PDB-5t3i: cyan fluorescence protein soaked with selenourea for 5 min

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t3i

タイトル

cyan fluorescence protein soaked with selenourea for 5 min

要素

Green fluorescent protein

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / cyan fluorescence protein / selenourea

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Luo, Z. / Dauter, Z.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Selenourea: a convenient phasing vehicle for macromolecular X-ray crystal structures.
著者: Luo, Z.

履歴

登録	2016年8月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.0	2026年3月18日	Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t3i.cif.gz	115.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t3i.ent.gz	87.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t3i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/5t3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/5t3i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5t3fC 5t3gC 5t3hC 5t3jC 5t3lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dpj-1 6sm0-d 1q4e-d 1qyq-d 2ydz-d 6ofn-1 6uhk-2 4orn-1 3ssy-d 3w1c-d 7a89-2 5dpi-2 1q4a-d 6vio-1 1qyf-d 6fww-d 6ofk-2 4w6a-2 3st2-2 1emb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Green fluorescent protein

ヘテロ分子

28.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.116, 61.520, 69.559
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Green fluorescent protein 分子量: 26920.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / プラスミド: pMCSG68 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P42212
#2: 化合物	ChemComp-SEY / selenourea 分子量: 123.016 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₄N₂Se
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 16% (w/v) PEG 3350, 50 mM citric acid, and 50 mM bis-tris propane buffer pH 5.0.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 30369 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 24.7
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 1.28 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→30.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 3.279 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.078 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.177	1487	5 %	RANDOM
R_work	0.134	-	-	-
obs	0.136	28216	97.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.76 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.16 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→30.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1822	0	57	154	2033

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	1927
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.674	1.955	2594
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.95	2.963	4164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.948	5	230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.42	25.114	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.662	15	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.065	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	278
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.021	0.02	2236
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.015	0.02	536
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.411	3.072	920
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.345	3.062	919
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.855	5.761	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.868	5.774	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.654	3.897	1007
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.655	3.896	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.225	6.881	1439
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.134	14.045	2083
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.013	13.785	2035
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.496	3	3748
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	29.988	5	65
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	8.53	5	3805

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.241	90	-
R_work	0.198	1621	-
obs	-	-	77.14 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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