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- PDB-5go3: Crystal structure of a di-nucleotide cyclase Vibrio mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5go3
タイトルCrystal structure of a di-nucleotide cyclase Vibrio mutant
要素Cyclic GMP-AMP synthase
キーワードTRANSFERASE / di-nucleotide cyclase Vibrio / mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


3',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic nucleotide biosynthetic process / negative regulation of chemotaxis / diguanylate cyclase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / defense response to virus / GTP binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Cyclic GMP-AMP synthase, C-terminal domain / : / Cyclic GMP-AMP synthase DncV-like, nucleotidyltransferase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclic GMP-AMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ming, Z.H. / Wang, W. / Xie, Y.C. / Chen, Y.C. / Yan, L.M. / Lou, Z.Y.
資金援助 中国, 7件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China2013CB911103 中国
National Basic Research Program of China2012CB518904 中国
National Natural Science Foundation of China81322023 中国
National Natural Science Foundation of China31170678 中国
National Natural Science Foundation of China31170158 中国
National Natural Science Foundation of China31370733 中国
National Natural Science Foundation of China31000332 中国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a di-nucleotide cyclase Vibrio mutant
著者: Ming, Z.H. / Wang, W. / Xie, Y.C. / Chen, Y.C. / Yan, L.M. / Lou, Z.Y.
#1: ジャーナル: Cell Res. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the novel di-nucleotide cyclase from Vibrio cholerae (DncV) responsible for synthesizing a hybrid cyclic GMP-AMP
著者: Ming, Z. / Wang, W. / Xie, Y. / Ding, P. / Chen, Y. / Jin, D. / Sun, Y. / Xia, B. / Yan, L. / Lou, Z.
履歴
登録2016年7月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic GMP-AMP synthase
B: Cyclic GMP-AMP synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,3392
ポリマ－101,3392
非ポリマー00
水5,008278
1
A: Cyclic GMP-AMP synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6691
ポリマ－50,6691
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cyclic GMP-AMP synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6691
ポリマ－50,6691
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.745, 46.272, 121.791
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cyclic GMP-AMP synthase / c-GMP-AMP synthase / 3'3'-cGAMP synthase / Cyclic AMP-GMP synthase / c-AMP-GMP synthase / ...c-GMP-AMP synthase / 3'3'-cGAMP synthase / Cyclic AMP-GMP synthase / c-AMP-GMP synthase / Dinucleotide cyclase DncV


分子量: 50669.496 Da / 分子数: 2 / 変異: D133N, D131N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: dncV, VC_0179 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9KVG7, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 25% PEG 3350, 100 mM HEPES (pH 7.5), 200 mM magnesium chloride hexahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 50934 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.1_743精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→43.174 Å / SU ML: 0.84 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2921 2116 5.05 %
Rwork0.2282 --
obs0.2314 41882 99.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.005 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0319 Å20 Å2-2.9782 Å2
2---3.5032 Å2-0 Å2
3---3.4713 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→43.174 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5826 0 0 278 6104
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085974
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2028050
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9072286
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082886
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051034
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.25120.36011250.27592570X-RAY DIFFRACTION98
2.2512-2.30750.36291340.25922590X-RAY DIFFRACTION98
2.3075-2.36990.31691540.24852575X-RAY DIFFRACTION98
2.3699-2.43960.36521360.25032640X-RAY DIFFRACTION98
2.4396-2.51830.32611300.24452616X-RAY DIFFRACTION99
2.5183-2.60830.30561440.23322605X-RAY DIFFRACTION99
2.6083-2.71270.3091300.24572692X-RAY DIFFRACTION100
2.7127-2.83620.36621600.26882634X-RAY DIFFRACTION100
2.8362-2.98570.30311370.26962644X-RAY DIFFRACTION100
2.9857-3.17270.34961520.24842641X-RAY DIFFRACTION100
3.1727-3.41750.29731400.23562688X-RAY DIFFRACTION100
3.4175-3.76130.27561550.21382682X-RAY DIFFRACTION100
3.7613-4.30510.24331350.19232685X-RAY DIFFRACTION100
4.3051-5.42230.21111390.17772715X-RAY DIFFRACTION99
5.4223-43.18210.27651450.23122789X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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