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- PDB-5t2p: Hepatitis B virus core protein Y132A mutant in complex with sulfa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t2p
タイトルHepatitis B virus core protein Y132A mutant in complex with sulfamoylbenzamide (SBA_R01)
要素Core protein
キーワードVIRAL PROTEIN / HEPATITIS B VIRUS / HBV / CORE PROTEIN / CAPSID / Y132A DIMER / Y132A HEXAMER / sulfamoylbenzamide / SBA_R01
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Hepatitis B viral capsid (hbcag) fold / Viral capsid, core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Chem-K89 / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.693 Å
データ登録者Zhou, Z. / Xu, Z.H.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Heteroaryldihydropyrimidine (HAP) and Sulfamoylbenzamide (SBA) Inhibit Hepatitis B Virus Replication by Different Molecular Mechanisms.
著者: Zhou, Z. / Hu, T. / Zhou, X. / Wildum, S. / Garcia-Alcalde, F. / Xu, Z. / Wu, D. / Mao, Y. / Tian, X. / Zhou, Y. / Shen, F. / Zhang, Z. / Tang, G. / Najera, I. / Yang, G. / Shen, H.C. / Young, J.A. / Qin, N.
履歴
登録2016年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Core protein
B: Core protein
C: Core protein
D: Core protein
E: Core protein
F: Core protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,72732
ポリマ－104,9216
非ポリマー3,80526
水10,953608
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.927, 68.048, 85.703
Angle α, β, γ (deg.)68.490, 69.990, 83.490
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D
51chain F

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETLEULEU(chain A and (resseq 1:15 or (resid 16 and (name...AA1 - 151 - 15
12LEULEULEULEU(chain A and (resseq 1:15 or (resid 16 and (name...AA1616
13METMETGLNGLN(chain A and (resseq 1:15 or (resid 16 and (name...AA1 - 1551 - 155
14METMETGLNGLN(chain A and (resseq 1:15 or (resid 16 and (name...AA1 - 1551 - 155
15METMETGLNGLN(chain A and (resseq 1:15 or (resid 16 and (name...AA1 - 1551 - 155
16METMETGLNGLN(chain A and (resseq 1:15 or (resid 16 and (name...AA1 - 1551 - 155
17METMETGLNGLN(chain A and (resseq 1:15 or (resid 16 and (name...AA1 - 1551 - 155
18METMETGLNGLN(chain A and (resseq 1:15 or (resid 16 and (name...AA1 - 1551 - 155
21METMETLEULEU(chain B and (resseq 1:15 or (resid 16 and (name...BB1 - 151 - 15
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23METMETGLNGLN(chain B and (resseq 1:15 or (resid 16 and (name...BB1 - 1551 - 155
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25METMETGLNGLN(chain B and (resseq 1:15 or (resid 16 and (name...BB1 - 1551 - 155
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31METMETLEULEU(chain C and (resseq 1:15 or (resid 16 and (name...CC1 - 151 - 15
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33METMETTHRTHR(chain C and (resseq 1:15 or (resid 16 and (name...CC1 - 1421 - 142
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58METMETGLNGLN(chain F and (resseq 1:15 or (resid 16 and (name...FF1 - 1551 - 155

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Core protein


分子量: 17486.916 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP RESIDUES 1-149 / 変異: Y132A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L7R9I1

-
非ポリマー , 6種, 634分子

#2: 化合物
ChemComp-K89 / 4-fluoranyl-3-(4-oxidanylpiperidin-1-yl)sulfonyl-~{N}-[3,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]benzamide


