PDB-5wml: Arabidopsis thaliana Prephenate Aminotransferase mutant- K306A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wml

タイトル

Arabidopsis thaliana Prephenate Aminotransferase mutant- K306A

要素

Bifunctional aspartate aminotransferase and glutamate/aspartate-prephenate aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / aspartate aminotransferase / PLP-dependent

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate-prephenate aminotransferase / glutamate-prephenate aminotransferase activity / aromatic amino acid family biosynthetic process, prephenate pathway / aspartate-prephenate aminotransferase / aspartate-prephenate aminotransferase activity / L-phenylalanine biosynthetic process / embryo development ending in seed dormancy / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / chloroplast stroma ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.103 Å

データ登録者

Jez, J.M. / Holland, C.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Plant J. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for substrate recognition and inhibition of prephenate aminotransferase from Arabidopsis.
著者: Holland, C.K. / Berkovich, D.A. / Kohn, M.L. / Maeda, H. / Jez, J.M.

履歴

登録	2017年7月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wml.cif.gz	322.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wml.ent.gz	258.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wml.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/5wml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/5wml	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wmhSC 5wmiC 5wmkC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5wmh-3 1ahy-d 4isy-1 4m2j-1 5wmk-1 5t4j-1 1yiz-d 5yd2-d 4r5f-1 1wst-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional aspartate aminotransferase and glutamate/aspartate-prephenate aminotransferase

B: Bifunctional aspartate aminotransferase and glutamate/aspartate-prephenate aminotransferase

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.813, 60.117, 66.734
Angle α, β, γ (deg.)	74.78, 76.70, 83.92
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Bifunctional aspartate aminotransferase and glutamate/aspartate-prephenate aminotransferase / AtPPA-AT / Protein MATERNAL EFFECT EMBRYO ARREST 17 分子量: 50995.324 Da / 分子数: 2 / 変異: K306A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PAT, AAT, MEE17, At2g22250, T26C19.9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9SIE1, aspartate transaminase, aspartate-prephenate aminotransferase, glutamate-prephenate aminotransferase
#2: 化合物	ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸分子量: 248.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₃N₂O₅P
#3: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.66 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 25% (w/v) PEG-1500, 100 mM MIB buffer, pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.103→39.43 Å / Num. obs: 39241 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 11.38
反射シェル	解像度: 2.103→2.14 Å / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.271 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique obs: 1947 / % possible all: 86.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5WMH

5wmh

解像度: 2.103→39.426 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 22.24

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.212	2000	5.1 %
R_work	0.1531	-	-
obs	0.1562	39236	89.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.103→39.426 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6107	0	50	432	6589

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6285
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.15	8534
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.602	2314
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	993
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1094

