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- PDB-5gkk: Crystal structure of a homing endonuclease, I-TnaI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gkk
タイトルCrystal structure of a homing endonuclease, I-TnaI
要素Putative homing endonuclease
キーワードHYDROLASE / Homing endonuclease / Maturase
機能・相同性: / LAGLIDADG endonuclease / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / endonuclease activity / Putative homing endonuclease
機能・相同性情報
生物種Thermotoga neapolitana (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Ren, J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a homing endonuclease, I-TnaI
著者: Ren, J.
履歴
登録2016年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative homing endonuclease
B: Putative homing endonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7722
ポリマ－40,7722
非ポリマー00
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area15290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.203, 113.886, 44.922
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.410, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative homing endonuclease


分子量: 20385.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga neapolitana (バクテリア)
株: DSM 4359 / 遺伝子: i-Tna1931b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70PR2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.04 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 100 mM Hepes, 35% Jeffamine ED-2001

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.54175 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54175 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 19699 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 37.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.719 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BP7

1bp7


解像度: 2.001→39.49 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.68
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2479 995 5.06 %Random
Rwork0.2047 ---
obs0.2071 19667 96.16 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / Bsol: 46.95 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 106.41 Å2 / Biso mean: 46.5213 Å2 / Biso min: 23.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.7089 Å20 Å2-3.3439 Å2
2--10.0693 Å20 Å2
3----7.3604 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.001→39.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2450 0 0 31 2481
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012494
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2753316
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.096353
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005417
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.438996
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0011-2.10660.35461370.24992592272994
2.1066-2.23850.28151280.21882672280096
2.2385-2.41140.29511270.20842672279996
2.4114-2.6540.27171400.22542695283597
2.654-3.03790.27361560.21052695285198
3.0379-3.82690.24511380.20142726286498
3.8269-39.49790.21661690.19272620278995
精密化 TLS

S33: -0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.90980.2573-0.79350.1994-0.41331.4956-0.11290.0045-0.0829-0.03950.01130.02780.14-0.04650.31160.01-0.00350.2801-0.00050.282329.0037-7.44326.8368
20.7183-0.52340.57451.3244-0.60410.68680.0121-0.04320.130.0464-0.08710.0532-0.0863-0.00570.2676-0.01740.01210.3034-0.02010.315431.324119.7066-11.6217
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:147)A1 - 147
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resseq 1:147)B1 - 147

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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