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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 5t0y | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | 2A10 Antibody FAB fragment | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / Malaria Antibody | ||||||
| 機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
| 生物種 | ![]() | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.011 Å | ||||||
データ登録者 | Jackson, C.J. / Fisher, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Publishedタイトル: Restricted antibody diversity and low affinity limit antibody responses to the Plasmodium circumsporozoite protein 著者: Jackson, C.J. / Cockburn, I. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 5t0y.cif.gz | 501.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb5t0y.ent.gz | 418.1 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 5t0y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 5t0y_validation.pdf.gz | 468.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 5t0y_full_validation.pdf.gz | 473.2 KB | 表示 | |
| XML形式データ | 5t0y_validation.xml.gz | 42.5 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 5t0y_validation.cif.gz | 57.6 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/5t0y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/5t0y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 類似構造データ |
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 単位格子 |
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要素
| #1: 抗体 | 分子量: 23457.773 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 23279.141 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.57 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 2M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5 |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.0329 Å |
| 検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月16日 |
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 1.0329 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 3.01→39.733 Å / Num. obs: 44655 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.6 % / Net I/σ(I): 10.6 |
| 反射 シェル | 解像度: 3.01→3.12 Å / 冗長度: 14.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / CC1/2: 0.703 / % possible all: 99.5 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 解像度: 3.011→39.733 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.17 / 立体化学のターゲット値: ML
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.011→39.733 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル |
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ |
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