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万見
- PDB-5sxl: Structure of EspG3 chaperone from the type VII (ESX-3) secretion ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5sxl
タイトルStructure of EspG3 chaperone from the type VII (ESX-3) secretion system, space group P3221
要素ESX-3 secretion-associated protein EspG3
キーワードCHAPERONE / ESX-3 / type VII secretion system / RV0289 / protein secretion
機能・相同性EspG family / EspG family / cytoplasm / ESX-3 secretion-associated protein EspG3
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Korotkov, K.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI119022 米国
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural Variability of EspG Chaperones from Mycobacterial ESX-1, ESX-3, and ESX-5 Type VII Secretion Systems.
著者: Tuukkanen, A.T. / Freire, D. / Chan, S. / Arbing, M.A. / Reed, R.W. / Evans, T.J. / Zenkeviciute, G. / Kim, J. / Kahng, S. / Sawaya, M.R. / Chaton, C.T. / Wilmanns, M. / Eisenberg, D. / ...著者: Tuukkanen, A.T. / Freire, D. / Chan, S. / Arbing, M.A. / Reed, R.W. / Evans, T.J. / Zenkeviciute, G. / Kim, J. / Kahng, S. / Sawaya, M.R. / Chaton, C.T. / Wilmanns, M. / Eisenberg, D. / Parret, A.H.A. / Korotkov, K.V.
履歴
登録2016年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESX-3 secretion-associated protein EspG3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8671
ポリマ－31,8671
非ポリマー00
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.150, 59.150, 183.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 ESX-3 secretion-associated protein EspG3


分子量: 31866.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: espG3, MSMEG_0622, MSMEI_0606 / プラスミド: pSKB3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: A0QQ45
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.61 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.4, 1.0 M lithium chloride, 10% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月15日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→39.24 Å / Num. obs: 13995 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 67.59 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 12.18
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.46-2.525.50.8821.620.793199.8
2.52-2.590.6182.160.9041100
2.59-2.670.4932.790.928199.5
2.67-2.750.453.040.928199.9
2.75-2.840.3464.020.955199.5
2.84-2.940.2555.250.978199.5
2.94-3.050.187.160.986199.3
3.05-3.180.1498.440.993199.1
3.18-3.320.10810.590.996199.3
3.32-3.480.09113.90.994198.6
3.48-3.670.0717.320.997198.9
3.67-3.890.06719.370.997198.3
3.89-4.160.06121.510.997198
4.16-4.490.05823.640.994197.9
4.49-4.920.0525.770.997197.8
4.92-5.50.05126.790.997196.9
5.5-6.350.04727.020.997195.9
6.35-7.780.04529.350.998195.3
7.78-110.04232.220.997192.9
11-39.240.03331.780.999189.2

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEVERSION May 1, 2016 BUILT=20160617データスケーリング
SHARP2.8位相決定
PHENIXdev_2481精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSVERSION September 26, 2012データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.46→39.237 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.09 / 位相誤差: 28.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 1272 5.03 %RANDOM
Rwork0.2064 ---
obs0.2083 13963 97.23 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 208.16 Å2 / Biso mean: 89.2851 Å2 / Biso min: 45.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.46→39.237 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2078 0 0 17 2095
Biso mean---63.41 -
残基数----275
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022129
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4942911
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042332
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003384
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.921261
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.46-2.55850.39551310.36192740287199
2.5585-2.67490.34961330.32422679281298
2.6749-2.81590.37531390.29512710284999
2.8159-2.99220.33861750.26542677285299
2.9922-3.22320.26241530.26362661281498
3.2232-3.54730.2611510.22032692284398
3.5473-4.06020.2341420.19572627276997
4.0602-5.11360.19151220.15712676279896
5.1136-39.2420.20571260.17042555268193
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.3204 Å / Origin y: 21.6872 Å / Origin z: 34.8788 Å
111213212223313233
T0.3764 Å20.0568 Å2-0.0147 Å2-0.8493 Å20.0567 Å2--0.4879 Å2
L1.2772 °20.2835 °2-1.6894 °2-0.5479 °2-0.1608 °2--3.711 °2
S0.2678 Å °-0.1636 Å °-0.0142 Å °0.0756 Å °-0.2648 Å °-0.0776 Å °0.1814 Å °0.0459 Å °-0.0146 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-1 - 273
2X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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