PDB-5szf: 2A10 FAB fragment 2.54 Angstoms

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5szf

タイトル

2A10 FAB fragment 2.54 Angstoms

要素

2A10 antibody FAB fragment heavy chain
2A10 antibody FAB fragment light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Malaria Antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.52 Å

データ登録者

Jackson, C.J. / Fisher, C.

引用

ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2017
タイトル: T-dependent B cell responses to Plasmodium induce antibodies that form a high-avidity multivalent complex with the circumsporozoite protein.
著者: Fisher, C.R. / Sutton, H.J. / Kaczmarski, J.A. / McNamara, H.A. / Clifton, B. / Mitchell, J. / Cai, Y. / Dups, J.N. / D'Arcy, N.J. / Singh, M. / Chuah, A. / Peat, T.S. / Jackson, C.J. / Cockburn, I.A.

履歴

登録	2016年8月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5szf.cif.gz	182.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5szf.ent.gz	147.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5szf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5szf_validation.pdf.gz	446.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5szf_full_validation.pdf.gz	447.9 KB	表示
XML形式データ	5szf_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	5szf_validation.cif.gz	22.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/5szf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/5szf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6bi2-2 4x7t-2 5hdb-4 4jfz-d 6n16-2 1xf4-2 1bm3-d 4x80-d 4tuj-1 5xaj-1 6pxg-3 6al4-2 5csz-1 3qct-d 4wht-8 5t0y-2 5ye4-2 3g5x-2 3ejz-3 4wht-12 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: 2A10 antibody FAB fragment light chain

H: 2A10 antibody FAB fragment heavy chain

ヘテロ分子

47.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	204.213, 204.213, 204.213
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	214
Space group name H-M	I4₁32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-424- HOH

詳細

Dimer confirmed by size exclusion chromatography

#1: 抗体	2A10 antibody FAB fragment light chain 分子量: 23457.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	2A10 antibody FAB fragment heavy chain 分子量: 23693.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.6 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2M Ammonium sulfate 0.1 M trisodium citrate pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.52→39.2 Å / Num. obs: 24796 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.0245 / Net I/σ(I): 24.1
反射シェル	最低解像度: 2.52 Å / 冗長度: 2.61 % / R_merge(I) obs: 0.3658

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.52→37.284 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2483	1228	4.95 %
R_work	0.2251	-	-
obs	0.2263	24796	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.52→37.284 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3288	0	20	46	3354

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3387
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.568	4608
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.828	1193
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.028	518
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	581

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5202-2.6211	0.3241	121	0.3319	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6211-2.7403	0.3214	132	0.3108	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7403-2.8847	0.283	138	0.2906	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8847-3.0654	0.3311	154	0.2836	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0654-3.302	0.3189	118	0.2694	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.302-3.634	0.2853	116	0.2375	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.634-4.1592	0.2269	148	0.2001	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1592-5.2379	0.1882	150	0.1683	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2379-37.2881	0.2138	151	0.1945	2787	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9992	0.2011	0.5308	9.7503	-9.5657	9.9351	0.5751	0.9724	-0.209	-1.5014	-0.073	0.6526	0.182	-0.5532	-0.5416	1.2549	0.474	-0.1261	0.8583	-0.0135	0.4876	18.9168	-28.9835	-10.212
2	2.1535	0.5236	-1.1255	0.9541	-0.224	1.0152	0.3176	0.3361	0.3305	-0.1131	-0.5269	-0.4449	0.2851	0.4074	0.0336	0.8466	0.5139	0.2574	0.822	0.1797	0.4477	27.111	-23.4819	-2.2609
3	2.8872	-0.9728	-2.0062	2.1041	0.2377	1.5215	0.4683	0.3849	-0.4532	-0.967	-0.479	-0.0745	0.0934	0.1328	0.1655	1.2752	0.5861	0.1431	0.8654	0.0978	0.4817	29.5627	-29.3634	-10.6833
4	0.8182	0.3314	0.9041	0.7708	-0.3209	2.3819	0.4574	0.3511	0.1196	-0.8492	-0.0926	-0.0695	0.0108	0.1086	-0.268	0.9497	0.4309	0.1166	0.6956	0.0979	0.4759	23.2495	-24.3798	-6.0629
5	3.4561	-2.3211	-1.154	4.4692	1.2406	1.969	0.0089	0.4757	-0.4772	0.7951	0.0619	1.3463	0.1638	-0.1733	-0.0999	0.7371	0.2031	0.1825	0.3811	0.1711	0.786	5.1309	-32.1809	18.7734
6	1.2418	-0.6598	0.0418	0.4847	0.575	0.8956	0.9448	0.6164	-0.2962	0.9819	0.544	1.5295	-0.311	-0.2213	-0.4366	1.0026	0.0321	0.9551	0.2458	0.6139	1.5836	-5.7493	-31.7072	24.4683
7	1.6836	-1.9101	-0.636	7.7562	2.1644	1.7026	0.2019	-0.018	-0.648	0.3488	0.4878	1.0308	-0.2867	-0.0594	-0.0544	1.4979	0.1014	0.886	0.2849	0.3123	1.5809	-3.8574	-38.9444	26.5877
8	0.3935	-0.4844	0.0599	1.3735	-0.049	2.3139	-0.0906	0.2366	0.0599	0.169	-0.2431	-0.3911	0.2808	0.9093	0.2826	0.6184	0.3856	0.2316	0.7989	0.3117	0.5702	24.9457	-7.0406	1.8862
9	1.408	-0.0233	-1.2458	1.0935	-0.6446	2.1094	-0.0929	0.3004	-0.0392	0.0621	-0.3033	-0.3577	0.4731	0.5542	0.36	0.6035	0.3112	0.2232	0.7533	0.2988	0.5287	21.1635	-5.838	1.3327
10	2.4444	-0.4557	0.2327	4.8533	-2.3063	3.6438	-0.19	-0.2547	-0.4368	1.3369	0.4058	-0.1974	0.0638	-0.023	-0.2305	0.8355	0.2183	-0.0188	0.4344	0.1593	0.554	12.2662	-25.8041	26.1888
11	3.2475	1.597	-0.683	8.3244	-5.4832	3.9574	0.0315	-0.8048	-0.172	1.6358	0.0298	0.0644	0.2522	0.3939	0.0968	1.3136	0.2412	-0.0788	0.5974	0.1201	0.5676	15.4452	-25.2424	35.2811

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 1 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resid 33 through 49 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 50 through 75 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resid 76 through 102 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resid 103 through 181 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and (resid 182 through 201 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 202 through 214 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 1 through 51 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 52 through 126 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 127 through 189 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 190 through 220 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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