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- PDB-6avr: Human alpha-V beta-3 Integrin (intermediate conformation) in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6avr
タイトルHuman alpha-V beta-3 Integrin (intermediate conformation) in complex with the therapeutic antibody LM609
要素
  • Fab LM609 heavy chain
  • Fab LM609 light chain
  • Integrin alpha-V
  • Integrin beta-3
キーワードSIGNALING PROTEIN / alpha-V beta-3 integrin / LM609 / vitaxin / abegrin
機能・相同性
機能・相同性情報


integrin alphav-beta8 complex / integrin alphav-beta6 complex / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / opsonin binding / integrin alphav-beta1 complex / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / extracellular matrix protein binding / tube development ...integrin alphav-beta8 complex / integrin alphav-beta6 complex / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / opsonin binding / integrin alphav-beta1 complex / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / extracellular matrix protein binding / tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / integrin alphaIIb-beta3 complex / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / maintenance of postsynaptic specialization structure / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / Laminin interactions / platelet alpha granule membrane / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / fibrinogen binding / blood coagulation, fibrin clot formation / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / negative regulation of lipid transport / regulation of phagocytosis / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Elastic fibre formation / mesodermal cell differentiation / cell-substrate junction assembly / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / positive regulation of bone resorption / glycinergic synapse / platelet-derived growth factor receptor binding / transforming growth factor beta binding / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / filopodium membrane / extracellular matrix binding / angiogenesis involved in wound healing / wound healing, spreading of epidermal cells / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / regulation of bone resorption / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / apoptotic cell clearance / positive regulation of fibroblast migration / integrin complex / positive regulation of smooth muscle cell migration / heterotypic cell-cell adhesion / smooth muscle cell migration / Molecules associated with elastic fibres / cell adhesion mediated by integrin / negative chemotaxis / positive regulation of cell-matrix adhesion / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / Syndecan interactions / positive regulation of osteoblast proliferation / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / protein disulfide isomerase activity / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / microvillus membrane / cell-substrate adhesion / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / endodermal cell differentiation / PECAM1 interactions / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / fibronectin binding / positive regulation of intracellular signal transduction / lamellipodium membrane / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of T cell migration / vasculogenesis / specific granule membrane / voltage-gated calcium channel activity / coreceptor activity / cell adhesion molecule binding / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / phagocytic vesicle / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of endothelial cell proliferation / Integrin signaling / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / substrate adhesion-dependent cell spreading
類似検索 - 分子機能
Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta tail domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail ...Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta tail domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin beta-3 / Integrin alpha-V
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 35 Å
データ登録者Borst, A.J. / James, Z.N. / Zagotta, W.N. / Ginsberg, M. / Rey, F.A. / DiMaio, F. / Backovic, M. / Veesler, D.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: The Therapeutic Antibody LM609 Selectively Inhibits Ligand Binding to Human αβ Integrin via Steric Hindrance.
著者: Andrew J Borst / Zachary M James / William N Zagotta / Mark Ginsberg / Felix A Rey / Frank DiMaio / Marija Backovic / David Veesler /
要旨: The LM609 antibody specifically recognizes αβ integrin and inhibits angiogenesis, bone resorption, and viral infections in an arginine-glycine-aspartate-independent manner. LM609 entered phase II ...The LM609 antibody specifically recognizes αβ integrin and inhibits angiogenesis, bone resorption, and viral infections in an arginine-glycine-aspartate-independent manner. LM609 entered phase II clinical trials for the treatment of several cancers and was also used for αβ-targeted radioimmunotherapy. To elucidate the mechanisms of recognition and inhibition of αβ integrin, we solved the structure of the LM609 antigen-binding fragment by X-ray crystallography and determined its binding affinity for αβ. Using single-particle electron microscopy, we show that LM609 binds at the interface between the β-propeller domain of the α chain and the βI domain of the β chain, near the RGD-binding site, of all observed integrin conformational states. Integrating these data with fluorescence size-exclusion chromatography, we demonstrate that LM609 sterically hinders access of large ligands to the RGD-binding pocket, without obstructing it. This work provides a structural framework to expedite future efforts utilizing LM609 as a diagnostic or therapeutic tool.
履歴
登録2017年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.name
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-V
B: Integrin beta-3
H: Fab LM609 heavy chain
L: Fab LM609 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,2694
ポリマ－233,2694
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Integrin alpha-V / Vitronectin receptor / Vitronectin receptor subunit alpha


分子量: 105894.188 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 31-987 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAV, MSK8, VNRA, VTNR
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P06756
#2: タンパク質 Integrin beta-3 / Platelet membrane glycoprotein IIIa / GPIIIa


分子量: 76523.125 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-718 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB3, GP3A
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P05106
#3: 抗体 Fab LM609 heavy chain


分子量: 27223.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#4: 抗体 Fab LM609 light chain


分子量: 23628.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Quaternary complex of human alpha-V beta-3 integrin with the Fab LM609
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.23 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO
染色タイプ: NEGATIVE / 染色剤: Uranyl formate
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat 2/0.5

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TECNAI 12
電子銃電子線源: LAB6 / 加速電圧: 120 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
13Rosettaモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 650 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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