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- PDB-5opc: Factor Inhibiting HIF (FIH) in complex with zinc and Vadadustat -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5opc
タイトルFactor Inhibiting HIF (FIH) in complex with zinc and Vadadustat
要素Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
キーワードOXIDOREDUCTASE / ON-HEME / DIOXYGENASE / OXYGENASE / DNA-BINDING / METAL-BINDING / TRANSCRIPTION / HELIX-LOOP-HELIX-BETA / DSBH / FACIAL TRIAD / ASPARAGINYL/ASPARTYL HYDROXYLASE / EPIGENETIC REGULATION / SIGNALING / ARD / BETA-HYDROXYLATION / ACTIVATOR-INHIBITOR / OXIDOREDUCTASE-PEPTIDE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / Notch binding ...hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / Notch binding / oxygen sensor activity / negative regulation of Notch signaling pathway / NF-kappaB binding / positive regulation of myoblast differentiation / ferrous iron binding / transcription corepressor activity / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Clavaminate synthase-like / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / Jelly Rolls / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / RmlC-like jelly roll fold / Helix Hairpins ...Clavaminate synthase-like / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / Jelly Rolls / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / RmlC-like jelly roll fold / Helix Hairpins / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Vadadustat / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Leissing, T.M. / Schofield, C.J. / Clifton, I.J. / Lu, X. / Zhang, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilG03706X/1 英国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2017
タイトル: Molecular and cellular mechanisms of HIF prolyl hydroxylase inhibitors in clinical trials.
著者: Yeh, T.L. / Leissing, T.M. / Abboud, M.I. / Thinnes, C.C. / Atasoylu, O. / Holt-Martyn, J.P. / Zhang, D. / Tumber, A. / Lippl, K. / Lohans, C.T. / Leung, I.K.H. / Morcrette, H. / Clifton, I.J. ...著者: Yeh, T.L. / Leissing, T.M. / Abboud, M.I. / Thinnes, C.C. / Atasoylu, O. / Holt-Martyn, J.P. / Zhang, D. / Tumber, A. / Lippl, K. / Lohans, C.T. / Leung, I.K.H. / Morcrette, H. / Clifton, I.J. / Claridge, T.D.W. / Kawamura, A. / Flashman, E. / Lu, X. / Ratcliffe, P.J. / Chowdhury, R. / Pugh, C.W. / Schofield, C.J.
履歴
登録2017年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,72813
ポリマ－40,4151
非ポリマー1,31312
水1,29772
1
A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
ヘテロ分子

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,45726
ポリマ－80,8312
非ポリマー2,62624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area6480 Å2
ΔGint-203 kcal/mol
Surface area30100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.799, 86.799, 149.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor / Factor inhibiting HIF-1 / FIH-1 / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase


分子量: 40415.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1AN, FIH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

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非ポリマー , 5種, 84分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-A1Z / Vadadustat / GSK128863 / AKB-6548


分子量: 306.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H11ClN2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.7 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH7.5, 1.7M ammonium sulfate, 5.5% PEG 400
Temp details: ambient

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo cooling
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→86.8 Å / Num. obs: 26216 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 17.5 % / Rmerge(I) obs: 1.78 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3748 / CC1/2: 0.689 / Rpim(I) all: 0.435 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1h2k

1h2k


解像度: 2.3→75.067 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 1294 4.95 %
Rwork0.1925 --
obs0.1936 26128 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→75.067 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2672 0 77 72 2821
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032827
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5223849
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9721636
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044387
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004504
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.39210.34981390.28372703X-RAY DIFFRACTION100
2.3921-2.5010.28421500.242695X-RAY DIFFRACTION100
2.501-2.63280.25091300.22112721X-RAY DIFFRACTION100
2.6328-2.79780.23891380.2072733X-RAY DIFFRACTION100
2.7978-3.01380.26511360.20192708X-RAY DIFFRACTION100
3.0138-3.31710.20661600.18732738X-RAY DIFFRACTION100
3.3171-3.79710.19151300.17022773X-RAY DIFFRACTION100
3.7971-4.78380.15721540.15612798X-RAY DIFFRACTION100
4.7838-75.1070.24061570.21522965X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4083-0.6003-0.35680.82890.51130.4169-0.23780.7149-0.9245-0.3577-0.34980.00960.5241-0.31150.56960.65070.02870.06930.9675-0.32280.8163-30.142910.9083-23.1524
23.1108-0.647-1.86762.49610.21852.7090.0613-0.2631-0.29620.0524-0.1625-0.10640.03890.37810.11570.33630.0299-0.0760.8146-0.15150.5421-19.437518.6425-12.0238
32.2208-1.9452-0.80032.88310.35690.3878-0.4586-1.0445-0.27530.75360.19560.43110.48880.65470.20160.89780.2348-0.08931.11750.04880.6388-22.647613.48254.5359
42.4408-1.1561-1.51541.75050.63990.91790.2097-0.58190.64180.16290.0676-0.7105-0.38930.9671-0.12890.4503-0.0546-0.02520.9186-0.18970.6152-12.668926.9516-14.1978
52.2854-0.8325-2.14350.38811.19963.70950.0315-0.0423-0.26730.1250.0393-0.1287-0.01590.1191-0.07560.33330.0076-0.00680.6024-0.130.5215-33.678421.4573-8.2104
61.7184-1.5158-1.10232.54210.23882.46740.10280.385-0.19540.0324-0.1473-0.09780.1204-0.12230.03350.28370.0026-0.01840.6566-0.15020.4417-32.557219.399-12.8471
72.6464-0.6530.43922.04120.49870.59710.28660.03290.4829-0.23810.0866-0.5655-0.53340.197-0.31520.5919-0.0090.14790.5777-0.07620.6746-36.175340.6013-7.0205
84.2743-0.46820.05454.4979-0.76962.86020.2541-0.2315-0.1420.4075-0.08440.28770.47960.5678-0.06940.65350.09280.08080.5114-0.05940.4622-50.147238.12945.2855
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 49 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 50 through 104 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 105 through 149 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 150 through 190 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 191 through 246 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 247 through 297 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 298 through 329 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 330 through 349 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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