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- PDB-3tkn: Structure of the Nup82-Nup159-Nup98 heterotrimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tkn
タイトルStructure of the Nup82-Nup159-Nup98 heterotrimer
要素
  • Nucleoporin 98
  • Nucleoporin NUP159
  • Nucleoporin NUP82
キーワードPROTEIN TRANSPORT / protein complex / oncoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / snRNP Assembly / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Transcriptional regulation by small RNAs / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of DNA replication proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript ...Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / snRNP Assembly / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Transcriptional regulation by small RNAs / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of DNA replication proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear pore linkers / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / nuclear pore localization / adenyl-nucleotide exchange factor activity / nuclear pore central transport channel / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear pore cytoplasmic filaments / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / SUMOylation of SUMOylation proteins / NLS-bearing protein import into nucleus / structural constituent of nuclear pore / SUMOylation of RNA binding proteins / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / RNA export from nucleus / SUMOylation of chromatin organization proteins / nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / ribosomal large subunit export from nucleus / mRNA transport / nuclear pore / mRNA export from nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / serine-type peptidase activity / protein export from nucleus / promoter-specific chromatin binding / protein import into nucleus / transcription corepressor activity / nuclear envelope / protein transport / nuclear membrane / transcription coactivator activity / ribonucleoprotein complex / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peptidase S59, nucleoporin / c-terminal autoproteolytic domain of nucleoporin nup98 / Nucleoporin NUP88/NUP82 / Nucleoporin Nup159/Nup146, N-terminal / NUP159/214 beta propeller / Nup98, Gle2-binding sequence / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily ...Peptidase S59, nucleoporin / c-terminal autoproteolytic domain of nucleoporin nup98 / Nucleoporin NUP88/NUP82 / Nucleoporin Nup159/Nup146, N-terminal / NUP159/214 beta propeller / Nup98, Gle2-binding sequence / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin peptidase S59-like / Nup98-96 autopeptidase S59 / NUP C-terminal domain profile. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin NUP82 / Nucleoporin NUP159 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Stuwe, T.T. / Hoelz, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Molecular basis for the anchoring of proto-oncoprotein nup98 to the cytoplasmic face of the nuclear pore complex.
著者: Stuwe, T. / Schada von Borzyskowski, L. / Davenport, A.M. / Hoelz, A.
履歴
登録2011年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references
改定 1.22012年6月6日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoporin NUP82
B: Nucleoporin NUP159
C: Nucleoporin 98
D: Nucleoporin NUP82
E: Nucleoporin NUP159
F: Nucleoporin 98
G: Nucleoporin NUP82
H: Nucleoporin NUP159
I: Nucleoporin 98


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,1289
ポリマ－219,1289
非ポリマー00
水00
1
A: Nucleoporin NUP82
B: Nucleoporin NUP159
C: Nucleoporin 98


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0433
ポリマ－73,0433
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area29130 Å2
手法PISA
2
D: Nucleoporin NUP82
E: Nucleoporin NUP159
F: Nucleoporin 98


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0433
ポリマ－73,0433
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area28470 Å2
手法PISA
3
G: Nucleoporin NUP82
H: Nucleoporin NUP159
I: Nucleoporin 98


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0433
ポリマ－73,0433
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area28590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.905, 115.849, 118.488
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Nucleoporin NUP82 / Nuclear pore protein NUP82


分子量: 51607.301 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1-452 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: HRB187, J1135, NUP82, YJL061W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: P40368
#2: タンパク質・ペプチド Nucleoporin NUP159 / Nuclear pore protein NUP159


分子量: 4319.120 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1425-1460 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NUP158, NUP159, RAT7, YIL115C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: P40477
#3: タンパク質 Nucleoporin 98


分子量: 17116.346 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 732-880 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nup98 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q6PFD9

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 18.5% PEG3350, 100 mM potassium thiocyanate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→20 Å / Num. all: 37089 / Num. obs: 34404 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.018 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.4→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2853 3437 9.3 %RANDOM
Rwork0.2492 ---
all-37089 --
obs-34404 --
溶媒の処理Bsol: 33.0094 Å2
原子変位パラメータBiso max: 199.47 Å2 / Biso mean: 113.9914 Å2 / Biso min: 58.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.314 Å20 Å21.099 Å2
2---5.626 Å20 Å2
3---8.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15021 0 0 0 15021
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.261.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.1642
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3132
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.9992.5
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: CNS_TOPPAR:protein_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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