PDB-5wmk: Arabidopsis thaliana Prephenate Aminotransferase double mutant- T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wmk

タイトル

Arabidopsis thaliana Prephenate Aminotransferase double mutant- T84V K169V

要素

Bifunctional aspartate aminotransferase and glutamate/aspartate-prephenate aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / PLP-dependent

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate-prephenate aminotransferase / glutamate-prephenate aminotransferase activity / aromatic amino acid family biosynthetic process, prephenate pathway / aspartate-prephenate aminotransferase / aspartate-prephenate aminotransferase activity / L-phenylalanine biosynthetic process / embryo development ending in seed dormancy / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / chloroplast stroma ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.398 Å

データ登録者

Jez, J.M. / Holland, C.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Plant J. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for substrate recognition and inhibition of prephenate aminotransferase from Arabidopsis.
著者: Holland, C.K. / Berkovich, D.A. / Kohn, M.L. / Maeda, H. / Jez, J.M.

履歴

登録	2017年7月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wmk.cif.gz	179.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wmk.ent.gz	139.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wmk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wmk_validation.pdf.gz	450.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wmk_full_validation.pdf.gz	452.8 KB	表示
XML形式データ	5wmk_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	5wmk_validation.cif.gz	32.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/5wmk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/5wmk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wmhSC 5wmiC 5wmlC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5wml-d 5wmh-3 1aam-1 6l1l-d 2aat-1 3ele-1 4xau-3 6f5v-2 4r5f-1 1ahy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bifunctional aspartate aminotransferase and glutamate/aspartate-prephenate aminotransferase

ヘテロ分子

51.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bifunctional aspartate aminotransferase and glutamate/aspartate-prephenate aminotransferase

ヘテロ分子

A: Bifunctional aspartate aminotransferase and glutamate/aspartate-prephenate aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.498, 64.891, 51.933
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.87, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-828- HOH
2	1	A-971- HOH

#1: タンパク質	Bifunctional aspartate aminotransferase and glutamate/aspartate-prephenate aminotransferase / AtPPA-AT / Protein MATERNAL EFFECT EMBRYO ARREST 17 分子量: 51021.402 Da / 分子数: 1 / 変異: T84V, K169V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PAT, AAT, MEE17, At2g22250, T26C19.9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9SIE1, aspartate transaminase, aspartate-prephenate aminotransferase, glutamate-prephenate aminotransferase
#2: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#3: 化合物	ChemComp-BO3 / BORIC ACID / ほう酸分子量: 61.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BH₃O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.53 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 25% (w/v) PEG-1500, 100 mM MIB buffer (sodium malonate dibasic monohydrate, imidazole, boric acid), pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→28.02 Å / Num. obs: 73134 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 27.33
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / Num. unique obs: 3572 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
HKL-3000		データ収集
PHASER		位相決定
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5WMH

5wmh

解像度: 1.398→28.015 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1776	3685	5.04 %
R_work	0.1606	-	-
obs	0.1614	73128	99.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.398→28.015 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3055	0	11	474	3540

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3221
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.807	4393
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.519	1205
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	514
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	568

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3982-1.4166	0.3169	125	0.2713	2384	X-RAY DIFFRACTION	89
1.4166-1.436	0.2525	147	0.2465	2617	X-RAY DIFFRACTION	99
1.436-1.4565	0.2375	139	0.2238	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4565-1.4782	0.2195	145	0.2155	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4782-1.5013	0.2303	129	0.2052	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5013-1.5259	0.2273	169	0.1939	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5259-1.5523	0.2285	143	0.1888	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5523-1.5805	0.1958	133	0.1744	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5805-1.6109	0.1993	162	0.1773	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6109-1.6438	0.2168	150	0.1736	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6438-1.6795	0.2084	132	0.1716	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6795-1.7186	0.1796	136	0.1735	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7186-1.7615	0.211	152	0.1708	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7615-1.8091	0.1782	134	0.1635	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8091-1.8624	0.1715	141	0.1676	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8624-1.9225	0.1739	133	0.167	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9225-1.9912	0.1721	160	0.1578	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9912-2.0709	0.1863	122	0.1582	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0709-2.1651	0.1698	156	0.1539	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1651-2.2792	0.1813	148	0.1561	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2792-2.4219	0.2211	118	0.1557	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4219-2.6088	0.1564	142	0.1575	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6088-2.8711	0.1695	112	0.1624	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8711-3.286	0.1719	148	0.1529	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.286-4.1378	0.1512	151	0.1402	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1378-28.0206	0.1614	158	0.1505	2745	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7422	-5.4074	0.1164	6.9015	-0.896	0.6434	0.0821	0.0907	-0.0397	-0.3473	0.0228	0.1881	0.1036	-0.0908	-0.048	0.1511	-0.0402	-0.0272	0.1434	-0.0037	0.1219	14.7394	4.8903	-7.4682
2	3.913	0.3954	-0.5294	0.6758	0.0278	0.2812	-0.0559	0.0177	-0.3002	-0.0861	0.0246	-0.0351	-0.0171	-0.0202	0.0437	0.1727	-0.0022	-0.0063	0.1471	-0.0094	0.116	5.1173	-14.7964	2.8011
3	0.9794	0.0113	0.1588	0.4798	-0.1769	0.4781	-0.0396	-0.0442	0.0839	0.0112	0.0119	-0.0328	-0.044	0.0031	0.0317	0.1181	0.0058	0.0071	0.1267	-0.0206	0.1071	9.5879	7.1024	14.3953
4	1.0496	-0.3829	-0.0129	0.7844	0.1401	0.442	-0.0068	-0.0754	0.0148	0.0077	0.0264	-0.0063	-0.0281	0.0015	-0.0156	0.1362	-0.005	0.0158	0.1534	0.0095	0.1262	6.6162	3.32	17.6752
5	3.7686	0.626	0.2076	0.8414	0.24	0.8254	0.0343	-0.117	-0.1645	0.0355	-0.0213	-0.0703	0.0179	0.0659	0.0044	0.1115	0.0208	-0.0022	0.0683	-0.0003	0.085	14.7653	-12.6219	12.5391
6	0.9117	0.6629	-0.2966	1.6733	-0.5462	0.4978	-0.0279	-0.0276	-0.0593	-0.1321	-0.0126	-0.2675	0.0459	0.0647	0.0476	0.1153	-0.0064	0.0271	0.144	-0.022	0.1823	33.2622	0.2113	1.5845

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 71 through 96 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 97 through 138 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 139 through 251 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 252 through 335 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 336 through 380 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 381 through 473 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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