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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ha8 | ||||||
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タイトル | THE COMPLEX STRUCTURE OF THE MAP KINASE P38/Compound 14b | ||||||
要素 | Mitogen-activated protein kinase 14MAPK14 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / INHIBITOR (酵素阻害剤) / MAP KINASE (分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ) / SERINE/ THREONINE-PROTEIN KINASE / P38 / ATP-binding / Kinase (キナーゼ) / Nucleotide-binding / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / CD163 mediating an anti-inflammatory response / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / DSCAM interactions / cartilage condensation ...positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / CD163 mediating an anti-inflammatory response / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / DSCAM interactions / cartilage condensation / cellular response to UV-B / Platelet sensitization by LDL / stress-activated protein kinase signaling cascade / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of myoblast fusion / positive regulation of muscle cell differentiation / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / Myogenesis / glucose import / Activation of the AP-1 family of transcription factors / ERK/MAPK targets / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / p38MAPK cascade / Β酸化 / cellular response to lipoteichoic acid / MAP kinase kinase activity / response to dietary excess / response to muramyl dipeptide / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / regulation of ossification / MAP kinase activity / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of myoblast differentiation / chondrocyte differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / signal transduction in response to DNA damage / skeletal muscle tissue development / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / p38MAPK events / striated muscle cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of interleukin-12 production / osteoclast differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / placenta development / DNA damage checkpoint signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / cellular response to ionizing radiation / 細胞分化 / positive regulation of glucose import / response to insulin / NOD1/2 Signaling Pathway / 骨 / cell morphogenesis / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / 凝固・線溶系 / cellular response to virus / osteoblast differentiation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / 紡錘体 / positive regulation of protein import into nucleus / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / glucose metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / 走化性 / 細胞老化 / cellular response to tumor necrosis factor / peptidyl-serine phosphorylation / protein phosphatase binding / 血管新生 / secretory granule lumen / Oxidative Stress Induced Senescence / cellular response to lipopolysaccharide / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / ficolin-1-rich granule lumen / transcription by RNA polymerase II / cell surface receptor signaling pathway / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / apoptotic process / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / extracellular region / 核質 / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, B. / Clark, M.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2009 タイトル: Design, synthesis and selection of DNA-encoded small-molecule libraries. 著者: Clark, M.A. / Acharya, R.A. / Arico-Muendel, C.C. / Belyanskaya, S.L. / Benjamin, D.R. / Carlson, N.R. / Centrella, P.A. / Chiu, C.H. / Creaser, S.P. / Cuozzo, J.W. / Davie, C.P. / Ding, Y. / ...著者: Clark, M.A. / Acharya, R.A. / Arico-Muendel, C.C. / Belyanskaya, S.L. / Benjamin, D.R. / Carlson, N.R. / Centrella, P.A. / Chiu, C.H. / Creaser, S.P. / Cuozzo, J.W. / Davie, C.P. / Ding, Y. / Franklin, G.J. / Franzen, K.D. / Gefter, M.L. / Hale, S.P. / Hansen, N.J. / Israel, D.I. / Jiang, J. / Kavarana, M.J. / Kelley, M.S. / Kollmann, C.S. / Li, F. / Lind, K. / Mataruse, S. / Medeiros, P.F. / Messer, J.A. / Myers, P. / O'Keefe, H. / Oliff, M.C. / Rise, C.E. / Satz, A.L. / Skinner, S.R. / Svendsen, J.L. / Tang, L. / van Vloten, K. / Wagner, R.W. / Yao, G. / Zhao, B. / Morgan, B.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ha8.cif.gz | 85.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ha8.ent.gz | 62.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ha8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/3ha8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/3ha8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43383.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSBP, CSBP1, CSBP2, CSPB1, MAPK14, MXI2, P38 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: Q16539, 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-5JZ / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.78 % |
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID |
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検出器 | 日付: 2008年2月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.48→50 Å / Num. obs: 17710 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 2 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1BMK 解像度: 2.48→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 20.313 / SU ML: 0.21 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.451 / ESU R Free: 0.274 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.544 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.48→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.48→2.546 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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