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- PDB-5k7y: Crystal structure of enzyme in purine metabolism -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k7y
タイトルCrystal structure of enzyme in purine metabolism
要素Cytosolic purine 5'-nucleotidase
キーワードHYDROLASE / enzyme / purine
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside phosphotransferase / GMP catabolic process to guanine / nucleoside phosphotransferase activity / GMP metabolic process / : / Abacavir metabolism / dGMP metabolic process / negative regulation of defense response to virus by host / dGMP catabolic process / adenosine metabolic process ...nucleoside phosphotransferase / GMP catabolic process to guanine / nucleoside phosphotransferase activity / GMP metabolic process / : / Abacavir metabolism / dGMP metabolic process / negative regulation of defense response to virus by host / dGMP catabolic process / adenosine metabolic process / : / amide catabolic process / IMP-specific 5'-nucleotidase / : / IMP catabolic process / Ribavirin ADME / IMP metabolic process / Purine catabolism / 5'-nucleotidase / allantoin metabolic process / 5'-nucleotidase activity / protein K48-linked ubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HAD-superfamily hydrolase, subfamily IG, 5'-nucleotidase / Purine 5'-nucleotidase / 5' nucleotidase family / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytosolic purine 5'-nucleotidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Skerlova, J. / Hnizda, A. / Pachl, P. / Rezacova, P.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Czech Science Foundation15-06582S チェコ
引用ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2016
タイトル: Oligomeric interface modulation causes misregulation of purine 5 -nucleotidase in relapsed leukemia.
著者: Hnizda, A. / Skerlova, J. / Fabry, M. / Pachl, P. / Sinalova, M. / Vrzal, L. / Man, P. / Novak, P. / Rezacova, P. / Veverka, V.
履歴
登録2016年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7058
ポリマ－64,0601
非ポリマー6457
水6,125340
1
A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子

A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子

A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子

A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,81832
ポリマ－256,2394
非ポリマー2,57928
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area20520 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area75500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.519, 126.541, 130.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Cytosolic purine 5'-nucleotidase / Cytosolic 5'-nucleotidase II


分子量: 64059.867 Da / 分子数: 1 / 変異: R367Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5C2, NT5B, NT5CP, PNT5 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: P49902, 5'-nucleotidase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES/imidazol containing 200 mM NaCl, 30 % glycerol and 10 % PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.738→48.948 Å / Num. obs: 76477 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 36.3 Å2 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 1.738→1.747 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rrim(I) all: 0.707 / % possible all: 89.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.417
最高解像度最低解像度
Rotation48.95 Å3 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREP11.1.03位相決定
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2J2C

2j2c


解像度: 1.79→48.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 4.278 / SU ML: 0.066 / SU R Cruickshank DPI: 0.0924 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.09
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1924 3555 5 %RANDOM
Rwork0.1706 ---
obs0.1717 67541 99.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 110.43 Å2 / Biso mean: 33.887 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.48 Å2-0 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.79→48.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3843 0 42 344 4229
Biso mean--49.32 39.9 -
残基数----472
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0194189
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.023968
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4721.9675683
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94339182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9065531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.07123.119202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.71415746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.881529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2607
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024710
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.851.6221960
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8421.6221959
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3982.4282462
LS精密化 シェル解像度: 1.788→1.835 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 241 -
Rwork0.346 4594 -
all-4835 -
obs--92.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.76316.2388-0.77775.9958-0.98821.07370.0977-0.0589-0.5151-0.0441-0.0488-0.2630.22880.0042-0.04880.30810.0221-0.02380.3189-0.01530.3508-8.961-41.815-28.2
27.021-0.2421.19840.4468-1.19663.28990.18330.2439-0.6788-0.22530.03430.0940.6118-0.0545-0.21760.1818-0.0749-0.0530.195-0.01310.2619-12.206-38.724-13.633
31.73730.36570.06430.4622-0.12410.7724-0.03940.04270.0938-0.08540.0236-0.04760.02460.08260.01590.02060.00230.01710.0995-0.01210.029210.479-19.975-22.697
45.57530.24540.83175.7232-2.3686.5332-0.0048-0.4133-0.25590.3787-0.0425-0.16720.13630.27510.04720.1156-0.03370.00140.1782-0.01840.047919.131-20.279-5.785
54.49661.4360.73952.770.0722.2913-0.09450.18680.2913-0.06260.0078-0.2384-0.09640.18480.08680.02060.01340.00540.07430.02560.072119.425-14.443-21.701
64.84092.32462.58022.611.43382.178-0.21610.2030.4832-0.1410.03550.2052-0.1997-0.00010.18050.04370.01960.01830.14620.0290.10076.134-12.403-27.92
79.3581-1.8838-7.38182.63593.096810.56620.1867-0.0333-0.2281-0.256-0.10250.23820.1364-0.2784-0.08430.1339-0.0463-0.06510.11370.01150.0678-20.386-31.881-25.181
82.39540.50280.71281.46121.46032.87620.02370.05730.0244-0.07360.04960.0355-0.0115-0.0079-0.07320.0209-0.0135-0.02850.09070.00920.0482-17.32-21.778-30.35
93.0111-1.8871.99055.8176-2.07765.8206-0.10740.0540.15540.13190.07390.1502-0.58830.23290.03360.0925-0.0714-0.00180.1467-0.04850.1119-17.393-6.76-20.785
103.37292.9627-0.1734.0841-1.31464.3914-0.0311-0.30750.13320.19260.08880.5208-0.1461-0.6181-0.05770.08910.0490.01340.2709-0.01930.2598-23.898-14.093-17.693
119.3219-0.5563-2.56073.36440.43167.64640.2883-0.55520.72290.270.02890.0811-0.25720.0974-0.31710.075-0.02290.01460.1447-0.03010.0776-12.085-24.257-12.057
123.7742-1.13020.01552.4499-0.45022.3164-0.0361-0.2172-0.3247-0.0212-0.0067-0.39780.49780.26750.04290.1529-0.0075-0.01020.18410.03180.14873.832-36.189-11.887
133.30660.9032-1.94542.71610.19884.4624-0.1186-0.5435-0.68010.0097-0.063-0.67150.61880.81630.18160.12540.11120.02160.27670.0790.255315.814-36.542-12.027
143.72790.15081.24162.2506-0.52695.15550.0759-0.0301-0.1444-0.1980.04190.24340.4721-0.2795-0.11770.0787-0.0139-0.03160.09790.01120.0355-10.462-35.251-14.848
153.92741.27997.04970.50022.144713.33070.25330.148-0.15610.01950.03930.03010.64410.0469-0.29250.2341-0.0088-0.0790.2005-0.03910.2081-5.194-40.6734.515
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2A28 - 47
3X-RAY DIFFRACTION3A48 - 127
4X-RAY DIFFRACTION4A128 - 151
5X-RAY DIFFRACTION5A152 - 188
6X-RAY DIFFRACTION6A189 - 228
7X-RAY DIFFRACTION7A229 - 244
8X-RAY DIFFRACTION8A245 - 289
9X-RAY DIFFRACTION9A290 - 319
10X-RAY DIFFRACTION10A320 - 341
11X-RAY DIFFRACTION11A342 - 357
12X-RAY DIFFRACTION12A358 - 418
13X-RAY DIFFRACTION13A419 - 452
14X-RAY DIFFRACTION14A453 - 477
15X-RAY DIFFRACTION15A478 - 488

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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