PDB-5t8o: Crystal structure of murine NF-kappaB inducing kinase (NIK) bound...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t8o

タイトル

Crystal structure of murine NF-kappaB inducing kinase (NIK) bound to Imidazobenzoxepin Compound 3

要素

Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

キーワード

TRANSFERASE / protein serine/threonine kinase / NF-kappaB / MAP3K14

機能・相同性

機能・相同性情報

CD28 dependent PI3K/Akt signaling / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / MAP kinase kinase kinase activity / non-canonical NF-kappaB signal transduction / canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to mechanical stimulus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.41 Å

データ登録者

Smith, M.A. / McEwan, P. / Hymowitz, S.G.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structure-Based Design of Tricyclic NF-kappa B Inducing Kinase (NIK) Inhibitors That Have High Selectivity over Phosphoinositide-3-kinase (PI3K).
著者: Castanedo, G.M. / Blaquiere, N. / Beresini, M. / Bravo, B. / Brightbill, H. / Chen, J. / Cui, H.F. / Eigenbrot, C. / Everett, C. / Feng, J. / Godemann, R. / Gogol, E. / Hymowitz, S. / ...

履歴

登録	2016年9月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月25日	Group: Database references
改定 1.2	2017年2月8日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t8o.cif.gz	274.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t8o.ent.gz	223.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t8o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/5t8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/5t8o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5t8fC 5t8pC 5t8qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6g4y-2 4idv-1 5a4e-2 5t8p-2 3dy0-d 4idv-3 4a99-1 1k47-5 2hak-2 6myn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

ヘテロ分子

78.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.950, 143.950, 45.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14 / NF-kappa-beta-inducing kinase / Serine/threonine-protein kinase NIK 分子量: 38543.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Map3k14, Nik / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9WUL6, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-76Z / 10-(3-methyl-3-oxidanyl-but-1-ynyl)-5,6-dihydroimidazo[1,2-d][1,4]benzoxazepine-2-carboxamide 分子量: 311.335 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₇N₃O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.75 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.3-0.9M ammonium sulphate, 0.05-0.1M sodium citrate, 0.7-1.0M Lithium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.41→50.89 Å / Num. obs: 34595 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.41→2.54 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.394 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.41→143.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 16.556 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.396 / ESU R Free: 0.273 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25566	3549	10.3 %	RANDOM
R_work	0.20145	-	-	-
obs	0.20682	31025	94.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.962 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.08 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.41→143.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5067	0	81	286	5434

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	5291
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5059
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.373	1.99	7165
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.937	3	11684
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.284	5	653
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.963	23.318	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.209	15	912
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.682	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	768
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	5854
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.43	1.67	2609
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.43	1.67	2610
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.784	2.501	3256
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.784	2.502	3256
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.393	1.761	2682
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.393	1.761	2683
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.65	2.623	3907
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.484	13.683	5948
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.41	13.606	5923
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.41→2.473 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	271	-
R_work	0.292	2259	-
obs	-	-	94.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2268	-1.9214	1.0599	4.0744	-0.6144	4.3331	-0.0708	0.0153	-0.1183	0.1149	-0.0952	0.0411	-0.0043	0.046	0.166	0.0075	-0.0033	0.001	0.0188	0.036	0.0862	28.364	28.14	2.802
2	6.5094	-0.2684	-0.7782	0.6018	-0.1245	0.8829	-0.0409	0.1696	0.169	-0.036	-0.0434	0.0871	-0.1388	0.0386	0.0842	0.0641	0.0113	-0.0105	0.0261	0.0236	0.0599	45.2	21.491	0.51
3	5.0717	1.1022	-3.3336	3.4259	-0.8197	7.5004	-0.0227	-0.6313	-0.4236	0.3025	-0.1436	-0.2633	0.4494	0.4365	0.1662	0.0677	0.0054	-0.0284	0.1612	0.082	0.0806	62.966	15.949	7.59
4	6.8228	-0.2225	-0.1983	3.6321	0.5224	4.538	-0.0281	0.0629	-0.1005	-0.0217	0.0969	-0.1273	-0.0287	-0.0575	-0.0688	0.0271	0.002	-0.0385	0.0054	-0.0043	0.0787	0.129	40.219	-2.891
5	5.1098	2.5091	-0.1117	4.5601	-0.4421	0.7697	-0.1259	0.151	0.1301	-0.1272	0.034	0.1935	-0.2405	-0.033	0.0918	0.1069	0.0199	-0.0416	0.0143	-0.0013	0.0254	17.094	47.661	-3.933
6	4.2773	-1.0178	-1.125	5.9641	0.7914	6.5103	0.0143	-0.1782	0.1418	0.1083	0.1139	-0.7742	0.0104	0.73	-0.1282	0.0912	-0.0315	-0.0197	0.0967	-0.0222	0.1207	34.251	55.42	0.865

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	334 - 410
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	411 - 543
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	544 - 675
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	334 - 410
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	411 - 554
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	555 - 674

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