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- PDB-5qin: TGF-BETA RECEPTOR TYPE 2 KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH N- {4-[3-(... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5qin
タイトルTGF-BETA RECEPTOR TYPE 2 KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH N- {4-[3-(6-METHOXYPYRIDIN-3-YL)-1H-PYRROLO[3,2-B]PYRIDIN-2- YL]PYRIDIN-2-YL}ACETAMIDE
要素TGF-beta receptor type-2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / KINASE DOMAIN / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of tolerance induction to self antigen / positive regulation of B cell tolerance induction / inferior endocardial cushion morphogenesis / transforming growth factor beta receptor activity, type II / bronchus morphogenesis / mammary gland morphogenesis / lens fiber cell apoptotic process / growth plate cartilage chondrocyte growth / tricuspid valve morphogenesis / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer ...positive regulation of tolerance induction to self antigen / positive regulation of B cell tolerance induction / inferior endocardial cushion morphogenesis / transforming growth factor beta receptor activity, type II / bronchus morphogenesis / mammary gland morphogenesis / lens fiber cell apoptotic process / growth plate cartilage chondrocyte growth / tricuspid valve morphogenesis / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / activin receptor activity / miRNA transport / type III transforming growth factor beta receptor binding / transforming growth factor beta ligand-receptor complex / Langerhans cell differentiation / aorta morphogenesis / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / transforming growth factor beta receptor activity / secondary palate development / cardiac left ventricle morphogenesis / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / endocardial cushion fusion / positive regulation of T cell tolerance induction / membranous septum morphogenesis / lung lobe morphogenesis / positive regulation of NK T cell differentiation / regulation of stem cell proliferation / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / activin binding / myeloid dendritic cell differentiation / type I transforming growth factor beta receptor binding / outflow tract septum morphogenesis / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / SMAD protein signal transduction / regulation of stem cell differentiation / kinase activator activity / glycosaminoglycan binding / transforming growth factor beta binding / response to cholesterol / embryonic cranial skeleton morphogenesis / aortic valve morphogenesis / lens development in camera-type eye / atrioventricular valve morphogenesis / embryonic hemopoiesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / artery morphogenesis / trachea formation / branching involved in blood vessel morphogenesis / smoothened signaling pathway / ventricular septum morphogenesis / activation of protein kinase activity / roof of mouth development / positive regulation of epithelial cell migration / blood vessel development / heart looping / outflow tract morphogenesis / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / SMAD binding / positive regulation of SMAD protein signal transduction / epithelial to mesenchymal transition / vasculogenesis / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / gastrulation / Notch signaling pathway / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / caveola / brain development / cellular response to growth factor stimulus / positive regulation of angiogenesis / UCH proteinases / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / heart development / regulation of cell population proliferation / regulation of gene expression / in utero embryonic development / molecular adaptor activity / receptor complex / response to xenobiotic stimulus / membrane raft / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / extracellular space / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Transforming growth factor-beta receptor, type II / Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Transforming growth factor-beta receptor, type II / Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J2V / TGF-beta receptor type-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Sheriff, S.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2018
タイトル: Discovery of 4-Azaindole Inhibitors of TGF beta RI as Immuno-oncology Agents.
著者: Zhang, Y. / Zhao, Y. / Tebben, A.J. / Sheriff, S. / Ruzanov, M. / Fereshteh, M.P. / Fan, Y. / Lippy, J. / Swanson, J. / Ho, C.P. / Wautlet, B.S. / Rose, A. / Parrish, K. / Yang, Z. / Donnell, ...著者: Zhang, Y. / Zhao, Y. / Tebben, A.J. / Sheriff, S. / Ruzanov, M. / Fereshteh, M.P. / Fan, Y. / Lippy, J. / Swanson, J. / Ho, C.P. / Wautlet, B.S. / Rose, A. / Parrish, K. / Yang, Z. / Donnell, A.F. / Zhang, L. / Fink, B.E. / Vite, G.D. / Augustine-Rauch, K. / Fargnoli, J. / Borzilleri, R.M.
履歴
登録2018年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22021年5月12日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_deposit_group / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _pdbx_deposit_group.group_type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._pdbx_deposit_group.group_type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TGF-beta receptor type-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3164
ポリマ－35,8411
非ポリマー4763
水3,927218
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.450, 75.110, 75.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TGF-beta receptor type-2 / TGFR-2 / TGF-beta type II receptor / Transforming growth factor-beta receptor type II / TbetaR-II


分子量: 35840.680 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 237-549 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFBR2 / プラスミド: PFASTBAC1
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P37173, receptor protein serine/threonine kinase
#2: 化合物 ChemComp-J2V / N-{4-[3-(6-methoxypyridin-3-yl)-1H-pyrrolo[3,2-b]pyridin-2-yl]pyridin-2-yl}acetamide


分子量: 359.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H17N5O2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.52 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 23%(w/v) PEG3350, 3%(v/v) glcyerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→40.99 Å / Num. obs: 51988 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 26.51 Å2 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 1.57→1.76 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.387 / Rejects: 0 / % possible all: 99.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AMoRE位相決定
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TZM

3tzm


解像度: 1.57→40.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9613 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9576 / SU R Cruickshank DPI: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.075 / SU Rfree Blow DPI: 0.072 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.071
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2026 2530 4.92 %RANDOM
Rwork0.1869 ---
obs0.1877 51413 99.69 %-
原子変位パラメータBiso max: 142.61 Å2 / Biso mean: 30.22 Å2 / Biso min: 14.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.7085 Å20 Å20 Å2
2---0.1103 Å20 Å2
3---2.8188 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.183 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.57→40.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2275 0 34 218 2527
Biso mean--24.56 38.87 -
残基数----295
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d806SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes50HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes387HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2392HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion312SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2928SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2392HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3262HARMONIC21.03
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.76
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.94
LS精密化 シェル解像度: 1.57→1.61 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 189 5.14 %
Rwork0.2131 3487 -
all0.2158 3676 -
obs--99.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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