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- PDB-5t0z: PelC from Geobacter metallireducens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t0z
タイトルPelC from Geobacter metallireducens
要素Lipoprotein, putative
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / periplasmic / lipoprotein
機能・相同性Lipoprotein, putative
機能・相同性情報
生物種Geobacter metallireducens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.255 Å
データ登録者Marmont, L.S. / Howell, P.L.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / : 2017
タイトル: Oligomeric lipoprotein PelC guides Pel polysaccharide export across the outer membrane of Pseudomonas aeruginosa.
著者: Marmont, L.S. / Rich, J.D. / Whitney, J.C. / Whitfield, G.B. / Almblad, H. / Robinson, H. / Parsek, M.R. / Harrison, J.J. / Howell, P.L.
履歴
登録2016年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein, putative
B: Lipoprotein, putative
C: Lipoprotein, putative
D: Lipoprotein, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9134
ポリマ-78,9134
非ポリマー00
3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8110 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area24610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.931, 78.298, 85.136
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細While PISA predicts a tetrameric assembly, the authors believe that is a crystallographic artifact. The related entry 5T11 displays the correct dodecameric assembly.

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要素

#1: タンパク質
Lipoprotein, putative


分子量: 19728.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter metallireducens (バクテリア)
: GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210 / 遺伝子: Gmet_1966 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39U79
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 40% (v/v) MPD, 5% (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 71358 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.696 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.255→46.423 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2198 3898 5.59 %
Rwork0.1729 --
obs0.1756 69701 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.255→46.423 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4550 0 0 169 4719
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074628
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8646304
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0952711
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054742
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005813
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2552-2.28270.28321070.26081985X-RAY DIFFRACTION82
2.2827-2.31160.29181350.25132379X-RAY DIFFRACTION100
2.3116-2.3420.27421330.2512351X-RAY DIFFRACTION100
2.342-2.37410.28181380.23782358X-RAY DIFFRACTION100
2.3741-2.4080.30111460.23872382X-RAY DIFFRACTION100
2.408-2.4440.30531460.23892335X-RAY DIFFRACTION100
2.444-2.48220.29371470.2162380X-RAY DIFFRACTION100
2.4822-2.52280.27521240.21532368X-RAY DIFFRACTION100
2.5228-2.56630.30161460.20782353X-RAY DIFFRACTION100
2.5663-2.6130.28491350.20732407X-RAY DIFFRACTION100
2.613-2.66330.27651270.20282332X-RAY DIFFRACTION100
2.6633-2.71760.26531460.19522403X-RAY DIFFRACTION100
2.7176-2.77670.2711650.19112278X-RAY DIFFRACTION100
2.7767-2.84130.24741190.18312455X-RAY DIFFRACTION100
2.8413-2.91230.20931410.17342339X-RAY DIFFRACTION100
2.9123-2.99110.27321480.17832403X-RAY DIFFRACTION100
2.9911-3.07910.25561540.18092289X-RAY DIFFRACTION100
3.0791-3.17840.19371330.17042390X-RAY DIFFRACTION100
3.1784-3.2920.24721270.16422388X-RAY DIFFRACTION100
3.292-3.42380.20831420.16042360X-RAY DIFFRACTION100
3.4238-3.57950.19551410.16062360X-RAY DIFFRACTION100
3.5795-3.76820.21171510.14612352X-RAY DIFFRACTION100
3.7682-4.00410.18261280.15262359X-RAY DIFFRACTION100
4.0041-4.31310.21891490.14582371X-RAY DIFFRACTION100
4.3131-4.74670.16531510.1422325X-RAY DIFFRACTION100
4.7467-5.43270.22641340.15992387X-RAY DIFFRACTION100
5.4327-6.84110.18751330.20072361X-RAY DIFFRACTION100
6.8411-46.43290.19821520.16762353X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8631-2.74211.33823.4063-2.5162.71530.09360.30930.54610.32740.51480.2381-0.8074-0.8846-0.5660.57490.1237-0.02120.53930.06630.50598.615959.074357.5834
24.7795-1.20654.42045.5231-5.19777.37020.30980.7763-0.42960.1504-0.64970.21080.14730.48740.37570.4025-0.00120.03380.5186-0.01020.476925.106243.362866.0064
33.9132-0.2126-1.21238.9124-0.6987.1625-0.39060.0357-0.71430.22630.48440.17890.6163-0.0702-0.08910.4568-0.0416-0.00840.41030.0360.378817.696432.567972.5495
