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- PDB-5opy: Crystal structure of anti-alphaVbeta3 integrin Fab LM609 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5opy
タイトルCrystal structure of anti-alphaVbeta3 integrin Fab LM609
要素
  • Heavy chain of LM609 Fab (antigen-binding fragment)
  • Light chain of LM609 Fab (antigen-binding fragment)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antigen-binding fragment / Fab / LM609
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Backovic, M. / Veesler, D. / Borst, A.J. / James, Z.M. / Zagotta, W. / Ginsberg, M. / Rey, F.A. / DiMaio, F.
資金援助 フランス, 米国, 3件
組織認可番号国
Institut PasteurRecurrent funding フランス
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM120553 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008268 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: The Therapeutic Antibody LM609 Selectively Inhibits Ligand Binding to Human αβ Integrin via Steric Hindrance.
著者: Andrew J Borst / Zachary M James / William N Zagotta / Mark Ginsberg / Felix A Rey / Frank DiMaio / Marija Backovic / David Veesler /
要旨: The LM609 antibody specifically recognizes αβ integrin and inhibits angiogenesis, bone resorption, and viral infections in an arginine-glycine-aspartate-independent manner. LM609 entered phase II ...The LM609 antibody specifically recognizes αβ integrin and inhibits angiogenesis, bone resorption, and viral infections in an arginine-glycine-aspartate-independent manner. LM609 entered phase II clinical trials for the treatment of several cancers and was also used for αβ-targeted radioimmunotherapy. To elucidate the mechanisms of recognition and inhibition of αβ integrin, we solved the structure of the LM609 antigen-binding fragment by X-ray crystallography and determined its binding affinity for αβ. Using single-particle electron microscopy, we show that LM609 binds at the interface between the β-propeller domain of the α chain and the βI domain of the β chain, near the RGD-binding site, of all observed integrin conformational states. Integrating these data with fluorescence size-exclusion chromatography, we demonstrate that LM609 sterically hinders access of large ligands to the RGD-binding pocket, without obstructing it. This work provides a structural framework to expedite future efforts utilizing LM609 as a diagnostic or therapeutic tool.
履歴
登録2017年8月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy chain of LM609 Fab (antigen-binding fragment)
L: Light chain of LM609 Fab (antigen-binding fragment)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8522
ポリマ－50,8522
非ポリマー00
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.810, 82.350, 92.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: 抗体 Heavy chain of LM609 Fab (antigen-binding fragment)


分子量: 27223.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: Hybrydoma / 細胞株 (発現宿主): Schneider S2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#2: 抗体 Light chain of LM609 Fab (antigen-binding fragment)


分子量: 23628.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: Hybrydoma / 細胞株 (発現宿主): Schneider S2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.48 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 30% PEG 4,000 and 0.2M CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→45.16 Å / Num. obs: 19133 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 39.82 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.26→2.36 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 9085 / CC1/2: 0.759 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ADG

2adg


解像度: 2.26→45.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9313 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8944 / SU R Cruickshank DPI: 0.383 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.425 / SU Rfree Blow DPI: 0.247 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.244
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 954 5 %RANDOM
Rwork0.2126 ---
obs0.2147 19063 99.79 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.1155 Å20 Å20 Å2
2---2.2473 Å20 Å2
3----0.8682 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.324 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.26→45.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3255 0 0 169 3424
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013339HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.254546HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1098SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes68HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes487HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3339HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.32
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.89
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion447SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3798SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.38 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2922 136 4.99 %
Rwork0.2666 2589 -
all0.268 2725 -
obs--99.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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