分子量: 432.389 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H16F4N2O4S
#3: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 608 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 100 MM CITRATE, 21%(V/V) ISOPROPANOL, 1% (W/V) PEG 10000, PH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→50 Å / Num. obs: 134045 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 26.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/av σ(I): 17.153 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.7-1.733.41.2190.498190.7
1.73-1.763.51.2030.534193.3
1.76-1.793.61.0880.599194.9
1.79-1.833.80.9210.719195.4
1.83-1.873.90.8080.789195.7
1.87-1.9140.7230.824195.7
1.91-1.964.10.6040.876195.9
1.96-2.024.10.4850.897195.8
2.02-2.074.10.3750.941196.2
2.07-2.144.20.290.966196.3
2.14-2.224.20.2250.98196.4
2.22-2.314.20.1830.982196.5
2.31-2.414.20.1460.988196.7
2.41-2.544.20.1310.989196.8
2.54-2.74.20.1040.992197
2.7-2.914.20.0850.994197
2.91-3.24.10.0720.995197.1
3.2-3.664.10.0580.995196.8
3.66-4.614.10.0480.995195.2
4.61-504.10.0410.996197.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BMG

4bmg


解像度: 1.693→39.043 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.89
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2079 3214 2.4 %
Rwork0.1795 --
obs0.1802 133954 95.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 143.08 Å2 / Biso mean: 40.2635 Å2 / Biso min: 18.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.693→39.043 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7159 0 245 608 8012
Biso mean--37.64 47.15 -
残基数----898
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017775
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95210692
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511183
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081351
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3194522
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2583X-RAY DIFFRACTION7.662TORSIONAL
12B2583X-RAY DIFFRACTION7.662TORSIONAL
13C2583X-RAY DIFFRACTION7.662TORSIONAL
14D2583X-RAY DIFFRACTION7.662TORSIONAL
15F2583X-RAY DIFFRACTION7.662TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6933-1.71860.3327980.34344742484079
1.7186-1.74540.33051230.33075498562193
1.7454-1.7740.28791650.31895588575394
1.774-1.80460.28851310.28965657578895
1.8046-1.83740.26111340.27275755588996
1.8374-1.87280.29441440.25515667581195
1.8728-1.9110.26951440.24715720586496
1.911-1.95260.26221260.23455771589796
1.9526-1.9980.27881370.22825727586496
1.998-2.04790.28831400.21595716585696
2.0479-2.10330.24011450.20755660580596
2.1033-2.16520.23211440.18575757590196
2.1652-2.23510.21511400.17835812595297
2.2351-2.31490.20941470.16985774592197
2.3149-2.40760.19771450.16965711585697
2.4076-2.51720.21861400.18055814595497
2.5172-2.64990.18871390.17585760589997
2.6499-2.81580.22911490.17715774592397
2.8158-3.03320.18891560.18085779593597
3.0332-3.33830.22481330.17475778591197
3.3383-3.8210.17731420.15745773591597
3.821-4.81260.16161470.13765683583096
4.8126-39.05330.18731450.16025824596997
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6418-0.5425-0.6886-0.35160.03691.2831-0.1674-0.0946-0.07870.08710.070.0845-0.0209-0.0152-0.00060.286-0.0010.03860.2359-0.00290.250416.395726.1904-13.8856
2-0.1607-0.1389-0.17860.74470.46480.75840.0152-0.0151-0.0001-0.017-0.06970.00230.04410.0332-00.1893-0.02380.00460.2187-0.01820.224227.733614.9824-35.8057
30.042-0.270.08910.33110.07310.6940.0474-0.00370.0523-0.0008-0.0343-0.0714-0.03650.030800.222-0.01350.00860.2330.02220.2286-8.880459.7514-36.2258
40.9869-0.79360.04550.3034-0.08381.9361-0.0268-0.02910.12330.00140.0151-0.06330.23720.19720.00010.2860.0126-0.01130.21750.00390.2159-2.5350.9375-13.797
50.9824-0.9950.0981.3888-0.9271.3720.09070.01510.0254-0.0254-0.0748-0.02360.06480.1805-0.00110.20570.0233-0.03070.2196-0.02140.197820.921231.8002-60.7338
60.3275-0.38960.29430.04980.08890.67370.04150.0364-0.0084-0.0044-0.0125-0.013-0.0899-0.001800.22350.01560.00320.21870.02230.23892.521650.3298-64.3136
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'A1 - 155
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'B1 - 155
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'E'E1 - 155
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'F'F1 - 155
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C'C1 - 142
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D'D1 - 155

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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