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- PDB-5onj: YnDL in Complex with 5 amino acid (PGA) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5onj
タイトルYnDL in Complex with 5 amino acid (PGA) complex
要素
  • (2R,3S,4R,5R,6R)-6-((1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-DIAMINO-2,3-DIHYDROXYCYCLOHEXYLOXY)-5-AMINO-2-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,4-DIOL
  • YndL
キーワードHYDROLASE / PGA-HYDROLASE
機能・相同性Poly-gamma-glutamate hydrolase / Poly-gamma-glutamate hydrolase, zinc-binding motif superfamily / Poly-gamma-glutamate hydrolase / hydrolase activity / plasma membrane / Gamma-polyglutamate hydrolase PghL / UPF0714 protein YndL
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Ramaswamy, S. / Rasheed, M. / Morelli, C. / Calvio, C. / Sutton, B. / Pastore, A.
引用
ジャーナル: Febs J. / 年: 2018
タイトル: The structure of PghL hydrolase bound to its substrate poly-gamma-glutamate.
著者: Ramaswamy, S. / Rasheed, M. / Morelli, C.F. / Calvio, C. / Sutton, B.J. / Pastore, A.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Poly-gamma-glutamate hydrolases structure: a potential strategy against Staphylococcus infectivity
著者: Ramaswamy, S. / Rasheed, M. / Morelli, C. / Calvio, C. / Sutton, B. / Pastore, A.
履歴
登録2017年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / pdbx_contact_author / pdbx_database_proc
Item: _chem_comp.type / _citation.country ..._chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp / reflns_shell / Item: _chem_comp.type
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YndL
D: (2R,3S,4R,5R,6R)-6-((1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-DIAMINO-2,3-DIHYDROXYCYCLOHEXYLOXY)-5-AMINO-2-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,4-DIOL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8443
ポリマ－24,7782
非ポリマー651
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area8950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.592, 47.651, 99.328
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 YndL


分子量: 23985.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: B4417_0239 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A164XNU3, UniProt: O31815*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド (2R,3S,4R,5R,6R)-6-((1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-DIAMINO-2,3-DIHYDROXYCYCLOHEXYLOXY)-5-AMINO-2-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,4-DIOL


分子量: 792.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1M Sodium Acetate, 5% gamma-PGA, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→15.75 Å / Num. obs: 20613 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 14.34 Å2 / Net I/σ(I): 24.58

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A9L

3a9l


解像度: 1.7→15.75 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2035 1087 5.27 %
Rwork0.167 --
obs0.169 20609 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→15.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1581 0 56 228 1865
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061709
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7842311
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4161029
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005310
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.77730.24521120.18152322X-RAY DIFFRACTION96
1.7773-1.87090.23551420.18552354X-RAY DIFFRACTION98
1.8709-1.9880.26371410.18572399X-RAY DIFFRACTION99
1.988-2.14120.18711390.16472429X-RAY DIFFRACTION100
2.1412-2.35620.19781350.16912445X-RAY DIFFRACTION100
2.3562-2.69610.20131330.16562471X-RAY DIFFRACTION100
2.6961-3.39250.21061450.17232494X-RAY DIFFRACTION100
3.3925-17.29040.17581400.15242608X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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