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- PDB-5t7m: LIGAND BINDING DOMAIN OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 AMINO ACID C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t7m
タイトルLIGAND BINDING DOMAIN OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 AMINO ACID CHEMORECEPTOR PCTA IN COMPLEX WITH L-TRP
要素Chemotaxis protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / CHEMOTACTIC TRANSDUCER
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid binding / response to amino acid / chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Double Cache domain 1 / Cache domain / Periplasmic sensor-like domain superfamily / Chemotaxis methyl-accepting receptor / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). ...Double Cache domain 1 / Cache domain / Periplasmic sensor-like domain superfamily / Chemotaxis methyl-accepting receptor / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / TRYPTOPHAN / Methyl-accepting chemotaxis protein PctA / Methyl-accepting chemotaxis protein PctA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Rico-Jimenez, M. / Ortega, A. / Conejero-Muriel, M. / Zhulin, I. / Krell, T.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号
MICINNBIO2013-4297-P スペイン
引用
ジャーナル: Mbio / : 2020
タイトル: How Bacterial Chemoreceptors Evolve Novel Ligand Specificities
著者: Gavira, J.A. / Jimenez-Rico, M. / Pineda-Molina, E. / Krell, T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
: 2013

タイトル: Purification, crystallization and preliminary crystallographic analysis of the ligand-binding regions of the PctA and PctB chemoreceptors from Pseudomonas aeruginosa in complex with amino acids.
著者: Rico-Jimenez, M. / Munoz-Martinez, F. / Krell, T. / Gavira, J.A. / Pineda-Molina, E.
履歴
登録2016年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月12日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title
改定 1.22020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chemotaxis protein
B: Chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5558
ポリマ-58,9472
非ポリマー6096
3,945219
1
A: Chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7964
ポリマ-29,4731
非ポリマー3223
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7604
ポリマ-29,4731
非ポリマー2863
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.110, 78.410, 116.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Chemotaxis protein / Methyl-accepting chemotaxis protein PctA / Uncharacterized protein


分子量: 29473.318 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: pctA_1, mcpB_2, AO946_32780, AOY09_01348, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_00198
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H0Z019, UniProt: G3XD24*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C11H12N2O2
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
非ポリマーの詳細L-TRYPTOPHAN (TRP): NATURAL LIGAND

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 4.6
詳細: COUNTERDIFFUSION METHOD: 2.0 M SODIUM FORMATE, 0.1 M NA ACT pH 4.6
PH範囲: 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→58.225 Å / Num. obs: 32028 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 40.24 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.791 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5T65
解像度: 2.25→58.225 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.95
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1620 5.1 %Ramdon
Rwork0.1852 ---
obs0.1876 31994 99.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 49.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→58.225 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3634 0 43 219 3896
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083926
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1615366
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6521443
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046616
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005695
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.31620.32291360.26132489X-RAY DIFFRACTION100
2.3162-2.3910.26511400.23712478X-RAY DIFFRACTION100
2.391-2.47650.28151270.24342512X-RAY DIFFRACTION100
2.4765-2.57560.31431540.22772467X-RAY DIFFRACTION100
2.5756-2.69280.27971360.22132496X-RAY DIFFRACTION100
2.6928-2.83480.30371390.21772501X-RAY DIFFRACTION100
2.8348-3.01240.24541140.21562533X-RAY DIFFRACTION100
3.0124-3.2450.25941310.20862534X-RAY DIFFRACTION100
3.245-3.57150.25151380.18782539X-RAY DIFFRACTION100
3.5715-4.08820.22411460.16942536X-RAY DIFFRACTION100
4.0882-5.15020.19131390.14082580X-RAY DIFFRACTION100
5.1502-58.24450.17231200.15782709X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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