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万見
- PDB-3mnp: Crystal structure of the agonist form of mouse glucocorticoid rec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mnp
タイトルCrystal structure of the agonist form of mouse glucocorticoid receptor stabilized by (A611V, V708A, E711G) mutations at 1.50A
要素
  • Glucocorticoid receptor
  • Nuclear receptor coactivator 2 peptide
キーワードHORMONE RECEPTOR / protein-ligand complex / steroid nuclear receptor / mouse GR / agonist / co-activator
機能・相同性
機能・相同性情報


Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / SUMOylation of intracellular receptors / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts / Nuclear Receptor transcription pathway / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / negative regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Endogenous sterols ...Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / SUMOylation of intracellular receptors / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts / Nuclear Receptor transcription pathway / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / negative regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Endogenous sterols / HATs acetylate histones / nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / response to cortisol / steroid hormone binding / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 / glucocorticoid metabolic process / neuroinflammatory response / Estrogen-dependent gene expression / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation / astrocyte differentiation / maternal behavior / motor behavior / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of gluconeogenesis / adrenal gland development / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of lipid metabolic process / regulation of glucose metabolic process / core promoter sequence-specific DNA binding / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of adipose tissue development / steroid binding / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / TBP-class protein binding / regulation of cellular response to insulin stimulus / cellular response to dexamethasone stimulus / response to progesterone / nuclear receptor binding / synaptic transmission, glutamatergic / promoter-specific chromatin binding / Hsp90 protein binding / circadian regulation of gene expression / mRNA transcription by RNA polymerase II / positive regulation of miRNA transcription / response to wounding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / spindle / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / circadian rhythm / positive regulation of neuron apoptotic process / chromatin organization / chromosome / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / gene expression / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / protein dimerization activity / nuclear speck / nuclear body / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / signaling receptor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / synapse / centrosome / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator ...Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / : / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DEXAMETHASONE / THIOCYANATE ION / Glucocorticoid receptor / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Schoch, G.A. / Seitz, T. / Benz, J. / Banner, D. / Stihle, M. / D'Arcy, B. / Thoma, R. / Sterner, R. / Hennig, M. / Ruf, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Enhancing the stability and solubility of the glucocorticoid receptor ligand-binding domain by high-throughput library screening.
著者: Seitz, T. / Thoma, R. / Schoch, G.A. / Stihle, M. / Benz, J. / D'Arcy, B. / Wiget, A. / Ruf, A. / Hennig, M. / Sterner, R.
履歴
登録2010年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucocorticoid receptor
B: Nuclear receptor coactivator 2 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3717
ポリマ－31,6782
非ポリマー6935
水6,792377
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area13360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.089, 72.089, 128.827
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glucocorticoid receptor / GR / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 1


分子量: 30084.127 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 527-783 / 変異: A611V, V708A, E711G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nr3c1, Grl, Grl1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06537
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 peptide / NCoA-2 / Transcriptional intermediary factor 2 / Glucocorticoid receptor-interacting protein 1 / GRIP-1


分子量: 1593.844 Da / 分子数: 1 / 断片: TIF2 coactivator motif, residues 740-752 / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence occurs naturally in Mus musculus (mouse)
参照: UniProt: Q61026

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非ポリマー , 4種, 382分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-DEX / DEXAMETHASONE / 9A-FLUORO-16BETA-METHYLPREDNISOLONE / デキサメタゾン


分子量: 392.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H29FO5 / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.04 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.1 M sodium thiocyanate, 9 % PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器日付: 2009年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→35.4 Å / Num. all: 55503 / Num. obs: 55503 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 4.05 % / Biso Wilson estimate: 19.85 Å2 / Rsym value: 0.03 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 1.56 % / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / Num. unique all: 7048 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 66.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
BUSTER-TNT2.5.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MNO

3mno


解像度: 1.5→35.38 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2014 2822 5.09 %RANDOM
Rwork0.1835 ---
obs0.1844 55480 91.55 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.99350014 Å20 Å20 Å2
2---3.99350014 Å20 Å2
3---7.98700027 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2072 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→35.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2154 0 46 377 2577
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01123012
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.13131152
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d15.4554630
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.013542
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0173265
X-RAY DIFFRACTIONt_it1.725230120
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.038255
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4177 325 5.12 %
Rwork0.4212 6022 -
all0.421 6347 -
obs--91.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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