[日本語] English
万見
- PDB-4rcl: Structure of EspG3 chaperone from the type VII (ESX-3) secretion ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rcl
タイトルStructure of EspG3 chaperone from the type VII (ESX-3) secretion system, space group P43212
要素ESPG3
キーワードCHAPERONE / ESX-3 / type VII secretion system / RV0289 / protein secretion
機能・相同性EspG family / EspG family / cytoplasm / ESX-3 secretion-associated protein EspG3
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Korotkov, K.V.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural Variability of EspG Chaperones from Mycobacterial ESX-1, ESX-3, and ESX-5 Type VII Secretion Systems.
著者: Tuukkanen, A.T. / Freire, D. / Chan, S. / Arbing, M.A. / Reed, R.W. / Evans, T.J. / Zenkeviciute, G. / Kim, J. / Kahng, S. / Sawaya, M.R. / Chaton, C.T. / Wilmanns, M. / Eisenberg, D. / ...著者: Tuukkanen, A.T. / Freire, D. / Chan, S. / Arbing, M.A. / Reed, R.W. / Evans, T.J. / Zenkeviciute, G. / Kim, J. / Kahng, S. / Sawaya, M.R. / Chaton, C.T. / Wilmanns, M. / Eisenberg, D. / Parret, A.H.A. / Korotkov, K.V.
履歴
登録2014年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ESPG3
B: ESPG3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7342
ポリマ－63,7342
非ポリマー00
水25214
1
A: ESPG3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8671
ポリマ－31,8671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ESPG3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8671
ポリマ－31,8671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.679, 92.679, 158.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 ESPG3


分子量: 31866.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_0622, MSMEI_0606 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: A0QQ45
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.04 %
結晶化温度: 295 K / pH: 6
詳細: 0.1M SODIUM CACODYLATE, PH 6.0, 15% PEG200, 5% PEG3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→46.34 Å / Num. obs: 36408 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 67.77 Å2 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.84 Å / 冗長度: 11.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 138.9 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4L4W

4l4w


解像度: 2.7→46.34 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.16 / 位相誤差: 29.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 1852 5.09 %
Rwork0.23 --
obs0.233 36397 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 100.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3709 0 0 14 3723
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033798
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7225195
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5321340
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03601
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004679
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.76930.4011440.34772621X-RAY DIFFRACTION98
2.7693-2.85080.3841230.32352690X-RAY DIFFRACTION100
2.8508-2.94280.36351390.32742646X-RAY DIFFRACTION100
2.9428-3.04790.33441510.29062662X-RAY DIFFRACTION100
3.0479-3.170.38131430.29912656X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.31420.3171730.26742618X-RAY DIFFRACTION100
3.3142-3.48890.2631570.25172668X-RAY DIFFRACTION100
3.4889-3.70740.25131600.24852660X-RAY DIFFRACTION100
3.7074-3.99350.31521490.23022628X-RAY DIFFRACTION100
3.9935-4.39510.24521480.21282671X-RAY DIFFRACTION100
4.3951-5.03040.20081090.17232673X-RAY DIFFRACTION100
5.0304-6.33520.28281550.21212654X-RAY DIFFRACTION100
6.3352-46.34630.23781010.20532698X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.76680.62921.63644.58040.21132.4392-0.2666-0.11420.53890.4740.1501-0.5696-0.56080.58030.20010.8273-0.3355-0.06010.9183-0.13230.85457.47329.407-15.092
23.3443.2586-0.75226.1599-1.18542.88660.1506-0.08340.09820.0028-0.0247-0.3004-0.44620.7298-0.11390.4785-0.10170.0480.4054-0.05230.3968-3.07313.143-19.58
37.99622.07034.05033.6137-1.07138.4616-0.0544-0.7998-0.21550.7802-0.03130.1186-0.5049-0.3137-0.08350.7630.1621-0.04010.63940.04190.6264-16.905-2.053-0.7
42.6095-0.9209-0.3893.5681-0.27223.04120.0087-0.23720.1763-0.1125-0.0366-0.0895-0.22910.20160.01980.4559-0.00080.03010.2383-0.02170.3969-14.2425.64-16.825
52.8176-0.5890.45043.5339-0.07970.8972-0.0789-0.7676-0.77480.9843-0.0783-0.19980.83770.12790.08421.99820.22810.13260.5560.22720.7616-23.30521.3743.604
62.35241.6152-1.91044.8487-2.70154.6295-0.0986-0.3406-0.17091.65490.04240.0038-0.17220.14030.09661.13070.12790.0060.4480.00120.5406-25.32936.333-1.95
75.98240.9203-2.13482.90071.82942.50450.70550.1020.65890.7410.005-1.04820.76582.2066-0.91320.86180.0691-0.25811.452-0.31291.1214-6.63348.391-9.599
83.36-0.4759-0.1294.7224-0.6022.1423-0.2-0.1855-0.23931.05560.0082-0.02030.41020.07360.07730.84580.0229-0.00180.2833-0.00510.5202-23.41636.329-11.937
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 2:64 )
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 65:151 )
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 152:180 )
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 181:265 )
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B AND RESID 2:100 )
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 101:156 )
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 157:191 )
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 192:265 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る