PDB-5yd2: Crystal Structure of Delta 4 mutant of EhPSAT (Phosphoserine amin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yd2

タイトル

Crystal Structure of Delta 4 mutant of EhPSAT (Phosphoserine aminotransferase of Entamoeba histolytica)

要素

Phosphoserine aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / Delta4_EhPSAT

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoserine transaminase / O-phospho-L-serine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / L-serine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Entamoeba histolytica HM-3:IMSS (赤痢アメーバ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Singh, R.K. / Gourinath, S.

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2019
タイトル: N-terminal residues are crucial for quaternary structure and active site conformation for the phosphoserine aminotransferase from enteric human parasite E. histolytica.
著者: Singh, R.K. / Tomar, P. / Dharavath, S. / Kumar, S. / Gourinath, S.

履歴

登録	2017年9月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yd2.cif.gz	286.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yd2.ent.gz	235.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yd2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/5yd2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/5yd2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yb0SC 5yiiC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yb0-1 5wml-d 5wmh-3 6czy-2 1aib-d 4isy-1 2bhx-d 6ti4-d 4xau-3 6xdk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphoserine aminotransferase

B: Phosphoserine aminotransferase

ヘテロ分子

81.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.238, 67.904, 95.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.93, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 7 - 351 / Label seq-ID: 7 - 351

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Phosphoserine aminotransferase 分子量: 40288.645 Da / 分子数: 2 / 変異: Deletion / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entamoeba histolytica HM-3:IMSS (赤痢アメーバ) 遺伝子: KM1_040390 / プラスミド: pET21c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M7XC02
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.07 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG2000MME 100 mM Tris pH-8.5 200 mM TMAO

-
データ収集

回折

平均測定温度: 77.15 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年10月25日

放射

モノクロメーター: Cu-Ni / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 31390 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.055 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.06 / Χ²: 1.438 / Net I/σ(I): 20.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.35-2.39	3.2	0.421	1125	0.928	0.243	0.489	1.156	68.5
2.39-2.43	3.6	0.366	1257	0.953	0.195	0.417	1.22	76.1
2.43-2.48	4.1	0.333	1307	0.966	0.166	0.374	1.166	79.4
2.48-2.53	4.6	0.336	1408	0.976	0.162	0.375	1.101	86.7
2.53-2.59	4.9	0.344	1517	0.974	0.161	0.381	1.144	92.1
2.59-2.65	5.4	0.34	1607	0.974	0.155	0.375	1.184	97.9
2.65-2.71	6	0.312	1664	0.982	0.135	0.341	1.186	99.6
2.71-2.79	6.5	0.274	1613	0.99	0.116	0.298	1.219	99.9
2.79-2.87	6.8	0.23	1657	0.993	0.095	0.25	1.279	100
2.87-2.96	6.8	0.21	1648	0.991	0.086	0.228	1.297	100
2.96-3.07	6.9	0.162	1632	0.995	0.066	0.176	1.376	100
3.07-3.19	6.8	0.124	1640	0.997	0.051	0.135	1.439	100
3.19-3.33	6.8	0.097	1642	0.998	0.04	0.105	1.474	100
3.33-3.51	6.8	0.08	1661	0.998	0.033	0.086	1.597	100
3.51-3.73	6.2	0.073	1646	0.997	0.031	0.079	2.655	99.3
3.73-4.02	6.5	0.053	1653	0.999	0.022	0.058	1.821	99.5
4.02-4.42	6.8	0.04	1653	0.999	0.017	0.044	1.558	99.9
4.42-5.06	6.8	0.035	1661	0.999	0.014	0.038	1.407	99.9
5.06-6.37	6.9	0.037	1674	0.999	0.015	0.04	1.407	100
6.37-50	6.6	0.03	1725	0.999	0.013	0.033	1.346	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YB0

5yb0

解像度: 2.35→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 27.338 / SU ML: 0.275 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.493 / ESU R Free: 0.304 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28695	1595	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22909	-	-	-
obs	0.23196	29564	94.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.222 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.32 Å²	0 Å²	-2.98 Å²
2-	-	2.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.35→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5539	0	34	24	5597

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	5672
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	5585
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.548	1.967	7646
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.022	3	12875
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.849	5	693
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.333	25.143	245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.624	15	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.101	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	857
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6301
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1245
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.218	4.045	2778
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.217	4.045	2777
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.004	6.057	3469
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.004	6.057	3470
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.284	4.388	2894
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.284	4.388	2895
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.119	6.407	4178
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.649	32.091	6510
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.648	32.091	6508
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 20923 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.396	93	-
R_work	0.322	1576	-
obs	-	-	69.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5907	0.1905	0.4558	0.4106	0.4173	0.7904	-0.0293	-0.0599	0.0055	-0.0759	-0.0098	0.0552	-0.0791	0.1414	0.0391	0.2027	-0.0365	-0.1218	0.3685	-0.0306	0.0843	-24.5498	34.2783	112.0261
2	1.0106	0.0859	-0.164	0.1127	-0.1873	0.3907	0.1036	-0.3911	-0.1067	-0.1074	0.0136	0.0932	0.1171	-0.1388	-0.1171	0.2178	-0.0443	-0.1863	0.3498	0.0534	0.1601	-54.713	20.1781	109.0331

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 516
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	7 - 508

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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