43.7742-3.367-3.46859.37284.02673.8180.32430.3329-0.835-0.47930.11440.82450.6371-0.6569-0.22450.6286-0.1135-0.17570.60640.06910.592110.581631.285566.944
56.24350.3664-3.2157.3453-2.34942.5924-0.08180.402-0.9734-1.26130.40980.38491.5122-0.48540.09260.8062-0.0673-0.06190.5273-0.1130.81817.100923.945167.6657
65.8422-3.6944-4.03832.27222.61063.64110.19941.0313-1.52520.8517-0.733.41730.3616-1.14110.46410.5899-0.0837-0.04270.79370.14921.21935.735132.323479.578
79.5086-5.887-1.67387.1681-0.03552.76660.6456-0.5709-1.0213-0.1104-0.28820.6510.36410.0091-0.3710.5952-0.0825-0.08290.50460.15180.535117.94527.24582.2016
86.2552-4.19972.6688.2339-3.85145.525-0.0037-0.1943-0.24790.35790.16540.4927-0.1632-0.2055-0.13950.3804-0.0346-0.01610.2539-0.0390.325514.472941.802368.7568
93.067-4.9285-1.35368.3884-0.28888.38210.01780.9916-0.4409-0.93690.08010.07470.39690.4389-0.12420.529-0.03860.00020.3594-0.01640.380118.212536.928761.9539
104.4119-0.62380.84861.9168-0.71972.1173-0.2807-0.8401-0.92640.02310.8080.43760.5505-0.9185-0.32950.7127-0.05840.06160.54560.0810.630417.824545.854678.2021
114.36-0.629-1.23376.8577-5.08884.58470.26180.48680.1871-0.14180.0928-0.28490.45140.3261-0.17070.44410.00710.07310.4877-0.01970.387921.606760.839361.7637
124.58871.2035-0.34558.4793-2.24513.80380.25310.31770.4221-0.2729-0.00810.0216-0.080.1964-0.26880.44930.08430.02770.341-0.04540.343311.847272.965161.5766
132.76854.24944.32538.58354.85479.3928-0.4165-0.10480.11960.18430.29420.2697-0.6325-0.06030.12990.51290.05940.03640.34070.01090.282411.70474.528770.4211
143.0834-0.1924-0.38942.5649-0.85582.4930.5330.06311.28480.5834-0.21290.4541-0.9471-0.0876-0.28880.70070.03570.13280.4096-0.01520.59669.15378.827265.055
154.7094.2928-6.00294.2084-5.30577.36420.02630.66010.1073-0.48080.08170.5061-0.9169-0.6846-0.21550.63270.1129-0.0710.47270.05140.60185.314879.02254.6847
162.67620.1457-0.16244.8986-4.05253.5738-0.1933-0.0619-0.221-0.19530.36470.7120.2087-0.0497-0.11460.580.08780.04570.3652-0.02930.41459.412263.722768.1925
173.21683.2297-3.19428.469-7.76947.7291-0.188-0.1919-0.2166-0.6530.22310.05620.6996-0.10030.30630.52860.06560.09130.3269-0.02620.367812.919861.946467.5573
181.819-0.2931.46674.6504-5.66118.46340.0170.35310.0434-0.32170.11420.3547-0.6918-0.0728-0.23610.79480.10940.0060.4077-0.04750.364415.814669.201956.3627
195.53910.311-2.82236.12865.99957.9971-0.3786-2.6729-0.16122.10041.2539-0.8787-1.30021.128-0.7020.7608-0.07560.00320.7054-0.02190.376516.403957.591281.7383
203.18514.08-1.91958.4037-5.46953.5393-0.275-0.49670.35030.5845-0.3847-0.659-0.75250.69940.49740.5180.0367-0.06360.42570.02280.553220.827669.350667.491
210.836-2.06740.89574.8492-2.15550.9536-0.4252.14481.82190.47950.293-0.9235-1.58940.95310.52890.9496-0.30390.06050.93170.2990.558726.916862.800951.1666
223.17761.6708-2.21065.6149-5.71035.8823-0.1838-0.3785-1.03140.003-0.9028-0.5593-0.3-0.50740.81760.4173-0.0486-0.00050.44450.04530.506424.431752.595172.6215
236.95581.39413.75132.13068.15568.36962.1686-2.9649-1.63062.51980.33450.22583.35610.3403-1.24161.3675-0.2555-0.10921.15120.05460.735628.484350.851489.899
246.4414-0.02632.79475.5133-0.09584.13470.3324-0.1547-0.01450.50180.0467-1.06440.46490.2163-0.39160.3663-0.0245-0.10260.4777-0.08370.640242.007255.787475.8063
257.3442-4.57883.4879.538-6.12459.7132-0.3276-1.65390.66640.97760.6352-0.6523-0.87470.4922-0.20780.5611-0.0796-0.01090.7511-0.17840.516939.027858.616887.5818
261.82180.74541.0343.31783.92415.17930.7412-0.8229-0.74641.45740.5637-1.43880.9593-0.6443-0.75920.72020.1231-0.49380.91780.1021.252644.940345.7483.7173
274.8909-0.2088-0.33386.1306-3.63726.05460.23770.1371-0.1999-0.45150.5029-0.65040.95890.5625-0.36910.2823-0.0759-0.00410.4963-0.02050.59938.05654.576968.1972
286.61531.5275-2.13445.4945-2.04986.31030.0818-0.4366-0.78260.3324-0.2823-0.67450.11820.2280.17590.3893-0.0339-0.14910.3239-0.02790.549232.759851.544473.3833
296.90771.84523.91518.3725-2.34377.2349-0.1124-0.03311.00360.45620.0435-0.4669-0.96731.3665-0.14830.6959-0.20710.17090.641-0.02090.70333.483567.936759.9273
304.81773.2609-4.73743.6553-3.75444.2435-0.0059-0.23521.06980.88470.5802-0.01930.05620.0746-0.52050.55260.0226-0.11060.4617-0.03390.528730.649260.114775.7712
316.7610.7292.41119.0241-0.27612.1164-0.46080.2532-0.18790.088-0.0643-0.77460.13611.26590.48530.40670.0377-0.04160.570.00930.608334.067743.731867.6533
325.1811-5.4382.54216.1115-3.46412.9081-0.1894-0.21620.69270.45510.1007-0.5026-1.4038-0.36310.08070.53390.039-0.00970.39140.01780.391117.254653.449556.4472
