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- PDB-5t01: Human c-Jun DNA binding domain homodimer in complex with methylat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t01
タイトルHuman c-Jun DNA binding domain homodimer in complex with methylated DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*GP*AP*(5CM)P*GP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*GP*GP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*T)-3')
  • Transcription factor AP-1
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR/DNA / Zta / Zebra / BZLF-1 / AP-1 / Epstein-Barr virus / EBV / 5-methylcytosine / 5mC / DNA methylation / transcription factor / basic leucine-zipper / bZIP / TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cAMP response element binding / transcription factor AP-1 complex / integrated stress response signaling / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / release from viral latency / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / SMAD protein signal transduction / positive regulation by host of viral transcription / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / nuclear chromosome ...cAMP response element binding / transcription factor AP-1 complex / integrated stress response signaling / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / release from viral latency / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / SMAD protein signal transduction / positive regulation by host of viral transcription / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / nuclear chromosome / negative regulation of DNA binding / Activation of the AP-1 family of transcription factors / ubiquitin-like protein ligase binding / R-SMAD binding / general transcription initiation factor binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / cellular response to cadmium ion / response to endoplasmic reticulum stress / GTPase activator activity / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Regulation of PTEN gene transcription / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FCERI mediated MAPK activation / MAPK6/MAPK4 signaling / euchromatin / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Pre-NOTCH Transcription and Translation / positive regulation of miRNA transcription / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / cellular response to reactive oxygen species / sequence-specific double-stranded DNA binding / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / regulation of cell population proliferation / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Oxidative Stress Induced Senescence / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / regulation of cell cycle / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor Jun / Jun-like transcription factor / Jun-like transcription factor / bZIP transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / : / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper ...Transcription factor Jun / Jun-like transcription factor / Jun-like transcription factor / bZIP transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / : / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor Jun
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Hong, S. / Horton, J.R. / Cheng, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Methyl-dependent and spatial-specific DNA recognition by the orthologous transcription factors human AP-1 and Epstein-Barr virus Zta.
著者: Hong, S. / Wang, D. / Horton, J.R. / Zhang, X. / Speck, S.H. / Blumenthal, R.M. / Cheng, X.
履歴
登録2016年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*GP*AP*(5CM)P*GP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*GP*GP*AP*G)-3')
A: Transcription factor AP-1
B: Transcription factor AP-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8464
ポリマ－26,8464
非ポリマー00
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7000 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area15190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.871, 42.490, 45.167
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*T)-3')


分子量: 5706.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*GP*AP*(5CM)P*GP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*GP*GP*AP*G)-3')


分子量: 5956.901 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 Transcription factor AP-1 / Activator protein 1 / AP1 / Proto-oncogene c-Jun / V-jun avian sarcoma virus 17 oncogene homolog / p39


分子量: 7591.038 Da / 分子数: 2 / Fragment: DNA binding domain (UNP residues 254-315) / Mutation: C269S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JUN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05412
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.25 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.05 M Citric acid 0.05 M Bis-Tris propane 16% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→35 Å / Num. obs: 23735 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 1.89→1.96 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.63 / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PHENIX1.9_1692モデル構築
SERGUIデータ収集
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FOS

1fos


解像度: 1.89→27.75 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2271 1187 5.01 %
Rwork0.1931 --
obs0.1949 23712 97.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→27.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1012 758 0 120 1890
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141861
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3742638
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.914802
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058296
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007205
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8896-1.97550.32261310.2982485X-RAY DIFFRACTION87
1.9755-2.07970.29081470.26952777X-RAY DIFFRACTION98
2.0797-2.20990.28351500.24032858X-RAY DIFFRACTION100
2.2099-2.38040.28511510.22482872X-RAY DIFFRACTION100
2.3804-2.61980.27341500.2382849X-RAY DIFFRACTION100
2.6198-2.99850.24971520.23362875X-RAY DIFFRACTION100
2.9985-3.77630.22921510.17982875X-RAY DIFFRACTION100
3.7763-27.75310.17671550.14962934X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -24.4193 Å / Origin y: 16.7252 Å / Origin z: 20.1421 Å
111213212223313233
T0.369 Å2-0.0006 Å2-0.067 Å2-0.3422 Å20.0003 Å2--0.3577 Å2
L0.4259 °20.3658 °2-0.0501 °2-0.3155 °20.6462 °2--0.3373 °2
S0.081 Å °-0.0335 Å °-0.0295 Å °0.2442 Å °-0.0105 Å °-0.2212 Å °0.0741 Å °0.1651 Å °0.0061 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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