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- PDB-5opl: Crystal structure of K25E cN-II mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5opl
タイトルCrystal structure of K25E cN-II mutant
要素Cytosolic purine 5'-nucleotidase
キーワードHYDROLASE / nucleotidase / relapsed leukemia
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside phosphotransferase / GMP catabolic process to guanine / nucleoside phosphotransferase activity / dGMP metabolic process / GMP metabolic process / : / Abacavir metabolism / negative regulation of defense response to virus by host / adenosine metabolic process / dGMP catabolic process ...nucleoside phosphotransferase / GMP catabolic process to guanine / nucleoside phosphotransferase activity / dGMP metabolic process / GMP metabolic process / : / Abacavir metabolism / negative regulation of defense response to virus by host / adenosine metabolic process / dGMP catabolic process / : / amide catabolic process / IMP-specific 5'-nucleotidase / : / IMP catabolic process / Ribavirin ADME / IMP metabolic process / Purine catabolism / 5'-nucleotidase / allantoin metabolic process / 5'-nucleotidase activity / protein K48-linked ubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HAD-superfamily hydrolase, subfamily IG, 5'-nucleotidase / Purine 5'-nucleotidase / 5' nucleotidase family / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytosolic purine 5'-nucleotidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kugler, M. / Hnizda, A. / Pachl, P. / Rezacova, P.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Czech Science Foundation15-06582S チェコ
引用ジャーナル: Leukemia / 年: 2018
タイトル: Relapsed acute lymphoblastic leukemia-specific mutations in NT5C2 cluster into hotspots driving intersubunit stimulation.
著者: Hnizda, A. / Fabry, M. / Moriyama, T. / Pachl, P. / Kugler, M. / Brinsa, V. / Ascher, D.B. / Carroll, W.L. / Novak, P. / Zaliova, M. / Trka, J. / Rezacova, P. / Yang, J.J. / Veverka, V.
履歴
登録2017年8月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,94211
ポリマ－64,0891
非ポリマー85310
水6,557364
1
A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子

A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子

A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子

A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,76844
ポリマ－256,3554
非ポリマー3,41340
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area20450 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area75630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.262, 127.576, 129.988
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1003-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cytosolic purine 5'-nucleotidase / Cytosolic 5'-nucleotidase II


分子量: 64088.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5C2, NT5B, NT5CP, PNT5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49902, 5'-nucleotidase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5; 0.02 M of each carboxylic acid ; 10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol G6 Morpheus condition

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→49.05 Å / Num. obs: 66924 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 30.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 1.46 % / Rmerge(I) obs: 0.659 / Mean I/σ(I) obs: 0.84 / Num. unique obs: 7678 / CC1/2: 0.571 / Rrim(I) all: 0.916 / % possible all: 67.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→49.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.866 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2137 1674 2.5 %RANDOM
Rwork0.18989 ---
obs0.19047 65251 94.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.702 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.64 Å20 Å2-0 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→49.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3828 0 55 364 4247
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0194076
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023813
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5291.9645505
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96338792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9935491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.7623.249197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.87615697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1371526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2586
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021001
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7381.5641923
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7321.5641922
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2422.3412414
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.2422.3412415
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0061.7992152
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9981.7992152
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.6582.6083086
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.90814.3824963
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.90714.3924964
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.801→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.544 71 -
Rwork0.503 2752 -
obs--54.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.48334.4589-4.32746.59720.03166.31260.27810.17240.5315-0.0495-0.08330.0434-0.5372-0.0373-0.19480.17810.0203-0.01820.220.03750.15050.3335.863-30.632
24.94860.2811-4.936815.23834.64886.52520.1003-0.14070.12430.16710.0508-0.0795-0.08570.1565-0.15120.38350.0085-0.0020.36640.04020.38615.29546.964-25.692
36.8237-0.9396-1.08910.85651.57333.30.16460.17610.6246-0.2015-0.0356-0.1776-0.56680.1367-0.12910.1872-0.120.00630.22770.02390.234611.98538.664-13.297
41.38280.41940.07510.59620.07070.7605-0.05710.0898-0.0537-0.09720.03590.0563-0.0048-0.05950.02120.01770.0036-0.0140.11870.00740.0444-10.85320.323-22.505
55.410.9542-1.50243.92912.84938.1926-0.0066-0.11410.1240.2979-0.12710.1569-0.0807-0.28610.13380.0853-0.0055-0.00260.11950.03560.038-18.30220.168-5.507
62.98570.5685-1.00612.6233-0.06481.3906-0.06530.119-0.32790.00540.02270.15910.1683-0.01450.04250.0290.0194-0.00890.1153-0.0140.0729-17.51511.873-21.685
72.99011.7233-0.56419.8021-1.83411.8478-0.11130.2998-0.2521-0.18710.0722-0.03540.10650.02590.03910.0642-0.0080.01990.2324-0.04360.11931.07616.129-35.711
81.87570.2166-0.67860.9679-1.20662.62660.0288-0.03010.05-0.02320.0275-0.0143-0.14720.0194-0.05640.04-0.01920.03890.14240.00170.079517.39925.026-29.335
94.5479-1.7156-3.26334.90162.24936.9748-0.20850.1153-0.21620.34770.07340.13050.6977-0.48660.13510.1022-0.0510.02390.1390.02990.11614.2849.405-17.197
102.671-0.4474-0.5055.0082-0.11264.9408-0.15240.30390.0687-0.3580.0075-0.68730.30980.15280.14480.1309-0.02060.0670.16270.03230.201122.5968-23.978
113.4662-0.59560.20491.74640.04382.05-0.0222-0.16670.07670.06680.01430.2815-0.2086-0.14750.00780.0616-0.03820.03710.159-0.01210.08731.02932.206-11.62
125.31070.36461.64612.35570.71263.5319-0.0397-0.36760.5207-0.0605-0.12560.4489-0.3224-0.51240.16530.04340.0525-0.01030.1831-0.02910.1433-13.19935.361-12.336
133.21660.2262-1.15452.67741.41566.53430.09830.00420.1161-0.22590.0392-0.3192-0.62290.3799-0.13740.0712-0.0260.04030.1256-0.00310.080211.74636.343-15.769
142.06060.9091-3.91050.9914-1.15457.97930.15390.0150.015-0.0718-0.0176-0.123-0.4004-0.0559-0.13630.184-0.00380.04560.21260.03050.20595.33440.9884.596
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2A15 - 28
3X-RAY DIFFRACTION3A29 - 47
4X-RAY DIFFRACTION4A48 - 128
5X-RAY DIFFRACTION5A129 - 152
6X-RAY DIFFRACTION6A153 - 209
7X-RAY DIFFRACTION7A210 - 225
8X-RAY DIFFRACTION8A226 - 289
9X-RAY DIFFRACTION9A290 - 307
10X-RAY DIFFRACTION10A308 - 332
11X-RAY DIFFRACTION11A333 - 421
12X-RAY DIFFRACTION12A422 - 455
13X-RAY DIFFRACTION13A456 - 477
14X-RAY DIFFRACTION14A478 - 488

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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