z: 15.8341 Å
111213212223313233
T0.0941 Å2-0.0032 Å20.0393 Å2-0.0139 Å20.0066 Å2--0.0718 Å2
L0.1074 °2-0.2869 °2-0.036 °2-1.7546 °20.6756 °2--1.1923 °2
S0.0229 Å °-0.0128 Å °0.0188 Å °-0.0652 Å °-0.0012 Å °0.13 Å °0.0211 Å °-0.1127 Å °-0.0217 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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