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- PDB-5t4i: A Novel domain in human EXOG converts apoptotic endonuclease to D... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5t4i | ||||||
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Title | A Novel domain in human EXOG converts apoptotic endonuclease to DNA-repair enzyme | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | HYDROLASE/DNA / mitochondria / exonuclease / DNA-repair / complex / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() Hydrolases; Acting on ester bonds; Endoribonucleases that are active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and produce 5'-phosphomonoesters / apoptotic DNA fragmentation / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / 5'-3' exonuclease activity / RNA endonuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / mitochondrial inner membrane / protein-containing complex / mitochondrion ...Hydrolases; Acting on ester bonds; Endoribonucleases that are active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and produce 5'-phosphomonoesters / apoptotic DNA fragmentation / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / 5'-3' exonuclease activity / RNA endonuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / mitochondrial inner membrane / protein-containing complex / mitochondrion / nucleus / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() DNA launch vector pDE-GFP2 (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Szymanski, M.R. / Yin, W.Y. | ||||||
![]() | ![]() Title: A domain in human EXOG converts apoptotic endonuclease to DNA-repair exonuclease. Authors: Szymanski, M.R. / Yu, W. / Gmyrek, A.M. / White, M.A. / Molineux, I.J. / Lee, J.C. / Yin, Y.W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 335.7 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 476.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 22.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 31.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5t3vC ![]() 5t40SC ![]() 5t5cC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 36275.152 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 59-358 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9Y2C4, Hydrolases; Acting on ester bonds; Endoribonucleases that are active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and produce 5'-phosphomonoesters #2: DNA chain | Mass: 2731.798 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) DNA launch vector pDE-GFP2 (others) #3: DNA chain | Mass: 2740.812 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) DNA launch vector pDE-GFP2 (others) #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 22% PEG 2000 MM 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M Na Acetate pH 4.6 100mM MnCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 29, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.89 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.389→50 Å / Num. obs: 32857 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 45.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.126 / Χ2: 1.836 / Net I/av σ(I): 24.786 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 352305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5T40 Resolution: 2.389→40.031 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 23.41 Details: Authors state that "The high RSRZ score is resulted from DNA-binding induced domain disorder. Please refer the publication for details."
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 204.22 Å2 / Biso mean: 67.988 Å2 / Biso min: 25.71 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.389→40.031 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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