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Yorodumi- PDB-5t11: PelC L103M dodecamer from Paraburkholderia phytofirmans, space gr... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5t11 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | PelC L103M dodecamer from Paraburkholderia phytofirmans, space group C2 | ||||||
Components | Uncharacterized protein | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / periplasmic / lipoprotein | ||||||
| Function / homology | Penicillin-binding protein activator LpoB / Peptidoglycan-synthase activator LpoB / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Lipoprotein Function and homology information | ||||||
| Biological species | Paraburkholderia phytofirmans (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.104 Å | ||||||
Authors | Marmont, L.S. / Howell, P.L. | ||||||
Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2017Title: Oligomeric lipoprotein PelC guides Pel polysaccharide export across the outer membrane of Pseudomonas aeruginosa. Authors: Marmont, L.S. / Rich, J.D. / Whitney, J.C. / Whitfield, G.B. / Almblad, H. / Robinson, H. / Parsek, M.R. / Harrison, J.J. / Howell, P.L. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5t11.cif.gz | 620.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5t11.ent.gz | 520.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5t11.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/5t11 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/5t11 | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 16917.375 Da / Num. of mol.: 12 / Mutation: L103M Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Paraburkholderia phytofirmans (bacteria)Strain: DSM 17436 / LMG 22146 / PsJN / Gene: Bphyt_1493 / Production host: ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.73 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 1.45 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 5.7 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 0.979 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jan 14, 2013 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 122137 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 27 |
| Reflection shell | Resolution: 2.1→2.18 Å / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / % possible all: 92.7 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Resolution: 2.104→49.316 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 26.14 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.104→49.316 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Paraburkholderia phytofirmans (bacteria)
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