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万見
- PDB-4cfo: Structure of Lytic Transglycosylase MltC from Escherichia coli in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cfo
タイトルStructure of Lytic Transglycosylase MltC from Escherichia coli in complex with tetrasaccharide at 2.9 A resolution.
要素MLTC
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


lytic endotransglycosylase activity / : / peptidoglycan lytic transglycosylase activity / peptidoglycan metabolic process / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / cellular response to antibiotic / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization / cell outer membrane / cell wall macromolecule catabolic process ...lytic endotransglycosylase activity / : / peptidoglycan lytic transglycosylase activity / peptidoglycan metabolic process / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / cellular response to antibiotic / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization / cell outer membrane / cell wall macromolecule catabolic process / outer membrane-bounded periplasmic space / cellular response to oxidative stress / cell division
類似検索 - 分子機能
Murein transglycosylase-C / Murein transglycosylase-C, N-terminal / Membrane-bound lytic murein transglycosylase C, N-terminal domain / Prokaryotic transglycosylase, active site / Prokaryotic transglycosylases signature. / Transglycosylase SLT domain 1 / Transglycosylase SLT domain / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Murein transglycosylase-C / Murein transglycosylase-C, N-terminal / Membrane-bound lytic murein transglycosylase C, N-terminal domain / Prokaryotic transglycosylase, active site / Prokaryotic transglycosylases signature. / Transglycosylase SLT domain 1 / Transglycosylase SLT domain / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane-bound lytic murein transglycosylase C / Membrane-bound lytic murein transglycosylase C
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Artola-Recolons, C. / Bernardo-Garcia, N. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure and Cell Wall Cleavage by Modular Lytic Transglycosylase Mltc of Escherichia Coli.
著者: Artola-Recolons, C. / Lee, M. / Bernardo-Garcia, N. / Blazquez, B. / Hesek, D. / Bartual, S.G. / Mahasenan, K.V. / Lastochkin, E. / Pi, H. / Boggess, B. / Meindl, K. / Uson, I. / Fisher, J.F. ...著者: Artola-Recolons, C. / Lee, M. / Bernardo-Garcia, N. / Blazquez, B. / Hesek, D. / Bartual, S.G. / Mahasenan, K.V. / Lastochkin, E. / Pi, H. / Boggess, B. / Meindl, K. / Uson, I. / Fisher, J.F. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A.
履歴
登録2013年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MLTC
B: MLTC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4924
ポリマ－76,5182
非ポリマー1,9742
水73941
1
A: MLTC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2462
ポリマ－38,2591
非ポリマー9871
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: MLTC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2462
ポリマ－38,2591
非ポリマー9871
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.206, 112.814, 61.571
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MLTC


分子量: 38259.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: C5A0N2, UniProt: P0C066*PLUS
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-3-O-[(2R)-1-amino-1-oxopropan-2-yl]-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-3-O-[(2R)-1-amino-1-oxopropan-2-yl]-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-methyl 2-acetamido-3-O-[(2R)-1-amino-1-oxopropan-2-yl]-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 986.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_1*OC_2*NCC/3=O_3*OC^RCN/4=O/3C][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O_3*OC^RCN/4=O/3C]/1-2-3-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3N1O1>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3N1O1>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 8

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.13 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 18% PEG 3350, 0.2M TRI-AMMONIUM CITRATE PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97948
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→45.03 Å / Num. obs: 18455 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACモデル構築
SCALAデータスケーリング
iMOSFLM位相決定
SCALA位相決定
MOLREP位相決定
REFMAC位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4C5F

4c5f


解像度: 2.9→14.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.837 / SU B: 47.622 / SU ML: 0.399 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.492 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26949 741 5 %RANDOM
Rwork0.19242 ---
obs0.19643 14033 98.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.24 Å20 Å2-3.53 Å2
2---1.06 Å20 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→14.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5154 0 136 41 5331
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0195398
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025122
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5091.9767326
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81311718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1825652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.99323.333252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.03215886
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7561546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2838
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026088
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021290
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1731.6132614
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1721.6132613
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0972.4133264
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0391.6692784
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.425 46 -
Rwork0.278 1009 -
obs--99.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.39660.40090.13161.1454-0.31940.3254-0.0057-0.0229-0.0086-0.06530.0102-0.00220.0067-0.0138-0.00440.1853-0.0010.03160.21220.02440.160820.7948-0.192924.9126
20.5140.00140.65650.80970.21240.9536-0.1189-0.01290.1783-0.055-0.1830.0503-0.1036-0.08740.3020.2171-0.0215-0.06550.195-0.02910.18643.966235.65653.9684
30.0907-0.0417-0.0560.2528-0.01440.06830.03980.0071-0.07470.0247-0.10240.1061-0.05840.04260.06260.1377-0.00210.02440.32260.01190.169510.709911.912317.232
43.3653-0.70463.71313.1164-0.2954.17730.30330.03190.2314-0.1098-0.5307-0.19020.3561-0.03270.22740.1001-0.00920.10320.42470.05710.122117.085418.11510.5629
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A33 - 359
2X-RAY DIFFRACTION2B33 - 359
3X-RAY DIFFRACTION3A2001 - 2020
4X-RAY DIFFRACTION3B2001 - 2021
5X-RAY DIFFRACTION4A1360 - 1363
6X-RAY DIFFRACTION4B1360 - 1363

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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