+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5opn | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of R39Q cN-II mutant | ||||||
Components | Cytosolic purine 5'-nucleotidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / nucleotidase / relapsed leukemia | ||||||
Function / homology | Function and homology information nucleoside phosphotransferase / nucleoside phosphotransferase activity / dGMP metabolic process / GMP metabolic process / Abacavir metabolism / negative regulation of defense response to virus by host / GMP 5'-nucleotidase activity / adenosine metabolic process / IMP-specific 5'-nucleotidase / IMP 5'-nucleotidase activity ...nucleoside phosphotransferase / nucleoside phosphotransferase activity / dGMP metabolic process / GMP metabolic process / Abacavir metabolism / negative regulation of defense response to virus by host / GMP 5'-nucleotidase activity / adenosine metabolic process / IMP-specific 5'-nucleotidase / IMP 5'-nucleotidase activity / Ribavirin ADME / IMP metabolic process / IMP catabolic process / Purine catabolism / allantoin metabolic process / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / protein K48-linked ubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.77 Å | ||||||
Authors | Hnizda, A. / Pachl, P. / Rezacova, P. | ||||||
Funding support | Czech Republic, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Leukemia / Year: 2018 Title: Relapsed acute lymphoblastic leukemia-specific mutations in NT5C2 cluster into hotspots driving intersubunit stimulation. Authors: Hnizda, A. / Fabry, M. / Moriyama, T. / Pachl, P. / Kugler, M. / Brinsa, V. / Ascher, D.B. / Carroll, W.L. / Novak, P. / Zaliova, M. / Trka, J. / Rezacova, P. / Yang, J.J. / Veverka, V. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5opn.cif.gz | 212.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5opn.ent.gz | 169.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5opn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5opn_validation.pdf.gz | 438.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5opn_full_validation.pdf.gz | 442.5 KB | Display | |
Data in XML | 5opn_validation.xml.gz | 21 KB | Display | |
Data in CIF | 5opn_validation.cif.gz | 30.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/5opn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/5opn | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5opkC 5oplC 5opmC 5opoC 5oppC 5k7yS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 55295.188 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: NT5C2, NT5B, NT5CP, PNT5 / Plasmid: pET28 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): RIL / References: UniProt: P49902, 5'-nucleotidase | ||
---|---|---|---|
#2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.42 Å3/Da / Density % sol: 64.06 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 0.1 M MES/imidazole pH 6.5; 0.02 M of each carboxylic acid; 10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550 G1 Morpheus condition |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.918409 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 21, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.918409 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.766→48.45 Å / Num. obs: 73833 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 30.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 16.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.77→1.87 Å / Redundancy: 3.81 % / Rmerge(I) obs: 0.612 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / Num. unique obs: 11758 / CC1/2: 0.719 / Rrim(I) all: 0.71 / % possible all: 98.9 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5K7Y Resolution: 1.77→48.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.087 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 97.37 Å2 / Biso mean: 30.749 Å2 / Biso min: 16.08 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.77→48.45 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.766→1.812 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|