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- PDB-5t0u: CTCF ZnF2-7 and DNA complex structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t0u
タイトルCTCF ZnF2-7 and DNA complex structure
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*CP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*GP*G)-3')
  • Transcriptional repressor CTCF
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR/DNA / CCCTC-binding factor / CTCF / zinc finger / TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chromatin loop anchoring activity / chromatin insulator sequence binding / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / protein localization to chromosome, centromeric region / genomic imprinting / chromatin looping / cardiac muscle cell development / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / chromosome, centromeric region ...chromatin loop anchoring activity / chromatin insulator sequence binding / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / protein localization to chromosome, centromeric region / genomic imprinting / chromatin looping / cardiac muscle cell development / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / chromosome, centromeric region / condensed chromosome / epigenetic regulation of gene expression / transcription coregulator binding / male germ cell nucleus / mitochondrion organization / chromosome segregation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / gene expression / sequence-specific DNA binding / in utero embryonic development / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / C2H2 zinc finger / C2H2-type zinc-finger domain / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional repressor CTCF
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.199 Å
データ登録者Hashimoto, H. / Wang, D. / Cheng, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049245 米国
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for the Versatile and Methylation-Dependent Binding of CTCF to DNA.
著者: Hashimoto, H. / Wang, D. / Horton, J.R. / Zhang, X. / Corces, V.G. / Cheng, X.
履歴
登録2016年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Database references
改定 1.22017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional repressor CTCF
B: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*CP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*GP*G)-3')
D: Transcriptional repressor CTCF
E: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*CP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,47918
ポリマ－69,6946
非ポリマー78512
水21612
1
A: Transcriptional repressor CTCF
B: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*CP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2409
ポリマ－34,8473
非ポリマー3926
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7480 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area15800 Å2
手法PISA
2
D: Transcriptional repressor CTCF
E: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*CP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2409
ポリマ－34,8473
非ポリマー3926
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7540 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area16180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.630, 40.960, 106.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.21, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional repressor CTCF / 11-zinc finger protein / CCCTC-binding factor / CTCFL paralog


分子量: 20720.023 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 294-465 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTCF / プラスミド: pXC1565 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): codon plus / 参照: UniProt: P49711
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*CP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量: 6914.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*GP*G)-3')


分子量: 7212.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.88 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15% PEG 4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.2 M Na-Citrate pH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.27046 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月2日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.27046 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→53.4 Å / Num. obs: 27870 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.163 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 3.19→3.28 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11_2558: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.199→53.295 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2663 1393 5.04 %Random
Rwork0.2297 ---
obs0.2314 27648 97.47 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.199→53.295 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2765 1874 12 12 4663
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054987
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.527044
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1912624
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037764
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002575
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1994-3.31370.42181290.34872403X-RAY DIFFRACTION90
3.3137-3.44640.31861420.30912607X-RAY DIFFRACTION96
3.4464-3.60320.31491230.27992575X-RAY DIFFRACTION97
3.6032-3.79310.33641420.26942696X-RAY DIFFRACTION98
3.7931-4.03070.25761400.24932636X-RAY DIFFRACTION99
4.0307-4.34180.23591510.21992643X-RAY DIFFRACTION99
4.3418-4.77850.25831530.20422682X-RAY DIFFRACTION99
4.7785-5.46930.25811290.20332684X-RAY DIFFRACTION100
5.4693-6.88840.22271450.20462713X-RAY DIFFRACTION99
6.8884-53.30260.22031390.17572616X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.57420.34970.78430.4940.77830.70990.23420.1855-0.15680.1099-0.1161-0.20180.0889-0.19410.0070.55310.1189-0.110.5251-0.0270.662412.53859.301440.6172
20.47820.0354-0.62220.8569-0.14011.0312-0.29640.2757-0.5648-0.30110.3381-0.3237-0.3737-0.61430.22930.60590.0288-0.00850.7198-0.11870.69719.4459.79235.3842
30.533-0.5391-0.67520.4101-0.14250.82450.18950.307-0.4665-0.0942-0.02540.0004-0.0012-0.39570.02360.54740.1142-0.05250.6431-0.06460.56918.43828.713734.344
40.0044-0.006-0.01660.00420.03030.0224-0.84040.1732-0.0861-0.217-0.5109-0.24930.1111-0.5065-01.60950.39350.01322.2519-0.53041.441936.6786-9.4251-5.0024
50.00650.0049-0.00030.0024-0.00230.00690.15910.1729-0.1339-0.0460.0834-0.056-0.0971-0.015-0.00011.9442-0.1388-0.7813.41740.15971.926444.6869-5.6662-2.4574
61.3319-0.29420.71691.6694-0.51720.75750.27820.5423-0.11580.2398-0.13250.06320.0589-0.0532-0.00380.73640.25330.02070.7693-0.09930.575348.8535-4.527427.4761
70.3396-1.38370.23775.2031-1.18682.18060.09961.24-0.6764-0.14430.96620.9849-0.72230.11570.88670.90110.1041-0.11781.98350.13040.6928.76911.86852.0497
80.4813-0.4435-0.01950.3116-0.08260.0172-0.11490.5959-0.54220.24150.33170.3306-0.8296-0.461-0.01311.00720.2479-0.17620.9513-0.00570.791250.296-10.197430.3515
90.4701-0.27-0.41560.4234-0.01390.2430.25651.1236-0.5158-0.0624-0.13530.0945-0.05880.1906-0.00980.87190.2404-0.1620.8512-0.17430.673950.5464-7.801829.4344
100.22350.36810.03770.7418-0.37390.767-0.24011.52610.68420.18390.27010.2483-1.37010.5870.00021.31350.4426-0.11661.95780.01560.834226.79740.37551.369
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 293:462)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 1:23)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 1:23)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resid 294:311)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain D and resid 312:317)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain D and resid 318:462)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain E and resid 1:9)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain E and resid 10:23)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain F and resid 1:14)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain F and resid 15:23)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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