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Yorodumi- PDB-5or7: Atomic structure of the murine norovirus protruding domain and sC... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5or7 | ||||||
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Title | Atomic structure of the murine norovirus protruding domain and sCD300lf receptor complex | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / CR10 / sCD300lf / complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information interleukin-13-mediated signaling pathway / negative regulation of MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of apoptotic cell clearance / interleukin-4 receptor binding / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of mast cell activation / ceramide binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / phosphatidylserine binding ...interleukin-13-mediated signaling pathway / negative regulation of MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of apoptotic cell clearance / interleukin-4 receptor binding / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of mast cell activation / ceramide binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / phosphatidylserine binding / osteoclast differentiation / virus receptor activity / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Murine norovirus GV/CR10/2005/USA Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.046 Å | ||||||
Authors | Kilic, T. / Hansman, G.S. | ||||||
Citation | Journal: J. Virol. / Year: 2018 Title: Atomic Structure of the Murine Norovirus Protruding Domain and Soluble CD300lf Receptor Complex. Authors: Kilic, T. / Koromyslova, A. / Malak, V. / Hansman, G.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5or7.cif.gz | 301.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5or7.ent.gz | 237.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5or7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5or7_validation.pdf.gz | 446.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5or7_full_validation.pdf.gz | 448.4 KB | Display | |
Data in XML | 5or7_validation.xml.gz | 30 KB | Display | |
Data in CIF | 5or7_validation.cif.gz | 43.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/5or7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/5or7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 58821.707 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Murine norovirus GV/CR10/2005/USA / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A7YK37 #2: Protein | | Mass: 36024.770 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Cd300lf, Clm1, Lmir3 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q6SJQ7 #3: Chemical | ChemComp-NA / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 / Details: 25% (w/v) PEG3000, 0.1 M sodium acetate (pH 4.6) |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 1.07252 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 8, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.07252 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.046→46.98 Å / Num. obs: 52389 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1085 / Net I/σ(I): 11.45 |
Reflection shell | Resolution: 2.046→2.12 Å / Redundancy: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.7051 / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / Num. unique all: 5044 / % possible all: 97.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3LQ6, 5FFL Resolution: 2.046→42.825 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.55
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.046→42.825 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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