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万見
- PDB-5jm8: The structure of ATP-bound aerobactin synthetase IucA from a hype... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jm8
タイトルThe structure of ATP-bound aerobactin synthetase IucA from a hypervirulent pathotype of Klebsiella pneumoniae
要素Aerobactin synthase IucA
キーワードLIGASE / aerobactin NIS synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


acid-amino acid ligase activity / siderophore biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aerobactin siderophore biosynthesis, IucA/IucC, N-terminal / Aerobactin siderophore biosynthesis, IucA/IucC-like / IucA / IucC family / Ferric iron reductase FhuF domain / Ferric iron reductase FhuF-like transporter
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / Aerobactin synthase IucA
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bailey, D.C. / Drake, E.J. / Gulick, A.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI116998 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI007614 米国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)UL1TR001412 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Structural and Functional Characterization of Aerobactin Synthetase IucA from a Hypervirulent Pathotype of Klebsiella pneumoniae.
著者: Bailey, D.C. / Drake, E.J. / Grant, T.D. / Gulick, A.M.
履歴
登録2016年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月6日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aerobactin synthase IucA
B: Aerobactin synthase IucA
C: Aerobactin synthase IucA
D: Aerobactin synthase IucA
E: Aerobactin synthase IucA
F: Aerobactin synthase IucA
G: Aerobactin synthase IucA
H: Aerobactin synthase IucA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)525,62624
ポリマ－521,3748
非ポリマー4,25216
水16,826934
1
A: Aerobactin synthase IucA
C: Aerobactin synthase IucA
E: Aerobactin synthase IucA
G: Aerobactin synthase IucA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)262,81312
ポリマ－260,6874
非ポリマー2,1268
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Aerobactin synthase IucA
D: Aerobactin synthase IucA
F: Aerobactin synthase IucA
H: Aerobactin synthase IucA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)262,81312
ポリマ－260,6874
非ポリマー2,1268
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23350 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area155480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.850, 96.630, 173.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細hvKP IucA was shown to exist as a tetramer in solution by small angle X-ray scattering, size exclusion chromatography, and native gel electrophoresis.

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要素

#1: タンパク質
Aerobactin synthase IucA


分子量: 65171.723 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: RJF2_26555, RJF9_26895 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0X9V8F4, UniProt: A0A1A9TA96*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 934 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.64 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Cocktail: 15-32% PEG400, 100 mM MES pH 6.0 Drop Ratio: 1:1 Protein: 5.5 mg/mL

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.2→49.57 Å / Num. obs: 283617 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 20.3 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1194 / Net I/σ(I): 7.62
反射 シェル解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.4555 / Mean I/σ(I) obs: 3.15 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Cootモデル構築
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→49.568 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 14294 5.04 %
Rwork0.2139 --
obs0.2165 283568 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 120.43 Å2 / Biso mean: 29.1959 Å2 / Biso min: 2.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→49.568 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34712 0 256 934 35902
Biso mean--20.14 17.88 -
残基数----4421
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00535864
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01948941
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0375413
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046358
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.13320140
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.2380.29696900.2639133021399294
2.238-2.27860.30537400.2523132641400493
2.2786-2.32250.29266270.2539133701399794
2.3225-2.36990.27076240.2446134491407394
2.3699-2.42140.27917860.2455132661405293
2.4214-2.47770.27886080.2387134881409694
2.4777-2.53970.29996990.2335134111411094
2.5397-2.60830.27588100.2416132411405193
2.6083-2.68510.27646870.2323134381412594
2.6851-2.77170.2766680.2369134141408294
2.7717-2.87080.25386750.2259134691414494
2.8708-2.98570.26237090.231134951420494
2.9857-3.12150.27297670.231134201418794
3.1215-3.2860.2657200.2246134891420994
3.286-3.49180.24516990.2162135571425695
3.4918-3.76130.23287410.1968134821422394
3.7613-4.13950.21317680.1775135451431394
4.1395-4.73780.19427660.1645135741434094
4.7378-5.96640.21526920.1838137431443595
5.9664-41.99090.22526980.2067139501464895
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.74880.03950.12530.24520.17820.85710.07670.1788-0.2982-0.0733-0.03890.0050.1540.0689-0.03140.18570.0593-0.06520.1761-0.05690.237356.25183.58470.533
20.58140.2401-0.19150.28610.11180.50840.00850.1764-0.2629-0.06340.0389-0.1140.18580.1987-0.03380.21320.0756-0.0380.3521-0.09050.228455.89334.722-15.498
30.70850.23250.09480.59420.0180.87280.01380.14390.2059-0.1215-0.02980.0468-0.1606-0.08170.01850.16850.05210.02240.13010.03140.170729.498122.14171.423
40.72550.2330.14130.65230.01580.74040.01610.22880.2742-0.1442-0.05020.0889-0.1496-0.06810.03630.17160.06590.01280.23980.07520.224529.12873.223-15.866
50.5055-0.02980.05060.47520.02130.5934-0.0105-0.2072-0.02480.07780.0015-0.0364-0.02060.13290.01030.1348-0.0392-0.03980.22190.00710.133766.475103.979112.862
61.01550.1531-0.1090.3930.13760.52840.1122-0.6718-0.01180.3602-0.0282-0.07650.10350.5175-0.0325-0.0316-0.20320.00670.9839-0.0160.180265.86656.88825.752
70.44070.1322-0.0940.4369-0.00680.56830.0828-0.1551-0.02620.0508-0.09830.0238-0.0174-0.26520.01130.1367-0.06110.01760.06490.03230.135419.51999.24112.937
80.71530.1020.21650.3338-0.12160.52790.1345-0.5321-0.01730.1798-0.10150.09480.0746-0.4895-0.03750.1985-0.10240.00970.61240.01320.160219.27751.70325.939
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 9:572 )A9 - 572
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 9:572 )B9 - 572
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 9:571 )C9 - 571
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 9:571 )D9 - 571
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN E AND RESID 9:572 )E9 - 572
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN F AND RESID 9:572 )F9 - 572
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN G AND RESID 9:572 )G9 - 572
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN H AND RESID 9:570 )H9 - 570

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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