333.9696-1.5486-3.8815.88780.88293.9485-0.48591.74130.3763-0.4237-0.54610.7807-2.3414-2.4680.89371.09140.1147-0.19141.0797-0.17380.65876.858253.870841.0912
343.70222.8048-1.61383.38070.20475.052-0.58360.6368-0.0411-0.95860.468-0.326-1.96770.689-0.1220.9738-0.18310.18710.7689-0.12030.421328.233654.547741.729
356.77280.2386-0.18885.0886-1.07869.52320.01010.25750.2731-0.9183-0.0616-0.1559-0.54720.16170.07770.7075-0.02970.07750.4887-0.12490.381622.874548.301638.067
367.11831.31981.752.25012.74584.171-0.14961.46351.5544-1.7429-0.41970.2438-3.6353-0.3830.08812.11150.10190.21150.97290.26790.528519.527560.988332.3865
373.95020.05120.10735.0944-0.84885.741-0.05480.59520.2712-0.40740.0294-0.734-1.53220.9919-0.04580.6774-0.08240.13640.5808-0.10010.36829.445751.723848.6821
383.75160.1210.23964.1948-0.81944.55490.48990.20070.0397-0.9877-0.0506-0.3338-0.37180.2622-0.20760.6814-0.01890.14980.371-0.09550.330926.742651.242851.3415
393.45561.2930.87062.5642-3.39959.0380.5740.68120.5594-1.3877-0.15640.435-1.1043-0.6091-0.09581.14250.2482-0.04540.5556-0.00830.382616.170657.977146.3319
405.3821-0.2614-4.1423.2815-0.60733.44090.62331.0336-0.0117-0.86810.1537-1.04650.40410.576-0.61720.65890.03040.19750.5978-0.12310.652832.930238.53157.4526
412.2925-1.69553.11644.3407-0.92125.9877-0.4218-0.2431-0.4658-0.57480.45070.2177-0.1246-0.2115-0.10060.606-0.0584-0.00320.4455-0.05860.324819.092445.876949.0651
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 12 through 18 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 19 through 25 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 26 through 50 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 51 through 65 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 66 through 73 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 74 through 90 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 91 through 107 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 108 through 158 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 159 through 179 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 12 through 17 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 18 through 25 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 26 through 50 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 51 through 65 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 66 through 90 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 91 through 107 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 108 through 121 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 122 through 137 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 138 through 152 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 153 through 158 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 159 through 180 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 12 through 17 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 18 through 25 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 26 through 36 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 37 through 65 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 66 through 73 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 74 through 107 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 108 through 121 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 122 through 152 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 153 through 158 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and (resid 159 through 178 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 12 through 18 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 19 through 25 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 26 through 36 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 37 through 50 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 51 through 90 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 91 through 107 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'D' and (resid 108 through 121 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'D' and (resid 122 through 137 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'D' and (resid 138 through 152 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'D' and (resid 153 through 158 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'D' and (resid 159 through 178 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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