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1031-2.1557	0.2728	125	0.1936	2341	X-RAY DIFFRACTION	78
2.1557-2.214	0.2487	139	0.1765	2577	X-RAY DIFFRACTION	87
2.214-2.2792	0.2319	140	0.1751	2593	X-RAY DIFFRACTION	87
2.2792-2.3527	0.2562	133	0.1732	2489	X-RAY DIFFRACTION	84
2.3527-2.4368	0.2486	139	0.1785	2584	X-RAY DIFFRACTION	87
2.4368-2.5343	0.2561	150	0.1725	2780	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5343-2.6497	0.2563	149	0.1723	2799	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6497-2.7893	0.2267	150	0.1725	2794	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7893-2.964	0.2461	146	0.1743	2720	X-RAY DIFFRACTION	91
2.964-3.1928	0.2689	144	0.1719	2670	X-RAY DIFFRACTION	90
3.1928-3.5139	0.2195	138	0.1493	2568	X-RAY DIFFRACTION	86
3.5139-4.022	0.174	152	0.1364	2823	X-RAY DIFFRACTION	95
4.022-5.0656	0.1693	149	0.1201	2790	X-RAY DIFFRACTION	94
5.0656-39.4329	0.1596	146	0.1324	2708	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2143	-0.1995	-0.0039	0.1958	0.0227	0.0093	-0.0831	0.0633	-0.0169	-0.125	0.0666	0.0867	0.0478	0.0366	-0	0.2034	0.0154	-0.0208	0.2007	0.0055	0.1314	-10.6438	-3.5182	-11.7398
2	0.3071	-0.0909	-0.1154	0.3985	-0.0084	0.0474	0.0499	0.0425	-0.0321	0.1325	-0.0013	-0.0019	0.1805	0.0649	0	0.1486	-0.0012	0.0061	0.1523	0.0152	0.1429	1.6168	-14.0952	6.1505
3	0.6355	0.1758	-0.3127	0.4636	0.2286	0.4934	-0.0143	-0.0772	-0.0053	0.0084	0.0439	-0.0901	-0.0261	0.0108	0	0.0688	0.0162	0.0036	0.127	-0.0103	0.1044	14.7398	-2.2147	-4.8875
4	0.3181	0.1459	0.0445	0.3374	-0.1366	0.607	0.0276	0.0629	-0.0389	-0.1268	0.0171	-0.0375	-0.0961	-0.1343	-0	0.1417	-0.012	0.0236	0.2265	-0.0028	0.1299	9.1119	-2.7734	-23.1932
5	0.284	0.3422	0.1192	0.3729	0.1397	0.2515	-0.0666	0.1502	-0.0833	-0.1154	0.0795	-0.0422	0.0369	0.0663	0	0.1352	0.0082	0.0353	0.1434	-0.023	0.1887	17.1938	-10.1186	-17.0317
6	0.018	0.0297	-0.0387	0.2497	0.3309	0.4796	0.0068	-0.0763	-0.0606	-0.0802	0.044	-0.1089	0.0499	0.0708	0	0.1314	0.0229	-0.0061	0.1767	0.0104	0.1306	14.9678	-6.6925	-6.0498
7	0.0527	0.0123	-0.1464	0.0702	-0.1653	0.4208	0.1182	0.047	0.0131	0.1768	-0.0686	-0.018	-0.0269	0.1007	0.0001	0.1316	-0.0021	-0.0084	0.1503	0.0186	0.1494	10.9479	-1.2978	3.1988
8	0.2237	-0.2186	-0.1255	0.246	0.1336	0.0675	0.0935	0.1218	-0.1	0.0746	-0.0781	-0.0595	0.3098	0.0975	0.0002	0.2132	0.0276	-0.0103	0.1381	-0.0307	0.1909	8.1882	-28.0585	-9.803
9	0.3024	0.0819	0.1885	0.4279	-0.2448	0.3306	0.0271	0.0976	-0.0454	-0.286	0.0637	0.0568	0.1721	-0.0106	0.0021	0.2114	-0.0115	-0.0363	0.1511	-0.0142	0.1377	-5.9159	-19.8304	-23.148
10	0.3677	-0.1095	-0.2098	0.0883	0.2168	0.5544	-0.1043	0.0972	-0.4928	-0.2361	-0.0073	0.092	0.6328	0.0639	-0.0164	0.2876	-0.0431	-0.0672	0.2005	-0.0096	0.2827	-8.7725	-29.2056	-22.7713
11	0.0291	-0.0411	-0.095	0.0136	0.0826	0.202	-0.1044	-0.2012	0.0413	0.1711	0.1893	0.112	-0.1255	-0.2659	0.0004	0.3082	0.0422	0.0204	0.2229	0.002	0.2248	12.2142	12.1093	5.1004
12	0.4363	-0.1551	0.0175	0.2651	0.337	0.3063	0.0252	-0.0091	-0.0207	0.1199	-0.0534	0.0916	0.0803	-0.0748	0.0043	0.0859	-0.0037	0.0075	0.071	0.0128	0.0682	-7.6747	-3.6796	11.0279
13	0.8233	0.1084	-0.0263	0.5378	0.4463	0.7762	-0.0009	0.0099	0.0895	-0.0046	-0.0231	0.0194	-0.0918	-0.0434	0	0.1453	0.0089	0.0105	0.1415	0.0105	0.172	-11.4667	18.761	5.1149
14	0.1053	-0.2678	0.0314	0.5761	-0.0099	0.1662	0.0568	0.0031	0.0035	0.0316	-0.0893	0.0049	0.0452	0.0546	-0	0.1139	-0.0278	0.0027	0.1077	0.0122	0.1195	-8.3102	-1.4319	4.9932
15	0.2368	-0.2118	-0.1401	0.2021	0.1387	0.0754	-0.0016	-0.0629	0.1372	0.3555	-0.0036	0.1675	0.227	-0.0115	-0.0001	0.2588	0.0108	0.0382	0.2094	-0.0003	0.1692	-6.3689	10.2136	28.5396
16	0.0577	0.0159	-0.0693	0.3167	0.0515	0.0424	0.1042	-0.1055	0.0888	0.1652	-0.1496	-0.0103	-0.0019	0.084	-0.0001	0.2023	-0.0237	-0.0076	0.206	-0.0275	0.21	3.1198	25.8068	23.0251
17	0.396	-0.0662	0.0456	0.4415	0.3498	0.3641	-0.067	-0.1972	0.0621	0.0441	0.0138	-0.2654	0.0065	0.2111	0.0001	0.1699	0.0123	-0.0466	0.2379	0.0064	0.2089	11.1774	22.1386	22.5443
18	0.0983	0.1389	0.2293	0.4372	0.2834	0.5391	-0.1025	-0.2202	-0.0455	0.0685	-0.0605	-0.1101	0.0368	-0.0012	-0.1268	0.4068	0.0469	0.1051	0.6187	-0.2873	0.7102	1.0725	0.0778	0.7277

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 70:96 )	A	70 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 97:138 )	A	97 - 138
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 139:190 )	A	139 - 190
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 191:239 )	A	191 - 239
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 240:287 )	A	240 - 287
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 288:321 )	A	288 - 321
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 322:354 )	A	322 - 354
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 355:380 )	A	355 - 380
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 381:451 )	A	381 - 451
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN A AND RESID 452:473 )	A	452 - 473
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 71:96 )	B	71 - 96
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 97:167 )	B	97 - 167
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 168:303 )	B	168 - 303
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 304:354 )	B	304 - 354
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN B AND RESID 355:380 )	B	355 - 380
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN B AND RESID 381:408 )	B	381 - 408
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN B AND RESID 409:472 )	B	409 - 472
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN A AND RESID 502:502 ) OR ( CHAIN B AND RESID 502:502 )	A	502
19	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN A AND RESID 502:502 ) OR ( CHAIN B AND RESID 502:502 )	B	502

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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