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万見
- PDB-5t4j: PLP and GABA Trigger GabR-Mediated Transcription Regulation in Ba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t4j
タイトルPLP and GABA Trigger GabR-Mediated Transcription Regulation in Bacillus subsidies via External Aldimine Formation
要素HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / GabR / MocR / PLP / GABA / external aldimine
機能・相同性
機能・相同性情報


transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.231 Å
データ登録者Wu, R. / Sanishvili, R. / Belitsky, B.R. / Juncosa, J.I. / Le, H.V. / Lehrer, H.J.S. / Farley, M. / Silverman, R.B. / Petsko, G.A. / Ringe, D. / Liu, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R15GM113229-01 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: PLP and GABA trigger GabR-mediated transcription regulation in Bacillus subtilis via external aldimine formation.
著者: Wu, R. / Sanishvili, R. / Belitsky, B.R. / Juncosa, J.I. / Le, H.V. / Lehrer, H.J. / Farley, M. / Silverman, R.B. / Petsko, G.A. / Ringe, D. / Liu, D.
履歴
登録2016年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月12日Group: Database references
改定 1.22017年4月26日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2673
ポリマ－41,9171
非ポリマー3502
水2,450136
1
B: HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
ヘテロ分子

B: HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,5356
ポリマ－83,8342
非ポリマー7014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area28150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.364, 128.894, 65.096
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-616-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulatory protein GabR


分子量: 41917.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: gabR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P94426
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-ABU / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GAMMA(AMINO)-BUTYRIC ACID / GABA


分子量: 103.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris (pH:8.5) and 20% ethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-BM-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→49.2 Å / Num. obs: 104767 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / Net I/σ(I): 29.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1563精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MGR

4mgr


解像度: 2.231→49.183 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2107 977 5.1 %
Rwork0.1724 --
obs0.1744 19152 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.231→49.183 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2890 0 22 136 3048
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8624061
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.461157
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036444
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003521
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2309-2.34850.23851210.19372463X-RAY DIFFRACTION95
2.3485-2.49560.26341420.18892577X-RAY DIFFRACTION100
2.4956-2.68830.24321630.19072557X-RAY DIFFRACTION100
2.6883-2.95880.22321300.18822607X-RAY DIFFRACTION100
2.9588-3.38690.25671450.1842604X-RAY DIFFRACTION100
3.3869-4.26670.20021420.16042635X-RAY DIFFRACTION100
4.2667-49.1950.1681340.15872732X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.63120.4484-0.33610.5651-0.71981.0976-0.01240.03290.0070.0434-0.14410.0403-0.13480.02510.18340.3721-0.00110.0470.3022-0.0040.3748-8.9202-5.3852.8066
21.96040.9023-0.6471.5276-0.65991.9684-0.02380.1443-0.086-0.08590.01860.21850.245-0.3099-0.01390.2615-0.03150.01420.3384-0.07590.3264-31.2849-14.93892.6157
31.25230.7855-0.62041.8631-0.52591.8416-0.0520.1821-0.1344-0.1906-0.03130.09710.3277-0.33990.08030.2999-0.03380.01550.355-0.10810.3033-27.8928-18.86781.1349
40.691-0.1521-0.48731.6187-1.35194.5721-0.08010.0833-0.1219-0.1413-0.1695-0.16060.69620.40060.19090.2702-0.0150.02880.2574-0.02660.312-8.2155-17.897110.3175
52.1251-0.58070.67021.8930.52873.1705-0.0058-0.28240.02610.2753-0.08220.16410.0084-0.34070.06760.3427-0.04950.08310.2662-0.02970.306-22.8679-14.711527.5949
66.56050.605-1.9133.3945-0.70194.05650.1715-0.5464-0.10890.5536-0.264-0.1728-0.22830.4908-0.03790.4344-0.09720.02730.344-0.00030.2598-12.7309-13.459234.0772
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 107 through 151 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 152 through 237 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 238 through 344 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 345 through 385 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 386 through 453 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 454 through 471 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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